Закон закреплял систему внебюджетных экологических фондов федерального, регионального и местного уровней, которые наполнялись за счет платежей природопользователей и загрязнителей. Дорогостоящее оборудование для лабораторий покупалось на средства территориальных экологических фондов, реже — федерального экологического фонда или зарубежных организаций на грантовой основе.
Были установлены два базовых норматива платежей: за загрязнение в пределах допустимых нормативов и за загрязнение в пределах временно установленных лимитов; отдельно обговаривался порядок расчета платы за загрязнение сверх установленных лимитов.
Средства, которые предприятия выделяли на природоохранные мероприятия, многократно превышали федеральное финансирование. Например, в 1995 году эти затраты составили 9,3 млрд долл. при бюджете министерства 24 млн дол., в 1997 году — 1,8 млрд долл. при бюджете Госкомитета около 50 млн долл., в 1998 году — 1,2 млрд долл. при бюджете Госкомитета около 30 млн долл., в 1999 году — около 640 млн долл. при бюджете комитета 22 млн долл.[260]
Система экологических фондов действовала вне общей финансово-бюджетной системы, что открывало широчайшие возможности для злоупотреблений. Любопытная деталь свидетельствует о настроениях экологической общественности, стоявшей за принятием закона «Об охране окружающей природной среды»: согласно закону, экологические фонды могли пополняться за счет пожертвований иностранных физических и юридических лиц в иностранной же валюте. Возможности жертвовать рубли российским гражданам и юрлицам законодатели не предоставили.
Бывший зампредседателя Федерального экологического фонда Д. Хуснутдинов рассказал, какими титаническими усилиями финансовый директор ФЭФ, бывший руководитель Госплана П. Анисимов отстоял идею внебюджетного федерального экологического фонда, несмотря на то, что многие в Минэкономики считали иначе, и вопреки тому, что внебюджетных фондов нет нигде в развитых странах, поскольку это противоречит основополагающим принципам финансово-бюджетной дисциплины современного государства. «
Чиновники ФЭФ развернули активную предпринимательскую деятельность. Экологи были недовольны естественным и законным интересом к этой деятельности со стороны контролирующих органов. «
На местном уровне злоупотребления в экологических фондах были скорее нормой, чем исключением. Много говорилось о злоупотреблениях экологических фондов в печати. Большое количество примеров нарушений приводилось и в Государственном докладе о состоянии окружающей природной среды Российской Федерации в 1997 году.