20 ноября последовал приказ Старка об уходе из Гензана, и утром следующего дня флотилия вышла в Фузан. Японские конвоиры – два миноносца – следовали за флотилией. 23 ноября корабли благополучно прибыли в Фузан, где вновь повторилось то же, что и в Гензане. Японские власти встретили флотилию с присущими им вежливостью и предупредительностью, но съезд на берег разрешили лишь ограниченному числу лиц, и то по японским пропускам и под личную гарантию Старка, что никто из них не останется на берегу. После совещания с японскими властями было решено, что корабли покинут Фузан 2 декабря. Все поставки на флотилию угля и других материалов взяла на себя городская управа. Правда, уголь оказался самого плохого качества и по ценам выше, чем предлагали частные компании.
В Фузане к адмиралу Старку приезжал по поручению комиссара Военно-морских сил ДВР В. И. Зофа бывший сослуживец Георгия Карловича по крейсеру «Аврора» и Минной дивизии, капитан 2-го ранга Российского Императорского Флота В. А. Белли, которому было поручено провести переговоры с Командующим флотилией по вопросу возвращения кораблей обратно во Владивосток. При этом и самому Старку, и его подчиненным была обещана амнистия. Как вспоминал Белли, «Ю. К. Старк ответил мне приблизительно следующее: “Вы знаете, что я не служил ни одного дня у красных. С оружием в руках я воевал на стороне Колчака. Вы должны понять, что я не могу вернуться в Россию”». По воспоминаниям же Старка, он предложил своему собеседнику «немедленно покинуть Фузан во избежание плохих для него лично последствий».
С начала эвакуации и вплоть до ее окончания единственную поддержку Командующему флотилией оказывал русский морской агент (атташе) в Японии и Китае адмирал Б. П. Дудоров, находившийся в Токио. В беседах с американским послом в Японии он смог договориться о возможности принятия русских кораблей и беженцев в американском порту Манила на Филиппинах. В итоге, в Фузане адмирал Старк окончательно решил с большей частью кораблей идти в Манилу, сделав лишь один заход в Шанхай на несколько дней. Там он рассчитывал устроить на стоянку мелкие корабли и катера и уволить ту часть личного состава флотилии, которая хотела попасть именно в Шанхай.
Из Фузана в Шанхай вышло 16 кораблей. Утром 4 декабря, когда корабли находились в 150–180 милях от Шанхая, внезапно начался сильнейший шторм. Во время этого шторма погиб охранный крейсер «Лейтенант Дыдымов». Обстоятельства его гибели остаются до конца невыясненными. Сам Командующий флотилией писал следующее: «Последний раз его видел “Парис” на закате солнца 4 декабря. “Дыдымов” сильно штормовал, поворачивая то по волне, то против, не имея почти никакого хода. К несчастью, на “Парисе” был пробит волною машинный кожух, и он, сам находясь в критическом положении, не мог оказать помощи “Дыдымову” или даже держаться около него». На “Дыдымове” погиб командир 3-го дивизиона капитан 1-го ранга А. В. Соловьев, командир корабля старший лейтенант Б. И. Семенец, 9 офицеров, 3 гардемарина, 34 человека команды и 29 пассажиров (23 кадета Хабаровского и Омского корпусов и 6 женщин – членов семей офицеров). Не испытали шторма лишь канонерская лодка «Свирь» с катером «Резвый» на буксире. Вследствие малого хода «Свири» шторм застал ее у острова Квельпарт (Чечжудо), за которым она и отстоялась.
Последствия шторма оказались очень тяжелыми – «Диомид», «Магнит», «Свирь», «Парис» и «Улисс» имели повреждения в машинах, требовавших заводского и докового ремонта. Запасов угля из-за шторма почти не осталось. Пассажиры, переполнявшие корабли, непривычные к морю, испытав свирепый шторм и зная о гибели «Лейтенанта Дыдымова», находились в паническом состоянии и умоляли оставить их в Шанхае. Между тем флотилию ожидали еще более тяжелые испытания…
Стоянка в Шанхае была очень опасна для флотилии ввиду возможности выдачи китайцами кораблей большевикам. И потому 11 января 1923 года Старк покинул его, списав с кораблей кадетские корпуса и часть команды, что очень облегчило флотилию. 16 января на переходе из Шанхая в Манилу в районе Пескадорских островов погибло посыльное судно «Аякс», налетев с полного хода на каменистую банку. Из 23 человек офицеров и команды погибло 16 (по другим данным – 17) человек. 23 января флотилия прибыла на Филиппины. Георгию Карловичу предстояло второй раз быть интернированным здесь.
В Манилу пришли 7 кораблей – «Диомид», «Взрыватель», «Патрокл», «Свирь», «Улисс», «Илья Муромец» и «Батарея». Маленькие корабли и катера – «Страж», «Фарватер», «Стрелок» и «Резвый» – остались в Шанхае. «Байкал», «Магнит» и «Парис» задержались там же из-за ремонта и вскоре тоже пришли в Манилу. На первых кораблях на Филиппины прибыло 145 морских офицеров, 575 матросов, 113 женщин и 62 ребенка. До тридцати человек, записанных в команду, составляли мальчики от 13 до 14 лет. По прибытии кораблей команды были выстроены и приветствовали американский флаг, в свою очередь, американцы подняли русский флаг на стеньгах своих кораблей.