Поражение России в войне Дроздовский воспринял тяжело, а модернизация Армии виделась ему насущной задачей, которой он жаждал отдать все силы. Вернувшись в Академию, он приступил к упорной учебе. Занятия шли с 9 до 12 утра (лекции) и с 12.30 до 16 часов (лекционные и практические); трижды в неделю с 8 часов утра в манеже проводилась верховая езда на уровне кавалерийского училища. Посещение занятий жестко контролировалось: в случае отсутствия слушателя причины выяснялись в тот же день. На младшем курсе Дроздовский вместе со своими соучениками слушал лекции по тактике пехоты (генерал Н. А. Данилов) и конницы (генерал Елчанинов), истории военного искусства до Наполеоновской эпохи (он же), артиллерии, полевой фортификации, устройству вооруженных сил и армиям важнейших иностранных государств (полковник Гулевич), истории Наполеоновских войн (подполковник Н. Н. Головин, впоследствии один из виднейших военных ученых русской эмиграции), истории русского военного искусства до Суворова (полковник А. К. Баиов), геодезии (генерал К. В. Шарнгорст), истории XIX века, русской истории (профессор С. Ф. Платонов) и общей тактике47
. Изредка удавалось выкроить вечер на посещение театра.По результатам экзаменов по окончании младшего курса около 20% слушателей отсеялось. Остальные участвовали в летних полевых занятиях. Месячный отпуск Дроздовский посвятил поездке домой.
Старший курс потребовал полного напряжения умственных, душевных и физических сил, так как его итогами определялось будущее офицера. Здесь кроме способностей очень пригодилась сила воли Дроздовского. Закаляясь в испытаниях, она остужала голову, развивала хладнокровие и выдержку, которыми молодой офицер ранее не отличался. Может быть, именно в те годы завершилось формирование его характера, цельного и непоколебимого. Теперь читались лекции по стратегии (знаменитый генерал Н. П. Михневич), общей тактике, истории новейших войн (с 1870 года), общей военной статистике (то есть обзор пограничных государств), русской военной статистике (описание вероятных театров военных действий), инженерной обороне государства, довольствию войск и службе тыла (генерал Н. Н. Янушкевич) и военно-морскому делу. После сдачи экзаменов и завершения полевых тактических занятий, в августе 1907 года Дроздовский, набрав требуемый средний балл - больше 10, - приказом по Академии был зачислен на дополнительный курс, при переходе на который отпуска не полагалось.
Режим и форма занятий на третьем году обучения существенно отличались от прежних. Основное время отводилось на самостоятельную работу над подготовкой докладов по истории военного искусства и по теории военного искусства. Совместные занятия продолжались лишь в манеже. При защите докладов особенно придирчиво следили за точным оформлением и сдачей в срок их текстов и внятностью, убедительностью и краткостью речи. Впоследствии подчиненные, вспоминая о Дроздовском, отмечали: «...Тотчас и определенно формулирующий свои мысли, он сразу производил сильное впечатление».
Вместе с Дроздовским или на год-два раньше или позже в Академии Генерального Штаба учились офицеры, сыгравшие впоследствии видную роль в Гражданской войне. Назовем некоторых из них. Начальник Штаба Дроздовской дивизии полковник Ф. Э. Бредов. Главнокомандующий Вооруженными Силами Советской Республики И. И. Вацетис. Главнокомандующий Русской Армией генерал-лейтенант барон П. Н. Врангель. Помощник начальника Алексеевской дивизии генерал-майор М. М. Зинкевич. Главнокомандующий Вооруженными Силами Республики С. С. Каменев. Начальник Штаба Донской Армии генерал-лейтенант А. К. Келчевский. Начальник Штабов Южного, Юго-Западного и Западного фронтов РККА Н. Н. Петин (впоследствии комкор). Командующий Донской Армией генерал-лейтенант В. И. Сидорин. Начальник Оперативного управления Полевого Штаба РВСР Б. М. Шапошников (впоследствии начальник Генерального Штаба, Маршал Советского Союза). Одновременно с Дроздовским в Академии учился будущий начальник Штаба Кавказской Армии, а затем и всей Русской Армии генерала Врангеля, будущий генерал-от-кавалерии П. Н. Шатилов.
Дополнительный курс Михаил Гордеевич окончил успешно и за отличные успехи был произведен в штабс-капитаны. 23 мая 1908 года, после представления в числе прочих выпускников Императору Николаю II, он был причислен к Генеральному Штабу и направлен на лагерные сборы в Штаб Варшавского военного округа, где прикомандирован к управлению 49-й пехотной резервной бригады. Затем, получив пособие на обзаведение лошадью со всем необходимым (300 рублей), после двухнедельного отпуска прибыл Лейб-Гвардии в Волынский полк. Там с 12 сентября 1908 года по 4 ноября 1910 года Дроздовский в соответствии с требованиями ценза командовал ротой.