В X веке, в пору правления царя Петра (927–969), на юго-западе Болгарского царства возникло антиклерикальное движение, распространившееся затем по Балканам, преимущественно среди славян, и оказавшее влияние на западноевропейские христианские ереси. Считается, что сформулировал догматы новой народной веры поп Василий Богомил (возможно, калька с греческого имени Феофил), полумифический проповедник, данных о биографии которого не сохранилось. Богомилы, заявлявшие о возврате к идеалам раннего христианства, критиковали церковные институты за чванство и стяжательство и пропагандировали аскетизм и простоту, которые считали пропусками в царствие небесное. Материальный мир есть порождение дьявола, учил Богомил, а душу человеческую и вообще все духовное создал добрый Высочайший Бог. «Мрачная доктрина» богомильства, наиболее полно сформулированная в трудах «Иваново Евангелие, или Тайная Книга» и «Прения Христа с дьяволом», получила название «дуализм». Это учение о двойственности мира и постоянной борьбе света и тьмы. Богомила и его учеников объявили еретиками еще и потому, что они отрицали важные атрибуты веры вроде церковных зданий, икон, литургии, святых мощей и креста, считали, что между Богом и человеком не нужен посредник. Богомилы отвергали светскую власть, осуждали богатство, не пили вина, не ели мяса. С ересью боролись светские и духовные власти Византии, Болгарии, Сербии, Венгрии, Папского государства: богомильских проповедников высылали и изгоняли, сажали в темницы и сжигали на кострах, против богомилов объявляли крестовые походы. В Боснии, по мнению некоторых исследователей, богомилы тем не менее пользовались покровительством крупных феодалов. Самостоятельная Боснийская церковь, учение которой, как считается, близко к богомильству, сохраняла влияние почти до османского завоевания. Более значительное, чем в других районах Балкан, распространение ислама в Албании, на юге Болгарии и в Боснии большинство боснийско-мусульманских историков связывают с тем, что классические христианские традиции из-за противодействия богомильства здесь не укоренились достаточно глубоко, а вопрос смены веры часто не имел принципиального значения. «Поутру Илия, а к вечеру Алия», — гласит местная пословица. На западе Европы последователей подобных богомильству еретических учений именовали манихеями, публиканами, патаренами, катарами, альбигойцами. Последние сведения о ереси богомильства относятся к XVII столетию. Почти все сочинения духовных лидеров богомилов утеряны, их взгляды изучают по критическим текстам, некоторые историки вообще не верят в то, что богомилы существовали. Скептики считают, что столь сложная идеологическая концепция не была способна вдохновить забитых крестьян, и сомневаются в массовом распространении богомильства на Балканах.