После начала боев эа Соломоновы о-ва МГШ приказал сосредоточить в этом районе большую часть боеспособных лодок Шестого флота. Первоначально они использовались позиционным методом. Во главе группы находилась I-9
, командир которой должен был организовывать атаки против соединений противника. В качестве главной цели командирам рекомендовалось выбирать войсковые транспорты и танкеры. Действия лодок не согласовывались с операциями Объединенного флота и армейских частей. Такая тактика не принесла существенных результатов. 31.08.1942 г. I-26 к северо-западу от о. Эспириту Санто торпедой тяжело повредила американский АВ Saratoga. Командир лодки передал флагману группы координаты соединения противника, но тот атаку организовать не смог. В начале сентября 1942 г. командование Объединенного и Шестого флотов провели совещание с участием командующего 17-й армии, в ходе которого была согласована операция по полному захвату о. Гуадалканал. В результате 3.09.1942 г. было сформировано Соединение "А", предназначенное для пресечения коммуникаций противника между о-вами Фиджи и Гуадалканалом. Им непосредственно руководил штаб Шестого флота, получавший информацию от других сил флота и армии. Лодки соединения крейсировали в ограниченных районах, которые могли оставить только по приказу командующего Шестым флотом. Изменение тактики незамедлительно сказалось на результатах деятельности ПЛ. Уже 6.09.1942 г. I-11 на подходах к Гуадалканалу обнаружила и атаковала американский авианосец Ноrnеt. Корабль спас один из его палубных противолодочных самолетов, глубинными бомбами уничтоживший идущую торпеду. 15.09.1942 г. штаб Шестого флота навел часть лодок Соединения "А" на американские авианосцы. I-19 удалось выйти в торпедную атаку, потопить авианосец Wasp, эсминец O'Brien и повредить новейший линкор North Carolina. Одновременно I-15 выпустила шесть торпед по авианосцу Ноrnеt, но промахнулась. Успех заставил вице-адмирала Комацу сформировать Соединение "Б", призванное блокировать о. Гуадалканал. Организация его использования была такой же как и у Соединения "A". К октябрю 1942 г. японцам удалось сосредоточить в районе Соломоновых о-вов около 30 лодок. Часть из них (имевшие авиационное вооружение) находилась в самостоятельном крейсерстве, а остальные использовались позиционным методом или патрулировали в ограниченном районе. Во время крупных сражений между надводными кораблями, лодки отводились из районов, где оперировали соединения Объединенного флота. Это объяснялось тем, что на них не было аппаратуры опознавания "свой — чужой". Шестой флот, например, не смог принять участие в бою 25–26.10.1942 г. у о. Санта Круз. В этот момент его корабли находились в 200 милях к северо-востоку и противника даже не обнаруживали. После боя японские лодки получили приказ уничтожить поврежденные американские корабли. 26.10.1942 г. I-21 у о. Санта Круз потопила зсминец Porter, спасавший пилотов сбитых самолетов с авианосца Hornet. Аналогичным образом сложилась ситуация после сражения у о. Гуадалканал в ночь на 13.11.1942 г. После ее завершения японские лодки начали самостоятельный поиск поврежденных кораблей противника на вероятных маршрутах их движения к о-вам Фиджи или Гавайям. 13.11.1942 г. I-26 в проливе Индиспенсейбл обнаружила американские крейсера San Francisco и Junеаu. Последний был поврежден и больше 13 узлов дать не мог. Лодка вышла в атаку и двумя торпедами потопила Juпеаu. Кроме того, в 1942 г. японским подводникам удалось повредить американский тяжелый крейсер Chester (20.10.1942 г. I-176 к востоку от о. Сан Кристобаль) и ошибочно потопить советсую лодку Л-16.