После этого командующий белыми войсками в Сибири Гайда посетил с инспекционной поездкой Владивосток, где 26-летний «баловень судьбы» 18-го года «сумел» перессориться с японцами, атаманом Семеновым и прочим начальством Приморья и Маньчжурии. Во избежание дальнейших осложнений ЧСНС и Омское правительство отозвало новоиспеченного генерала на запад. Во Владивостоке состоялось знакомство Гайды с прибывшим туда после посещения Японии адмиралом А. В. Колчаком. И тот, и другой мыслили одинаково: столице белой Сибири был нужен военный диктатор. Гайда, владевший ситуацией, об этом высказался сразу.
Прибыв в Екатеринбург, Гайда 12 сентября 1918 года вступает в командование Екатеринбургской группой войск (ранее называлась Северо-Уральским фронтом). Она состояла из русских войск из местных добровольческих и повстанческих отрядов и частей Чешско-Словацкого корпуса. Группировке противостояла советская 3-я армия М. М. Лашевича, уже оправившаяся от последних поражений и пополненная резервами. К тому времени Троцкий жестокими мерами наводил порядок на Восточном фронте, объявленном главнейшим среди других.
Один из современников оставил словесный портрет генерал-майора Радолы Гайды той поры: «Очень молодое длинное лицо, похожее на маску, почти бесцветные глаза с твердым выражением крупной, хищной воли и две глубоких, упрямых складки со стороны большого рта. Форма русского генерала, только без погон, снятых в угоду чешским политиканам. Голос его тихий, размеренный, почти нежный, но с упрямыми нотками и с легким акцентом; короткие отрывистые фразы с неправильными русскими оборотами».
К тому времени Гайда имел в Белом движении громкую славу «Освободителя Сибири», рвавшегося к новым победам в Гражданской войне в России. Когда 18 ноября 1918 года в Омске произошел военный переворот в пользу адмирала А. В. Колчака, Гайда был готов его приветствовать. Перед этим Колчак, тогда военный министр Омского правительства, посетил его фронтовой штаб, и они о многом смогли переговорить наедине.
С распадом Австро-Венгрии ее чешские области и Словакия образовали Чехословацкую республику, провозглашенную 14 ноября 1918 года. Ее первым президентом стал философ Томаш Масарик, занимавший этот пост до 1935 года и являвшийся руководителем Чешской народной, затем Прогрессистской (реалистической) партии. Чешско-Словацкий корпус должен был стать основой армии новообразованного государства в центре Европы.
Сразу после военного переворота в Омске положение Гайды сильно пошатнулось. Прибывший в Сибирь военный министр только-только образованной Чешско-Словацкой Республики генерал М. Штефанек без труда увидел пропасть во взаимоотношениях новоявленного колчаковского генерала и ЧСНС, который начал прибирать к своим рукам власть в Чешско-Словацком корпусе. Конфликт разрешил адмирал Колчак, который добился перевода Гайды в русскую армию. В противном случае тому грозила «служебная командировка» в Париж и расставание с белой Россией.
Гайда на первых порах оправдал надежды Верховного правителя России. Он задумал провести на северном участке советского Восточного фронта глубокую Пермскую наступательную операцию. Она началась 27 ноября, после прибытия 1-го Средне-Сибирского корпуса генерал-майора Пепеляева. От корпуса белочехов в операции участвовала 2-я дивизия. Были взяты города Кунгур и Кушва, а 7 января нового, 1919 года – пала Пермь. Наступление велось в морозную погоду, при глубоких снегах. Часть белой пехоты имела лыжи.
Победа белого оружия получилась действительно громкая и значимая. Только в одной Перми было взято: 21 тысяча пленных, 5 тысяч железнодорожных вагонов, 60 орудий, больше сотни пулеметов, несколько бронепоездов и вмерзшие в речной лед у городской пристани корабли красной Камской флотилии. Советская 3-я армия была разбита. Пепеляевский корпус, главный герой Пермской виктории, потерял убитыми, ранеными и обмороженными 494 офицера и до пяти тысяч нижних чинов.
Красные попытались отбить город. Весь январь и февраль на северном участке Восточного фронта шли ожесточенные, но безрезультатные бои. Под Пермью куда стягивались резервы со всей Республики Советов, порядок в советской 3-й армии был восстановлен самыми крутыми мерами прибывшей из Москвы комиссии ЦК РКП(б) во главе со Сталиным и Дзержинским. Результатом ее работы стала стабилизация фронта.
Екатеринбургская группа при реорганизации колчаковских вооруженных сил в конце 1918 года была переименована в Сибирскую армию. Ее командующим с производством в чин генерал-лейтенанта за победу под Пермью назначается Радола Гайда.