Борьба с боевыми кораблями противника являлась приоритетом для японских ПЛ в период с декабря 1941 г. по апрель 1942 г. При этом лодки использовались методом завес или самостоятельного крейсерства. Командующие эскадр были обязаны организовать поиск кораблей противника и, в случае их обнаружения, долvжить по команде и руководить атакой своих лодок, используя приборы звукоподводной связи. Командирам лодок рекомендовалось воздерживаться от использования торпед против торговых судов и, по возможности, топить их при помощи артиллерии. В течение пяти месяцев японским подводным силам удалось лишь повредить американский АВ Saratoga.
Причиной столь низкой результативности являлись налаженная система противолодочной обороны ВМС США, сравнительно небольшое число целей, порочная практика руководства соединениями лодок на месте — с одной из них, попытки MГШ вмешаться в деятельность командующих Шестым флотом и отдельных эскадр, отсутствие на лодках радиоэлекторонных средств обнаружения, слабое взаимодействие со своими надводными кораблями и авиацией. В ходе операций против Перл-Харбор, оккупации Малайи и о-вов в южной части Тихого океана японцам так и не удалось организовать "классическую" атаку соединений противника с использованием группы лодок, действиями которой руководил бы флагман эскадры. Надо сказать, MГШ правильно оценил ситуацию и довольно быстро перенацелил свои подводные силы на борьбу с торговым судоходством противника. Вместе с тем, наиболее боеспособные корабли предписывалось сохранять для предстоящего генерального сражения. Таким образом, изменив оперативно-тактические принципы использования лодок, японцы со стратегической точки зрения продолжали считать их одним из основных средств борьбы с линейными силами противника. В результате лодки продолжили охоту за боевыми кораблями противника. Так, планируя захват Порт-Морсби (на о. Новая Гвинея), МГШ выделил для его блокады Rо-ЗЗ и Rо-З4, а I-22, I-24, I-28 и I-29 развернул в завесу в районе 250 миль к юго-западу от о. Гуадалканал с задачей поиска и атаки соединений противника, пытающихся прорваться к южному побережью Новой Гвинеи. Действия этих ПЛ дожны были обеспечивать I-21 и I-27, которые имели бортовые самолеты. 18.04.1942 г. во время перехода к Соломоновым о-вам, шесть последних кораблей направили в район к востоку от о-вов Бонин на перехват американских авианосцев Ноrnеt и Enterprise, нанесших удар по Токио. Противника они не нашли и продолжили движение на юг спустя несколько дней. 2.05.1942 г. во время сражения в Коралловом море, одна лишь I-21 находилась в 32 милях от американского АВ Yorktown, но в торпедную атаку не выходила. Командир корабля ссылался на то, что не обнаружил противника. Однако, используй он бортовой самолет, ход сражения мог бы измениться. Тем не менее, "успех" I-21 стал единственным для японских подводников во время операции против Порт-Морсби.Несмотря на очевидный провал всех попыток использовать ПЛ против надводных кораблей противника, в плане операции по оккупации атолла Мидуэй и о-вов Алеутской гряды предполагалось участие двух эскадр (третьей и пятой), 13-го ДПЛ и новейшей I-11
. Ими руководил командующий Шестым флотом. Лодки должны были быть развернуты в три завесы на предполагаемых курсах движения соединений противника. Однако, корабли пятой эскадры (I-59, I-60, I-62, I-64, I-65 и I-66) морально устарели и не могли прорвать противолодочное охранение американских авианосцев, о чем вице-адмирал Комацу неоднократно докладывал в MГШ. Кроме того, не все ПЛ, назначенные в завесы, вышли на исходные позиции к 4.06.1942 г. — к моменту начала операции. В результате, ни одна из них даже не смогла обнаружить противника. Удалось отличиться лишь I-168, которая возвращалась на базу после обстрела атолла Мидуэй. Утром 5.06.1942 г. адмирал Ямамото направил ее в район, где предположительно находился поврежденный в бою американский авианосец Yorktown. Лодке удалось его обнаружить и выйти в торпедную атаку. Из четырех выпущенных торпед, одна попала в авианосец, а две — в стоявший рядом ЭМ Наmmаnn. Оба корабля затонули. Сражение за атолл Мидуэй стало последней операцией, где для японских ПЛ главной целью являлись боевые корабли противника.