В Париже вместо прежнего центрального комитета Лиги был учрежден Совет шестнадцати, в который кроме Генриха Гиза вошли и его братья – Карл, кардинал Лотарингский и Людовик, герцог Майенский. В планы Совета входило свержение короля Генриха III и заточение его в монастырь, а на место короля Франции была выдвинута единственная кандидатура – Генриха Гиза. Несколько раз заговорщики были готовы осуществить свой замысел, но каждый раз король узнавал о нем благодаря доносам одного из членов Совета шестнадцати, Николя Пулена, и был готов к обороне. Положение короля с каждым разом становилось все более шатким. Его распоряжения не выполнялись, приказы игнорировались. Так, в сентябре 1587 года был дан приказ для ареста приходских священников, являвшихся сторонниками Гиза и проводивших за него агитацию в своих приходах. Когда же по приказу короля солдаты пришли их арестовывать, прихожане с оружием в руках выступили на их защиту, и королю пришлось дать всем священникам прощение. В другой раз король приказал сестре Гизов госпоже Монпансье покинуть Париж в 24 часа, но она и не подумала этого делать, продолжая появляться открыто как в городе, так и на приемах.
В том же 1587 году произошли ряд сражений между войсками Гиза и короля Наваррского. Последнему удалось одержать победу над католиками в битве при Кутре, и Генрих Гиз направил все силы на борьбу с немецкими наемниками, прибывшими на помощь гугенотам. Окончательно разгромить их ему удалось в сражении при Оно (4 ноября 1587 года), после которого лишь небольшая часть немецких наемников смогла спастись бегством. За эту победу герцогу Гизу папа прислал в награду священный меч, и его специальным решением король Наваррский и принц Конде были лишены права на французскую корону.
В дальнейшем Гиз стал просить короля Генриха III о решительных действиях против гугенотов, вплоть до их полного истребления. Король на это не соглашался и даже запретил герцогу приезжать в Париж.
Все время король проводил в Лувре, окруженный телохранителями. Весной 1588 года он получил от Генриха Гиза очень любезное письмо с просьбой о разрешении приехать в Париж. Король снова отказал Гизу в его просьбе, но, несмотря на это, Генрих Гиз прибыл в Париж в мае 1588 года и был восторженно встречен горожанами. Обстановка в столице накалялась, и король отдал приказ подтянуть к Парижу все войска, расположенные в окрестностях. Екатерина Медичи взяла на себя роль примирительницы сына с Генрихом Гизом, а при личной встрече последний уверял короля в своей верности. Но это не разрядило обстановку. Вошедшие в столицу войска народ встретил оружием и камнями, а на улицах быстро устраивались завалы. День 12 мая вошел в историю Франции как день баррикад. Для усмирения волнений Гиз предложил королю свою помощь, на которую тот был вынужден согласиться.
Герцога Гиза парижане встречали ликованием, мятеж вскоре прекратился. Но Генрих III на следующий день выехал из столицы в Шартр. Затем под давлением Гиза был обнародован очень неблагоприятный эдикт для протестантов, а Гиз получил титул коннетабля Франции. Для упрочения такого положения дел в Блу были созваны Генеральные штаты, и теперь Гиз достиг полного могущества, но нерешительность герцога помешала ему сделать последний шаг к заветной короне. Все это побуждало короля Генриха III покончить с ненавистным временщиком.
Начальник королевской гасконской стражи Лоньяк принял на себя исполнение решения короля. Находясь в Блуа, герцог Гиз был предупрежден Маргаритой Наваррской о готовящемся на него покушении, но он был уверен, что его популярность в народе и высокое положение при дворе гарантируют ему полную безопасность. Утром 23 декабря 1588 года он отправился на королевский совет, и в приемной короля подвергся нападению королевской стражи. Он скончался на месте от множественных ран, нанесенных ему мечами и кинжалами. Его брат, кардинал Лотарингский, был убит на следующий день.
Весть о гибели братьев Гизов поразила не только Париж, но и всю Францию. На голову Генриха Валуа сыпались проклятья, и народ требовал мщения за убийство герцога и кардинала. Во главе Лиги встал брат убиенных герцог Майенский. Францию снова охватила война. В августе 1589 года был убит король Генрих III. Его убийцей стал Клеман, вызвавшийся отомстить королю за лишение церкви ее опоры в лице покойного герцога Гиза. Весть о смерти короля парижане встретили ликованием, отметив это событие пиршествами и иллюминацией.