Библейские труды Ф. Многочисл. церк. — администрат. обязанности Ф. не позволили ему создать единого и цельного толкования на все свящ. книги или на к. — л. *раздел Библии. Однако ему принадлежит ряд работ экзегетич., герменевтич. и исагогич. характера. В период ректорства он составил лекционные конспекты по курсу Свящ.Писания ВЗ (*Пятикнижие в целом, Исх, Пс, *Учительные книги и т. д.). Большинство их было издано лишь посмертно. При жизни Ф. вышли его книги: «Опыт изъяснения псалма LXVII» (СПб., 1814), «Записки руководствующия к основательному разумению на книгу Бытия, заключающие в себе и перевод сия книги на русское наречие» (М., 1816), «Начертание церковно–библейской истории» (СПб., 1816), «Дух премудрости. Премудрый Соломон 7:22,23» (ХЧ, 1830, ч.39), «Изъяснение 53 гл. пророчества Исайи об Иисусе Христе» (ХЧ, 1832, ч.46), «Письмо о грехопадении прародителей» (ПТО, 1846, № 4), «К вопросившему о значении слов кн. Бытия (3:22) «Се Адам бысть яко един от Нас»» (ДЧ, 1865, № 8). Труды эти впоследствии переиздавались. Слог Ф. был неск. архаичным даже для своего времени и не обладал легкостью, свойственной творениям его современника архиеп. *Иннокентия (Борисова). Но это искупалось глубиной мысли, строгостью аргументации, богосл. и науч. насыщенностью.
Ф. называл Библию «единым чистым и достаточным источником учения веры», что давало повод критикам усматривать в этом протестантские тенденции. Однако эти критики упускали из виду, что для Ф. Писание и *Предание были неразделимы. Библия, по его словам, есть лишь «продолжение и неизменно упроченный вид предания». Настаивая на примате Писания, он хотел сказать, что оно содержит Предание в наиболее четкой и неповрежденной форме. Устное Предание, по его мнению, должно всегда проверяться через письменное (Библию), и кто об этом забывает, тот подвергается опасности «разорить заповедь Божию», подменить ее преданиями человеческими. Примечательно, что Ф., всецело проникнутый духом святоотеч. мысли, не считал правильным ставить знак равенства между Библией и св.отцами. «Так ли верно, — спрашивал он, — можно определить минуту, когда церковный писатель сделался святым и, следовательно, не просто писателем, подверженным обыкновенным недостаткам человеческим?»
Новаторство Ф. заключалось и в создании им определенной методологии экзегезы, к–рая до него была слабо разработана в России. Сначала он трактовал об общем смысле текста, упоминая о его сомнительных и неверных толкованиях, затем рассматривал композицию книги, а потом переходил к подробному его анализу на основе евр. текста и Септуагинты (когда речь шла о ВЗ). Завершалось толкование общими выводами.
Ф. широко, насколько было возможно в его время, привлекал для экзегезы сведения из *археологии, филологии, истории, *географии и естественных наук. Так, в «Записках на кн.Бытия» он отмечал наличие в Библии следов древней *космографии, что вызывало протесты со стороны консервативных кругов. Критич. приемы Ф. и его школы поражали даже инославных библеистов. Деятель Британского библейского общества пастор Роберт Пинкертон с удивлением отмечал, что профессора, «вышедшие из Невской академии, когда она была под управлением Филарета, очень склонны к библейскому критицизму и хорошо знакомы с писателями этого рода». Тем не менее Ф. был весьма далек от *рационализма в библеистике. По словам прот.*Елеонского Н., он соединял «научный, исследовательский характер» своей экзегетики с «верностью духу Православной Церкви и назидательностью».
В «Начертании церковно–библейской истории» Ф. исходил из *историзма Свящ.Писания и вводил библ. события в контекст широко понимаемой истории Церкви. По его мысли, Церковь как благодатное единение Творца и твари есть средоточие Божественного Домостроительства. «История Церкви, — писал он, — начинается вместе с историей мира. Самое творение можно рассматривать как нек–рое приготовление к созданию Церкви, потому что конец, для к–рого устроено царство натуры, находится в царстве благодати». По существу, вся история движется в эсхатологич. перспективе: от творения и падения — к обетованиям и *прообразам ВЗ, а от прообразов и пророчеств — к Боговоплощению. Завершится же все полнотой гармонии между Творцом и тварью. «Когда таинственное тело последнего Адама, к–рое ныне, Им Самим будучи слагаемо и составляемо чрез взаимное сцепление членов, соответственным действием каждого из них, возрастает в своем составе, созиждется совершенно и окончательно, тогда воздвигнутое своею Главою, проникнутое Духом Святым, торжественно явит оно во всех своих членах единый образ Божий, и наступит великая Суббота Бога и человеков». Это видение святителя перекликается с эсхатологией *Тейяра де Шардена и др. христ. мыслителей 20 в.
Богатейший материал по Свящ.Писанию содержат «Сочинения Ф., митр. Московского и Коломенского. Слова и речи» (т.1–5, М., 1873–85). «Как богослов и учитель Филарет был прежде всего библеистом. В проповедях своих он прежде всего толкователь Слова Божьего. На священное Писание он не только ссылается, в доказательство, в