Отмечая заслуги Ф. К. Фурсова в укреплении Черноморского флота, Г. А. Потемкин произвел его в поручики. В письме, которое в конце августа князь Таврический направил в адрес Фурсова, говорилось: «Замечая в вас ревность и усердие к службе Ея Императорского Величества, желая, чтоб в полной мере оказали вы оные при производстве корабельного строения в Таганроге. Теперь пожалован вам чин поручика, но я не премину отличное доставить вам воздаяние, ежели все свои силы и способности употребите к поспешнейшему окончанию работ, тамо назначенных, весьма нужно, чтобы новые два корабля на будущую кампанию были готовы и чтоб „Стратилат“ зимовал уже в Севастополе…».
В 1790 году два первых корабля, построенных и оснащенных на Рогожинской и Таганрогской верфях, были переданы Черноморскому флоту. Фрегаты «Федор Стратилат» и «Царь Константин» имели 143 фута в длину, 43 в ширину и 13 в глубину. Каждый из них был вооружен 40 пушками.
Вслед за этими кораблями Ф. Фурсовым были построены фрегаты «Иоанн Златоуст», «Казанская Богородица» и «Святая Троица». Воздавая ему должное, Г. А. Потемкин назначил Фурсова обер-аудитором при своем штабе, что приравнивалось к капитанскому чину.
Кроме названных, во второй половине восьмидесятых — начале девяностых годов на Таганрогской верфи были построены такие крупные боевые корабли, как «Леонтий Мученик», «Богородица Казанская», «Палатис», «Каракатица», «Кит», «Морж», бомбардирские и крейсерские суда «Святой Спиритов», «Святой Андрей», «Надежда благополучия», «Свитой Георгин», «Святой Николай», «Почтальон», транспортные суда «Март», «Дельфин» и многие другие.
В их строительство вложен труд многих сотен работных и мастеровых люден. Авторами и создателями таганрогских кораблей являлись замечательные мастера-корабелы Афанасьев, Катасонов, Селянинов, Иванов и другие. Талантливый корабельный мастер И. Д. Афанасьев был специально откомандирован на юг страны для строительства военных судов. Под его руководством они сооружались в Таганроге, Херсоне, а затем и в Николаеве. Здесь, на юге, Афанасьев основал во многом отличную от консервативной столичной свою кораблестроительную школу, давшую Азовскому и Черноморским флотам целую плеяду прекрасных судов, лучшие из которых — линейный корабль «Рождество Христово» и фрегат «Александр Невский», построенные в Херсоне в 1786 году. Вместе со своим талантливым учеником Александром Катасоновым, который был корабельным мастером на Рогожкинской верфи, и подполковником Ивановым Афанасьев разрабатывал чертежи многих таганрогских кораблей, в том числе «Царь Константин», «Федор Стратилат», «Святая Троица», «Казанская Богородица», «Иоанн Златоуст».
Большинство кораблей, построенных в Таганроге и Рогожкино, участвовали в боях с турецким флотом в период русско-турецкой войны 1787–1791 годов. В историю России вошли сражения у острова Фидониси (1788 г.), в Керченском проливе (1790 г.), у Тендры (1790 г.), у мыса Калиакрия (1791 г.).
В рапорте князю Потемкину-Таврическому о полном разгроме турецкого флота в сражении 31 июля 1791 года у мыса Калиакрия Ф. Ф. Ушаков отмечает рвение, мужество и храбрость, проявленные в бою капитанами кораблей: «Федор Стратилат» — Селивановым, «Царь Константин» — Ознобишиным, «Святой Андрей» — Сарандинаки и «Святой Николай» — Львовым.Победы Ф. Ушакова, одержанные в этих боях и сражениях, сорвали все попытки турок прорваться в Крым с моря. Они способствовали, наряду с успехами русской армии, ускорению переговоров и заключению в конце декабря 1791 года Ясского мирного договора, согласно которому Турция навечно передала России Азов, Кинбурн, Очаков, Таганрог и все Северное Причерноморье, включая Крымский полуостров.
После завершения второй русско-турецкой войны и окончательного присоединения Северного Причерноморья и Крыма, а также с ростом черноморских портов (Севастополя, Херсона и Николаева) роль Таганрога, как центра военного судостроения, резко падает. Со стапелей его судоверфей все реже и реже сходят боевые корабли. Им на смену пришли коммерческие суда. Таганрог из главного порта и военно-морской базы превращается в крупную ремонтно-строительную базе русского морского и речного торгового флотов.
Гидрографические изыскания
Гидрографические и картографические работы на Азовском море, начатые в петровское время и продолженные в период русско-турецкой войны 1735–1739 годов, особо широкий размах получили во второй половине восемнадцатого столетия. Они стали осуществляться одновременно с возрождением Азовской флотилии и предназначались, в основном, для ее нужд.