Иным было положение с японским контингентом. Начальник 5-й дивизии генерал Судзуки и начальник японской военной миссии в Чите полковник Куросава отрицали возможность ухода японских войск из Забайкалья. В сообщении от 30 марта 1920 г. Дипломатический совет в Токио заявил об «эвакуации чехов», тогда как «японские силы» хотя и «сократят зону охраны», будут «охранять порядок в Сибири и следить за деятельностью большевиков». Это объяснялось отсутствием условий «мира и порядка». 31 марта Токио официально разъяснил свою особую позицию «по вопросу о сибирской политике». В специальном сообщении и декларации в адрес Приморской Областной земской управы отмечалось, что «благодаря своему различному от других держав географическому положению по отношению к Сибири Япония не может не занять особой позиции в вопросах, касающихся этой страны…; политическое положение в Сибири непосредственно влияет на Маньчжурию и Корею…; существующие сейчас в Сибири условия таковы, что они лишают большое число проживающих там подданных нашей Империи возможности заниматься мирным трудом, не будучи уверены в безопасности их жизни и имущества. Ввиду этих обстоятельств Императорское правительство не признает возможности отозвать в настоящее время свои экспедиционные силы». Тем не менее заявлялось, что «пребывание» японских войск «не имеет никакого политического замысла по отношению к России», поэтому «когда политическая обстановка в крае настолько урегулируется, что нечего будет опасаться за мир и спокойствие в Корее и Маньчжурии, жизнь и имущество наших подданных будут вполне обеспечены, а также будет восстановлена достаточная провозоспособность путей сообщения, то после окончания эвакуации чехословацких воинских частей наши войска возможно скорее будут эвакуированы из Сибири».
Исходя из этого тезиса, Япония продолжала военное участие в дальневосточных делах. После т. н. Николаевского инцидента, во время которого (12–15 марта 1920 г.) партизанским отрядом анархиста Я. И. Тряпицына (командующего Охотским фронтом) был полностью уничтожен японский гарнизон г. Николаевска-на-Амуре, а также чины японского консульства, гражданские чиновники, коммерсанты и их семьи (около 700 человек), Императорское правительство санкционировало безусловное применение вооруженной силы против «русских вооруженных групп» (под данным термином следовало понимать бойцов революционного войска Приморской областной земской управы и участников партизанских отрядов). 5 апреля 1920 г., под предлогом «нападений» на японские патрули и военные объекты, многочисленных обстрелов японских солдат и офицеров и «мирного населения» генерал Оой потребовал провести разоружение виновных как обязательное условие начала «переговоров с русскими властями».
Комиссия от Приморского земства, не отрицая действий партизан и революционных войск, в свою очередь обвиняла японское командование в провокации, подчеркнув, что обстрелы были инициированы самими японцами («японские войска… одновременно были и нападающими и обороняющимися») с целью проявить свои действия как «завоевателей в завоеванной и оккупированной стране». Подтверждением стала открытая оккупация японцами Северного Сахалина, проведенная в апреле 1920 г., и не предусматривавшая никакого взаимодействия с русской администрацией или создания органов управления на коалиционной основе, с участием русских и японских военных и гражданских чинов. Ее мотивы были «аргументированы» главой японской делегации на Вашингтонской конференции 1921 г. бароном Сидехарой: «Оккупация некоторых пунктов в русской Сахалинской области носит совершенно иной характер как по существу, так и по происхождению, чем присутствие войск в Приморской области. История знает мало случаев, подобных происшедшему в 1920 г. в Николаевске, где более семисот японцев… были подвергнуты жестоким пыткам и убиты. Ни один уважающий себя народ не мог бы оставить без ответа столь явную провокацию. Японское правительство не могло также не считаться с взрывом народного негодования в Японии в связи с этим инцидентом… Япония была поставлена перед необходимостью занять в виде репрессивной меры некоторые пункты в Сахалинской области, в которой произошли вышеуказанные насилия, впредь до установления в России ответственной власти, с которой Япония имела бы возможность вступить в переговоры о должном удовлетворении».
Недвусмысленно отмечалась и готовность поддержки в будущем российского правительства: «С глубокой благодарностью Япония вспоминает блестящую роль, сыгранную Россией в интересах цивилизации во время первой стадии Великой войны. Японский народ уже неоднократно проявлял и будет впредь проявлять всякое дружеское участие к усилиям русских патриотов, стремящихся к единству и восстановлению своей Родины. Военная оккупация русской Сахалинской области есть лишь временная мера и, естественно, будет немедленно отменена, как только станет возможным удовлетворительное разрешение вопроса по соглашению с прочным Российским правительством».