Уже приступив к выполнению кубинской операции, 5 июля 1962 года Хрущев выдвинул встречные подробнейшие предложения, чтобы покончить с тем, что он назвал «западноберлинским оккупационным режимом». В соответствии с его планом союзные войска должны быть заменены на войска ООН, в состав которых будут входить войска трех западных держав, нейтральных государств и двух стран Варшавского договора. Путем постепенного сокращения этого контингента, ежегодно на 25 процентов, через четыре года в Западном Берлине не останется иностранных войск. Спустя почти две недели, 17 июля, Кеннеди отклонил предложения Хрущева, но при каждом удобном случае Хрущев продолжал продвигать свою стратегию по Берлину, тайно проводя в жизнь кубинский план.
Кубинская операция была настолько крупномасштабной, что Хрущев наверняка считал, что это не укрылось от глаз Кеннеди и его разведывательных служб, но при этом президент не собирается препятствовать размещению ракет на Кубе.
4 сентября Кеннеди сообщил нескольким конгрессменам, что, по мнению ЦРУ, Советы помогают кубинцам в укреплении обороноспособности Кубы. Вечером того же дня Кеннеди сделал заявление для прессы, которое закончил обращением непосредственно к Хрущеву: «Самые серьезные проблемы возникнут, если будут обнаружены доказательства присутствия на Кубе советских боевых формирований, советских военных баз… наличие наступательных ракет класса «земля – земля», а также другого существенного наступательного потенциала». Заявление президента удивило Хрущева, не ожидавшего от Кеннеди такой решительности.
Спустя два дня, 6 сентября, Хрущев выразил желание встретиться с министром внутренних дел США Стюартом Юдаллом, совершавшим ознакомительную поездку по советским гидроэлектростанциям. Юдалл не рассчитывал на возможность встречи с советским премьером и был удивлен неожиданным приглашением в Пицунду. Хрущев хотел понять, контролирует ли президент ситуацию. Он в очередной раз подчеркнул, что, по его мнению, Кеннеди проявляет слабость и нерешительность. «Как президент, он обладает пониманием, но ему не хватает мужества», – сказал Хрущев, обрушившись с презрительными нападками на американскую политику по Берлину. Хрущев, памятуя о том, что кубинская операция уже шла полным ходом, заметил Юдаллу: «Если мы и президент сможем договориться, тогда откроются большие возможности для сотрудничества в области науки, техники и в космосе. Но если Белый дом добровольно не пойдет на разрешение проблемы, мы поставим его в такое положение, когда будет необходимо принять решение. Мы поставим его перед выбором воевать или подписывать мирный договор».
Хрущев сказал Юдаллу, что «из уважения к вашему президенту мы ничего не предпримем до ноября». Не упоминая Кубу, Хрущев заявил Юдаллу, что «давно миновали те времена, когда вы могли отшлепать нас, как мальчишку. Теперь мы можем сами наподдать вам… поэтому давайте не будем говорить о силе; мы одинаково сильны».
16 октября 1962 года, когда большая часть пусковых установок была уже доставлена на Кубу, Хрущев сказал новому послу США в СССР Фою Колеру, преемнику Томпсона, что он собирается посетить сессию Генеральной ассамблеи ООН в ноябре и обсудить с Кеннеди вопросы по Западному Берлину. К этому времени Москва уже могла бы представлять серьезную угрозу для США и, значит, оказывалась в лучшем положении. Хрущев решил использовать ракеты на Кубе не столько для защиты Кубы, сколько для того, чтобы добиться решения берлинского и германского вопросов так, как он этого хотел. Берлин остается «основной проблемой советско-американских отношений», заявил Хрущев новому послу в США Анатолию Добрынину.
Позже Хрущев вспоминал:
«Я пришел к выводу, что если мы все сделаем тайно и если американцы узнают про это, когда ракеты уже будут стоять на месте, готовыми к бою, то перед тем, как принять решение ликвидировать их военными средствами, они должны будут призадуматься. Эти средства могут быть уничтожены США, но не все. Достаточно четверти, даже одной десятой того, что было бы поставлено, чтобы бросить на Нью-Йорк одну-две ядерные ракеты, и там мало что останется. Атомная бомба, сброшенная США на Хиросиму, имела мощность в двадцать тысяч тонн. А нашу бомбу в миллион тонн еще никто не проверил на себе. Но по нашим испытаниям было известно, что разрушения производятся колоссальные. Я не говорю, что все бы там погибли. Нет, не все бы погибли, но трудно сказать, сколько не погибло бы… Думалось, что это сможет удержать США от военных действий. Если бы сложилось так, то было бы неплохо: получилось бы в какой-то степени «равновесие страха», как Запад это сформулировал. Они окружили нас военными базами и держат под возможностью ударов нашу страну. А тут американцы сами бы испытали, что означает такое положение».