Задержка в Феодосии оказалась неудачной как для Клапдора, так и для его лодки. 31 марта во время налета советской авиации U-9 получила попадание бомбой в левый борт, в результате чего в ее прочном корпусе образовалась трещина. Сам Клапдор был ранен и попал в госпиталь, а лодку на ремонт в Севастополь повел вахтенный офицер Вольф-Дитрих Дерманн. Из Севастополя в Констанцу лодка отправилась под началом временно прикомандированного офицера.
7 апреля U-9 принял под командование экс-командир U-24 капитан-лейтенант Клаус Петерсен (Klaus Petersen). 26 апреля после окончания ремонта он вывел лодку в 11-й по счету боевой поход в Черное море в район между Туапсе и Новороссийском. Петерсен действовал очень активно и агрессивно, пожалуй, со времен Люта U-9 не ходила под началом такого напористого командира.
5 мая в районе Туапсе Петерсен расстрелял из зенитного 20-мм автомата и пулемета MG-15 советскую рыболовную шхуну «Буревестник». Подлодка вела огонь до тех пор, пока парусник не начал дымиться и садиться кормой в воду. По «Буревестнику» было выпущено 420 снарядов из зенитки и 320 пуль из пулемета, но шхуна в итоге не затонула, а была лишь повреждена. 7 мая Петерсен атаковал торпедой каботажное судно, но промахнулся.
Спустя четыре дня U-9 совершила удачную атаку. 11 мая в 16:32 во время нападения на советский конвой в районе Туапсе она выпустила самонаводящуюся торпеду и поразила сторожевой корабль «Шторм», которому взрывом оторвало корму. Командир сторожевика капитан-лейтенант В. А. Паевский и командир БЧ-5 инженер-капитан-лейтенант П. И. Дурнов сумели организовать борьбу за выживание. Корабль остался на плаву, и базовый тральщик «Щит» отбуксировал его в Туапсе. 31 июля «Шторм» был переведен для восстановления в Поти, где простоял до окончания войны, а затем был восстановлен в плавдоке Севастопольского морского завода.
Капитан-лейтенант Клаус Петерсен. Фото взято из книги Enders, G. Deutsche U-Boote zum Schwarzen Meer / G. Enders. – Verlag E. S. Mittler & Sohn, 1997
Неугомонный Петерсен продолжил свой поход в том же духе. В полдень 17 мая U-9, находясь у Геленджика, атаковала советский конвой, выпустив по входящему в него танкеру две торпеды, но промахнулась. 25 мая Петерсен снова совершил торпедную атаку в районе Туапсе, выпустив самонаводящуюся торпеду по сторожевому катеру. Взрыв был услышан через 11 минут 30 секунд, но атака оказалась безрезультатной. Стоит отметить, что этот поход дался Петерсену нелегко, так как дизели лодки постоянно давали сбои. За сутки до последней атаки командир отправил в штаб флотилии радиограмму, запросив отход на базу из-за неисправности одного из дизелей. 28 мая U-9 пришла в Констанцу, завершив свой результативный поход на Черном море.
После возвращения на базу к руководству лодкой вновь вернулся поправившийся после ранения Хайнрих Клапдор, который 15 июля вывел лодку в последний поход, длившийся до 11 августа. В это время Клапдор действовал у побережья Кавказа, где совершил две неудачные торпедные атаки малых советских кораблей.
В августе 1944 года немецкая группировка кораблей на Черном море доживала последние дни. Во время налета советских пикирующих бомбардировщиков Пе-2 ВВС Черноморского флота на Констанцу 20 августа 1944 года было потоплено и повреждено много кораблей и судов. U-9 в числе прочих получила прямое попадание бомбы и легла на грунт у пирса. Попытки немцев поднять лодку ни к чему не привели. Кроме нее, были серьезно повреждены U-18 и U-24, которые спустя пять дней немцам пришлось затопить – было очевидно, что Констанца вот-вот будет занята советскими войсками.
22 октября 1944 года U-9 была поднята аварийно-спасательной службой советского Черноморского флота и отбуксирована в Николаев. 19 апреля 1945 года она была поставлена на восстановительный ремонт и зачислена в состав ВМФ СССР с присвоением обозначения ТС-16. 12 декабря 1946 года лодка была исключена из списков ввиду невозможности восстановления и сдана на разборку.
U-9 в гавани Констанца, потопленная бомбами советской авиации. 1944 г.
Так закончилась история второй лодки с номером U-9, которая несла на своей рубке Железный крест в память о заслугах ее предшественницы из кайзеровского флота.
Стоит отметить, что в сравнении судеб обеих крестоносных лодок прослеживается много совпадений. Обе лодки максимально активно воевали в начале своей карьеры в Северном море под командованием таких талантливых командиров и подводных асов, как Отто Веддиген и Вольфганг Лют. Вторая часть карьеры обеих U-9 связана с боевыми действиями против России, где они особыми успехами не блистали, но каждая записала на свой счет потопленные или поврежденные корабли под Андреевским или советским флагом. Обе лодки фактически уцелели до окончания боевых действий и попали в руки победителей, которые пустили их на слом. Возможно, в этом есть что-то символическое и для флота Германии, который дважды на протяжении полувека спускал свои флаги перед победителями.