Практически Дон Карлос всё равно что умер. «О принце говорят, как будто он умер», — замечал иностранный посол. «Испанский принц, — сказал флорентийский посланник, — настолько забыт, что его как будто и никогда не было в этом мире». Филипп направил все свои надежды на беременность своей жены Елизаветы, так как рождение сына дало бы ему возможность начать процедуру лишения Дона Карлоса наследства. Юристы короля отыскали подходящий прецедент: принц Карл Вианский был лишён наследства его отцом Иоанном II Арагонским в 1461 г. Король сказал своей жене, чтобы она перестала плакать. Грандам было приказано воздерживаться от разговоров о Доне Карлосе и даже не упоминать его в своих молитвах, «потому что несчастный молодой человек становится всё более помешанным с каждым днём». «О нём, — замечал французский посол, — очень быстро забывают, и так редко разговаривают о нём, как будто он вообще никогда не рождался».
Но Дон Карлос всё ещё был жив, иногда в здравом уме, иногда путаясь. Его держали в строгом заключении, не позволяли выходить из комнаты или показываться в окне. Единственный свет проникал из окна, которое было высоко в стене, и камин был закрыт решёткой, чтобы помешать ему броситься в огонь. Сначала ему не разрешали слушать мессу, но позже было проделано окно с деревянной решёткой, которое позволяло ему следить за службой.
Хотя бывали времена, когда он надеялся, что снова вернёт себе милость, он был очень подавлен и думал о самоубийстве. Услышав, что бриллиант, введённый в желудок, становится ядом, он пытался проглотить кольцо. Он объявил голодовку, и его кормили насильно. «Когда он и вправду проголодается, — сказал Филипп, — он станет есть». На Пасху принц исповедался у личного духовника короля, Фра Диего де Чавеса, в надежде, что его простят. Ходили слухи, что он стал спокойнее, не таким буйным, как когда-то. Филипп писал своей сестре Марии, чтобы она передала эту информацию императору: «Ваши величества знают, что бывают моменты, когда дух более здрав, чем в другие, и что на несовершенства его характера нужно смотреть по-разному. То, что касается правления и публичных действий, это совсем не то, что личные поступки частной жизни… ибо может случиться, что кто-то прекрасно приспособлен ко второму, но совершенно не готов к первому. Ваши величества должны понять, что недостатки принца проявляются не в конкретных действиях, но в дефекте понимания, который, за мои грехи, Господь допустил в моём сыне».
В конце туннеля не было ни проблеска света. О его смерти рассказывают по-разному, но говорят, что его мучила жара мадридского лета, он лежал обнажённый на своей кровати, на которую положили лёд, привезённый с гор. Затем он поел паштет, приготовленный из четырёх куропаток, и запил большим количеством ледяной воды. Он был физически слаб, у него поднялась температура и он умер на рассвете 24 июля 1568 г. Говорили, что при кончине он был в совершенно здравом уме и примирился со своим Создателем, но то же сообщали и о смерти его прабабки.
Немногие оплакивали смерть столь беспокойного духа. «Его удаление на небеса, — докладывал агент герцога Альбы, — был великим благом для всего христианского мира, потому что определённо если бы он жил, он бы его разрушил. Его психическое состояние и привычки были совершенно беспорядочны. Там наверху ему хорошо; мы все, кто его знал, благодарим Господа за его смерть». Филипп издал указ, что должен быть девятидневный траур по всей стране и год при дворе. Мачеха Дона Карлоса, Елизавета Валуа, казалось, горевала больше, чем Филипп. «Уверяю вас, для меня это такая же потеря, как если бы он был моим собственным сыном». Состояние её здоровья очень скоро ухудшилось, и она умерла 3 октября 1568 г., когда ей не было ещё двадцати трёх лет, родив девочку, которая вскоре тоже умерла. Весь остаток своей долгой жизни, за исключением торжественных церемоний, Филипп всегда ходил в чёрном. Но испанской империи всё ещё нужен был наследник, и пробил час, когда он женился на принцессе Анне (Австрийской. —
Естественно, языки начали болтать, особенно среди многочисленных врагов Филиппа. «Испанский принц умер, и не без серьёзных подозрений», — рассказал английский посол доктор Мэн Сесил. В своей «Апологии», датированной 1581 г., голландский предводитель Вильгельм Молчаливый, заявил, что Дон Карлос пал жертвой ненависти своего отца и испанской инквизиции: «Отец противоестественно убивает своё собственное дитя и наследника с той целью, чтобы таким образом у папы появилась пустота и он мог бы дать разрешение на такой отвратительный инцест», — намёк на позднейший брак Филиппа и Анны, его племянницы. Бывший секретарь Филиппа, Антонио Перес, который бежал во Францию в 1593 г., намекал, что в течение четырёх месяцев принцу в пищу подмешивали яд.