В исполком вошли три командира полков: 3-го – подполковник С. Н. Войцеховский, 4-го – поручик С. Чечек и 7-го – капитан Р. Гайда. Они составили Военную коллегию исполкома. Съезд поручил им разработать план действий на случай открытого конфликта с большевиками.
К тому времени эшелоны с легионерами составляли по местоположению на железной дороге четыре группы: во Владивостоке – 8 тысяч, на линии железной дороги между Пензой и Тамбовом еще не двинулись на восток около 8 тысяч чехов и словаков, примерно столько же оказалось в районе Челябинска. Эшелоны с 4, 5 тысячами человек растянулись по Транссибу между Курганом и Иркутском. Съезд поручил Чечеку возглавить Пензенскую группу эшелонов, Войцеховскому – Челябинскую, а Гайде – корпусные эшелоны, двигавшиеся от Омска до Иркутска.
Так капитан Радола Гайда получил под свое командование войсковую группу из трех стрелковых полков, ударного батальона, запасного стрелкового полка и артиллерийской бригады. Съезд дал всем начальникам войсковых групп большую самостоятельность в действиях с задачей обеспечить беспрепятственное движение эшелонов к Владивостоку.
Гайда вернулся из Челябинска в Ново-Николаевск (ныне Новосибирск) утром 25 мая. Прямо на станции ему вручили только что перехваченную телеграмму Л. Д. Троцкого, широко известную в истории Гражданской войны в России. Вот ее полное содержание:
«Из Москвы, 25 мая. 23 часа. Самара, ж/д.
Всем совдепам по ж/д линии от Пензы до Омска.
Все Советы под страхом ответственности обязаны немедленно разоружить чехословаков. Каждый чехословак, который будет найден вооруженным на линии железной дороги, должен быть расстрелян на месте, каждый эшелон, в котором окажется хоть один вооруженный, должен быть выгружен из вагонов и отправлен в лагерь для военнопленных. Местные военные комиссары обязуются немедленно выполнить этот приказ, всякое промедление которого равносильно бесчестной измене и обрушит на виновного суровую кару. Одновременно посылаются в тыл чехословакам надежные части, которым поручено проучить неповинующихся.
С честными чехословаками, которые сдадут оружие и подчинятся советской власти, поступать как с братьями и оказывать им всяческое содействие. Им пойдем всевозможно навстречу. Всех железнодорожников поставить в известность, что ни один эшелон с чехословаками не должен продвинуться дальше на восток. Кто уступит насилию и будет содействовать чехословакам в их продвижении, будет строго наказан.
Настоящий приказ прочесть всем чехословацким эшелонам и сообщить всем железнодорожникам по месту нахождения чехословаков. Каждый военный комиссар должен об исполнении донести.
№ 377. Народный Комиссар по Военным Делам Л. Троцкий».
Этим приказом «военного министра» Л. Д. Троцкого советская власть в условиях начавшейся Гражданской войны объявляла вне закона каждого военнослужащего Чешско-Словацкого корпуса, уже части французской армии, имевшего при себе любое оружие. Ему грозил за то расстрел. Приказ требовал любой ценой остановить продвижение воинских эшелонов с легионерами на Владивосток, где находились суда Антанты для отправки бывших добровольцев Русской армии из числа чехов и словаков в Европу.
Гайде не пришлось по такому поводу выступать на солдатских митингах. Он понял, что перехваченный приказ Троцкого однозначно объявляет войну корпусу легионеров, и стал отдавать полкам и эшелонам приказы, чтобы «пробить» корпусу путь по Транссибирской железнодорожной магистрали к берегу Тихого океана. Всю ответственность за принимаемые решения Радола Гайда брал на себя.
В два часа дня того же 25 мая легионеры под командованием капитана Кадлеца занимают Мариинск. В ночь на 26-е Гайда берет Ново-Николаевск (Новониколаевск, ныне Новосибирск). В ночь на 27-е Войцеховский второй раз захватывает Челябинск, а Чечек в ходе упорного боя с местными красноармейцами стал обладателем Пензы. Всюду легионерам достались большие запасы оружия и боеприпасов, у них вновь появилась, пусть и в небольшом числе, артиллерия.
Так начался известный в отечественной истории «мятеж Чехословацкого корпуса». Спровоцирован же он был не белогвардейцами, а главой военного ведомства Совнаркома Троцким. По приказу из Москвы Чешско-Словацкий корпус сперва почти разоружили (лишив, в частности, всей артиллерии), изгнав из его рядов русских офицеров, затем в целях «безопасности» растянули его эшелоны по железной дороге на многие тысячи километров, и, наконец, террором решили покончить с ним как таковым.
Командиры легионеров на линии железной дороги – Гайда, Чечек, русский подполковник Войцеховский, Кадлец и другие отказались признать над собой власть как ЧСНС, так и командира корпуса генерала Шокорова, который продолжал подчиняться Национальному Совету. В начале тех событий Гайда и его соратники не стремились свергать на местах советскую власть: ими владело желание скорее покинуть страну, объятую хаосом. «Мятежные» эшелоны не поворачивались на Москву, а шли на восход к солнцу, имея конечной целью достичь портового Владивостока.