Отступление союзников из Норвегии в первую неделю июня 1940 года, вкупе с продвижением немцев в Европе, оказало существенное влияние на подводную войну и фактически на весь ход войны. Британия была вынуждена вывести из Норвегии 36 000 солдат союзников. 338 226 солдат Британских экспедиционных сил были эвакуированы из Дюнкерка при героической поддержке с моря. Военная машина нацистов набирала обороты, и премьер-маршал Франции Анри Пэтэн попросил Гитлера о перемирии, чтобы спасти Францию от блицкрига, который уже сокрушил Нидерланды. По условиям оккупации нацисты получили контроль над большей частью береговой линии Франции, а Пэтэн сделал столицей городок Виши оккупированном юго-востоке.
Когда Уинстон Черчилль стал премьер-министром, он предупредил, что Битва за Британию вот-вот начнется. Официально она началась 8 августа, и Королевские ВВС отлично сражались на передовой. Битва за Британию дорого обошлась и подводному флоту. Операции минных заградителей и дозоров на севере простирались вплоть до важного и хорошо защищенного норвежского порта Тронхейм. Весь путь проходил в глубинах Северного моря, от восточного побережья Британских островов, через Английский канал; вскоре они перенесли свои действия на французское побережье и порты Бискайского залива. Еще более долгие патрули были необходимы для того, чтобы своевременно заметить признаки готовящегося вторжения, в то же время нужно было проводить эффективные атаки на вражеский флот.
Кроме того, в защите нуждались идущие из Северной Америки корабли со снабжением, а также британские колониальные государства. Эта задача легла в основном на надводные эскорты, но участие подводного флота также было значительном. Уже испытывавшие недостаток и в личном составе, и в лодках, британские подводные флотилии продолжали нести тяжелые потери уже за месяц до начала Битвы за Британию, когда возможность вторжения немцев еще только казалась вероятной. Лодки, которые продолжали действовать у берегов Норвегии, были особенно уязвимы из-за долгого светового дня, что сокращало возможности для зарядки батарей, возвращения на поверхность или отдыха после атак. По этим причинам, а также из-за увеличения численности немецких подводных лодок, противолодочных морских судов и нападений с воздуха Макс Хортон был вынужден отдать приказ о временном отступлении патрулей из опасных зон у берегов Норвегии, таких как Тронхейм.
Тем не менее он настойчиво продолжал посылать свои корабли на выполнение тайных и специальных операций, таких как высадки агентов, диверсантов, организаторов сопротивления, или для перевозки снаряжения. Например, 4 июля «Си-вульф», под командованием лейтенант-коммандера Стадхольма, высадила на остров Уллерс норвежских морских офицеров для ведения разведки. Через пять дней лодка вернулась, чтобы забрать разведчиков. Впоследствии проводилось множество подобных операций — и не только на побережье Норвегии, а практически на каждом из театров военных действий. Как мы узнаем из отчетов командиров, субмарины использовались для доставки на занятые врагом территории агентов, диверсантов и членов недавно сформированных частей, таких как Специальная Лодочная Служба, САС, и исполнителей специальных операций, а равно и представителей общей разведки. Наконец, подбирали буквально десятки людей, спасавшихся на самых разных суденышках из оккупированных немцами стран. Без помощи британских подводников беженцы никогда не смогли бы пересечь суровые воды Северного моря.
Риск был велик, и с ходом войны он только увеличивался; подобное использование подводных лодок становилось все более частым. По необходимости капитанам субмарин приходилось подходить к берегу порой на опасно близкое расстояние, нередко в пределах досягаемости береговых батарей. Казалось бы, простая задача высадки диверсантов в байдарки, на которых те должны были добираться до берега, например, была связана с необходимостью четверть часа или еще дольше оставаться на поверхности в кишащих немецкими подлодками водах, под огнем надводных кораблей или в зоне частых рейдов противолодочных самолетов. Именно эта составляющая немецкой обороны теперь начинала чинить серьезные препятствия подводному флоту Британии. Несколько лодок одна за другой в июле того же 1940 года затонули или были затоплены своими командами из-за разрушений, причиненных новым оружием — глубинными бомбами, которые сбрасывались с самолетов.