К декабрю 1941 г. Япония располагала 63 боеспособными лодками. В постройке находилось 29 кораблей и еще на 38 выделили средства в рамках бюджета на 1941/42 гг. Организация японских подводных сил по состоянию на декабрь 1941 г. Формально подводными силами руководил командующий Шестым флотом вице-адмирал Мицуми Симидзу, но под его началом находились только Первая, Вторая и Третья эскадры. Шестой флот предназначался для борьбы с боевыми кораблями противника на подходах к Гавайским о-вам и у западного побережья США Кроме того, он должен был вести разведку в интересах командующего Объединенным флотом. Вице-адмирал Мива и его штаб находились на борту учебного крейсера "
Схема боевой организации подводных лодок Императорского флота по состоянию на 10.04.1942 г.
Схема боевой организации подводных лодок Императорского флота по состоянию на 14.07.1942 г.
16.03.1942 г. вице-адмирала Мицуми Симидзу на посту командующего Шестым флотом сменил вице-адмирал Терухисо Комацу, который для атаки боевых кораблей противника в портах и базах, 28.03.1942 г. сформировал Восьмую эскадру во главе с контр-адмиралом Нобору Исидзаки. В нее вошли носители карликовых лодок и корабли с бортовыми самолетами. После поражения у атолла Мидуэй, высшее японское руководство поняло, что вынудить США на заключение мира путем быстрого захвата обширных районов в юго-западной части Тихого океана невозможно и приняло решение перейти к обороне. Для повышения эффективности подводных сил на Шестой флот возложили ответственность за борьбу с боевыми кораблями и торговым судоходством противника. Командующему Восьмым флотом, отвечающему за район Соломоновых о-вов, подчинили Седьмую эскадру, Флоту Юго-Западного района передали несколько лодок, а в районе Алеутских о-вов сосредоточили устаревшие корабли 26-го и 33-го дивизионов. Кроме того, МГШ предложил изучить возможность нанесения воздушных ударов по судостроительным центрам на западном побережье США. Впоследствии зти предложения быпи реализованы в рейде
3.09.1942 г. все находившиеся в строю лодки, передали в распоряжение командующего Шестым флотом, который для пресечения коммуникаций противника между о-вами Фиджи и Гуадалканал сформировал Соединение "А", которым руководил штаб Шестоro флота. Вскоре после удачной атаки