Но в любезной ему Греции батюшка пробыл недолго. Промысел Божий уже готовил ему перемены. В декабре 1859 года Митрополит Филарет обращается к обер-прокурору Святейшего Синода графу А.П. Толстому и предлагает ему направить архимандрита Антонина (Капустина) в столицу Османской империи город Стамбул, носивший до захвата его турками иное наименование – Константинополь, основанный и названный так в честь равноапостольного Императора Константина Великого. Для пользы дел церковных батюшке предстоит стать настоятелем посольской церкви. Готовится Указ о новом назначении. В марте 1860 года оно состоялось.
В сентябре отец Антонин, простившись со знакомыми, покинул Афины, оставил город, в котором он провел десять незабываемых лет, наполненных трудами, встречами, поездками, служениями. В Афинах остался храм, воссозданный из руин рачением русского архимандрита. Храм в честь Пресвятой Троицы, с двумя придельными – во имя св. Никодима и во имя св. Николая Чудотворца.
Греки по достоинству оценили труды отца Антонина. За христианские добродетели, ученость и филеллинские чувства батюшка награжден Командорским Крестом греческого ордена Спасителя… Что ж, прощайте Афины! Вы останетесь в памяти, как драгоценная жемчужина. Здравствуй, город Царя Константина Великого, попранный пятой завоевателей, с храмом Софии – Премудрости Божией, без креста, окруженном минaрeтами мусульман, но все еще хранящий память о былом величии и помнящий о пророчестве, что над Святой Софией воссияет крест христиан!…
В Константинополь, переименованный турками в Стамбул, отец Антонин прибыл 18-го сентября и приступил к своим обязанностям… Пять лет своей жизни проводит он в этом городе, бывшем когда-то столицей Византийской империи… Основанный равноапостольным Царем Константином Beликим в четвертом веке от Рождества Христова на берегу средиземноморского залива Золотой Рог, город Константинополь пережил бурные годы взлета и падений. После разделения Римской империи на Западную и Восточною части, Константинополь стал столицей востока – Византии. Годы правления византийских Царей, роскошь императорского двора, красота православных Богослужений, пленившая послов русского Великого Князя Владимира, святые и грешники, заговоры, перевороты, войны с язычниками, ереси, сотрясавшие империю, строительство великолепных соборов и храмов, Великая Софийская Церковь – образец византийского зодчества.
1204 год. Крестоносцы осаждают Константинополь, берут его штурмом, устраивают погромы и грабежи. Много тогда православных святынь захватили западные рыцари. Один из бесценных трофеев грабителей – Плащаница, которой Иосиф Аримафейский обернул бездыханное Тело Христа. На ней после Воскресения Спасителя чудесным образом отпечатался лик и само истерзанное Тело Христа. Великая святыня… Ныне Плащаница Спасителя находится в итальянском городе Турине.
Греки, с Божией помощью, освободились от владычества западных покорителей и воссоздали свободное государство – империю. Но вновь – нестроения, ереси, отступление от чистоты Православия. И Господь попускает туркам-османам захватить Константинополь и на развалинах Византии основать свою империю, а город Царя Константина Великого переименовать в Стамбул.
Отец Антонин поселяется в Стамбуле-Константинополе. Помимо служения в храме Божием в качестве настоятеля, отец Антонин занимается научной работой. Он увлекается палеографией и эпиграфикой. Ему помогают в этих трудах сведующие люди, направляют его. Он подолгу просиживает в библиотеке иерусалимского подворья. Изучает рукописи и составляет каталог 624 из них. Строгостью научного и критического анализа отмечена его напряженная работа.
Среди массы рукописей отец Антонин особо выделил одну – на пергаменте, составленную в 1056-ом году, содержащую два послания Климента и текст "Дидахэ".
Время в служении, в трудах, во встречах, беседах, молитвенных бдениях, проходит незаметно. В 1862-ом году отцу Антонину исполняется 45 лет. В апреле он отправляется в Никею – приморский город, известный тем, что здесь, в 325-ом году от Рождества Христова, возглавляемый равноапостольным Царем Константином, при участии 318 Епископов, прошел Первый Вселенский Собор, на котором было осуждено лжеучение ересиарха Ария, утверждавшего, что Сын Божий – сотворен, и составлен Символ Веры.
Отец Антонин опять попадает в любимый им мир старины. Здесь еще сохраняется память о языческом прошлом Никеи. Северные ворота города называются Константинопольскими и состоят из трех рядов – внутренних, средних и внешних. Внутренние относятся к языческой эпохе. На одном из привратных столбов находится огромная мраморная голова чудовищной Медузы-Горгоны, обрамленной змеями. Взгляд Горгоны, по мифологии древних греков, обращал человека, взглянувшего ей в глаза, в камень. Герой Персей отсек серповидным мечом голову Медузы-Горгоны и поместил ее у себя на щите. Вторая мраморная голова чудовища сброшена со столба и лежит в груде камней.