Судя по количеству дорогостоящей керамики, князья того времени не испытывали недостатка в средствах. Наряду с предметами местного производства, для внутреннего убранства дворца использовались вещи персидской, египетской, турецкой работы. Особый интерес представляют поливные чаши с монограммой князя Исаака, правившего страной в 1471–1474 годах. К тому времени уже скончался сын Алексея, неудачливый правитель Феодоро, утративший все завоевания отца. Исаак продолжил борьбу с генуэзцами в мирной форме, заключив союз тотчас по восшествии на престол. Его дочь Мария была выдана замуж за господаря Молдавского. Вторую мангупскую княжну предназначали в жены великому князю московскому Ивану III, но бракосочетанию помешали турецкое нашествие и смерть Исаака в 1474 году.
Освободившийся трон Феодоро привлек внимание племянника почившего правителя, ранее изгнанного из страны. Прибыв из Молдавии с вооруженным отрядом, Александр отбил царское место у сына Исаака, но изведал наказание Всевышнего в виде осады крепости турками летом 1475 года. Заручившись поддержкой татар, османы завладели Каффой и несколькими прибрежными фортами. Однако захват Мангупа представлялся трудной задачей, даже с учетом имевшегося огнестрельного оружия и снятых с кораблей пушек. Осада продолжалась более полугода. Крепость держалась благодаря уникальным природным условиям, хорошо укрепленным стенам и мужеству защитников.
В начале зимы туркам пришлось использовать обманный маневр. Часть войска отошла в леса, создав иллюзию отступления. Горожане распахнули ворота и впустили врага, не пожалевшего ни жителей, ни древних стен. Город подвергся разграблению; почти все население погибло от пуль, кинжалов и огня. Александр с семьей закончил жизнь в константинопольской темнице. Турки не тронули только младенца – младшего сына князя, которому оставили почетный титул мангупского правителя, но воспитали в османских традициях. Впоследствии ни он, ни его потомки реальной властью не обладали.
Горные крепости вместе с генуэзскими владениями юго-западного побережья составили Мангупский кадылык, находившийся под управлением османских наместников. Эпоха готской династии закончилась, но город оставался оплотом греческой и христианской культуры, сумев сохранить самобытность при татарских ханах. Недавние кочевники избрали для жизни плодородные долины и начали активно осваивать земледелие. Татары обосновались на территории Кырк-Орского княжества с центром в близлежащей горной крепости Чуфут-Кале. Однако столицей Крымского ханства стал не пещерный город, а равнинный Бахчисарай. Толстые стены горных цитаделей защищали ханов во время войн и междоусобиц; здесь хранилось награбленное имущество и томились пленники.
Польский посол Браневский посетил Мангуп в середине XVI века, не найдя в опустевшем городе «ничего привлекательного, кроме греческой церкви Святого Константина и другой, весьма незначительной, нареченной именем святого Георгия. На их стенах видны изображения, представляющие родословную государей и государынь, от которых происходили князья Мангупа…».
Под церковью Святого Георгия подразумевался небольшой одноабсидный храм над склепом, расположенный на мысе Гелли-Бурун. Здание правильной четырехугольной формы, сложенное из местного известняка, отличалось тщательно пригнанной кладкой. До настоящего времени сохранилась нижняя часть алтарной преграды, а также поздний престол, установленный на основании древнего. Храм сильно пострадал от пожара 1592 года, но на полу остались мелкие предметы: кусочки росписи, бусины, колечки и даже татарская серебряная монета. По описаниям первых исследователей, «при входе в него стоял большой камень, оказавшийся нижней частью большого рельефа, изображающего всадника; под конем с правой стороны можно усмотреть часть дракона. Видимо, это и было изображением святого Георгия». Вблизи храма находилось кладбище, где христианские могилы соседствовали с «двурогими» еврейскими.
Расположенная напротив мыса Чуфут-Бурун церковь Святого Константина и Елены является одним из самых ранних сооружений Мангупа. Вмонтированная в столб плита с надписью заверяет о существовании этого сооружения еще во времена Юстиниана Великого. Здание построено по типу трехабсидной и трехнефной базилики с притвором «нарфик». После исследований прошлого века выяснилось, что храм пережил две эпохи: раннюю, когда он обладал большими размерами, и позднейшую, в которой здание было гораздо меньшего размаха.