Хотя она и была в замешательстве, она всё-таки заявляла о своём праве управлять королевством своей матери, но она колебалась, объединить ли свою власть с мужем или с отцом. Между мужчинами, которые продолжали утверждать, что Хуана помешана, начались разногласия. Хуана, боясь, что муж изолирует её как сумасшедшую в городе Кохесес, «спешилась и распласталась на земле… Она отказывалась въехать в город и провела ночь на спине мула, двигаясь туда-сюда». Затем в Бургосе Филипп серьёзно заболел то ли оспой, то ли корью и умер 25 сентября 1506 г. Хуана, которая самым преданным образом ухаживала за больным мужем, «не оставляя его ни днём, ни ночью», была сражена горем. Она выехала из Бургоса в конце декабря с намерением отвезти тело мужа для захоронения в далёкой Гранаде, где находилась гробница её матери Изабеллы. По дороге она два раза посетила картезианский монастырь в Мирафлорес, приказав, чтобы в её присутствии открыли гроб. «Она смотрела на тело и касалась его без всякого проявления чувств и не проливала слёз».
У неё были причины приказать открыть гроб, так как она боялась, что фламандцы тайно похитят тело и увезут в Нидерланды, ибо его сердце было уже забальзамировано и переправлено туда. Хуана так и не доехала до конца своего мрачного путешествия, потому что в Торквемаде она почувствовала родовые схватки и вынуждена была остановиться; её дочь Екатерина родилась 14 января 1507 г.
Её отец Фердинанд находился в своих итальянских землях, когда он без всякого сожаления услышал о смерти своего зятя. Он приказал кастильцам повиноваться Хуане, но он явно не собирался позволить ей править. Когда он вернулся в Испанию, то с трудом уговорил её сопровождать его во дворец-крепость Тордесильяс, примерно в 24 милях от Вальядолида, который стал для неё домом, если можно его так назвать, на оставшиеся сорок шесть лет. Когда она поняла, что находится в заключении по приказу своего отца, она впала в страшную депрессию. Её муж наконец-то был похоронен в галерее соседнего монастыря Св. Клары, на которую королева могла печально глядеть из своего окна. Постепенно она погрузилась в ещё более глубокую меланхолию. «Королева, — сообщали в ноябре 1510 г., — не ест, не спит и не одевается как надо, и становится всё слабее и помешаннее… Так как она вела такую жизнь, и так как одежда на ней была такая жалкая и несоответствующая её достоинству, казалось, мало надежды, что она проживёт много дней».
Но она выжила в психической машине времени. Её отец, Фердинанд, управлял Кастилией от её имени. Он женился второй раз на французской принцессе Жермене де Фуа в надежде завести наследника; но их сын, рождённый в 1509 г., не выжил, а любовное снадобье, составленное из различных трав и яиц быка, которое ему прописали, не усилило, а ослабило его потенцию, и он заболел. Он и его жена посетили Хуану в январе 1513 г. Через три года он умер, оставив свои земли старшему сыну Хуаны Карлу. «Королева только я, а мой сын Карл только принц», — протестовала Хуана, но это ни к чему не привело, у Карла не было ни малейшего намерения отказываться от власти. Карл не видел матери с детства, а когда наконец он её навестил, то был поражён, как она отощала и какое старьё на неё надето. Он нашёл атмосферу Тордесильяса гнетущей. Когда он предложил, чтобы его сестра Екатерина, которая от рождения оставалась с матерью, уехала из дворца, его мать устроила истерику.
Хуана была изолирована от окружающего мира, и ей намеренно не сообщали о том, что происходит. За ней постоянно наблюдали и не разрешали даже посещать службу в монастыре Св. Клары. «Так или иначе, — писал её комендант, маркиз Дения, — я помешаю ей выходить, и хотя причины трудно будет найти, я что-нибудь придумаю в рамках приличия». Увядающая женщина потеряла аппетит, не следила за одеждой, не ложилась спать, когда надо, и, что казалось Дении самым тревожным симптомом, не хотела даже ходить к мессе.