В 1943 г. МГШ продожал использовать лодки для блокады отдельных участков побережья или о-вов (например, Новой Гвинеи), где армия вела боевые действия. Их командирам рекомендовалось атаковать любые цели. Из-за развития американских противолодочных сил, к марту 1943 г. японские лодки не могли успешно решать поставленные перед ними задачи. 3десь уместно привести в качестве примера оборону о-вов Джилберта. В ноябре 1943 г. МГШ сделал вывод о предстоящей оккупации противником архиппелага и для противодействия ей сформировал Специальное Соединение, которое возглавил капитан 1 ранга Ивагами. Он должен был организовать подготовку кораблей к предстоящей операции, но, когда американская морская пехота высадилась на о. Тарава, лодки Соединения продолжали оставаться в распоряжении командующих эскадр. В результате I-19, I-21, I-35, I-39, I-40, I-169, I-174, I-115
и Ro-38 вышли в море без соответствующей подготовки, не имея конкретных приказаний. При этом командующий Шестым флотом вице-адмирал Такаги (сменил вице-адмирала Комацу в ноябре 1943 г.) начал издавать многочисленные и противоречивые приказы, что, по его мнению, должно было запутать противника. Корабли непрерывно и хаотически перемещались из одного района в другой, порой получали бессмысленные радиограммы и длительное время находились на поверхности в ожидании очередных приказов. В результате были потеряны шесть лодок. Лишь одной I-175 удалось потопить 24.11.1943 г американский эскортный авианосец Liscome Вау, что ни как не могло повлиять на ход борьбы за о-ва в центральной части Тихого океана. 16.11.1943 г. однотипная I-176 на подходах к атоллу Трук обнаружила в надводном положении и двумя торпедами потопила Corvina — единственную американскую субмарину, ставшую жертвой японских лодок. Кроме того, 20.07.1943 г I-11 на подходах к о. Нью-Джорджия двумя (из шести выпущенных) тяжело повредила австралийский легкий крейсер Hobart.Как казалось, в 1944 г. перед японскими лодками наконец открывалась возможность выполнить свое предназначение. Вице-адмирал Такаги планировал стянуть их к месту сражения главных сил флотов и нанести противнику максимально возможный ущерб до начала боевого соприкосновения. С этой целью было создано Специальное Соединение из 25–30 кораблей, которые разворачивались в три завесы на наиболее опасных направлениях. Когда американцы высадились на Марианские о-ва, сам Такаги оказался на Сайпане (с инспекционной проверкой) и не мог руководить деятельностью своих сил. Его заместитель контр-адмирал Уада был вынужден сосредоточить у Марианских о-вов все боеготовые ПЛ, имевшиеся на тот момент в центральной части Тихого океана или на атолле Трук. Характерно, что из них только три (Ro-36, Ro-43
и Ro-114) были заранее развернуты на позициях, а остальные 17 вышли в море только тогда когда японское морское комадование поняло, что рейд американских авианосцев к Марианским о-вам не являлся простой демонстрацией силы. Эта реакция оказалась запоздалой, и Шестой флот не повлиял на ход сражения в Филиппинском море, а слабая подготовка большинства экипажей привела к потере девяти кораблей.Японские лодки не сыграли существенной роли в боях за Филиппины 3.10.1944 г. Ro-41
У о. Моротай торпедой потопила эскортный миноносец Shelton, 24.10.1944 г. I-56 к востоку от о. Лейте торпедой повредила американский авианосец Santee; 28.10.1944 г. I-45 в 100 милях к востоку от о. Лейте атаковала соединение авианосцев и потопила эскортный миноносец Eversole, а 3.11.1944 г. I-41 к востоку от Филиппин тяжело повредила американский легкий крейсер Reno. При этом Ro-41 стала косвенной причиной гибели американской лодки Seawolf, которую глубинными бомбами ошибочно потопили оставшиеся корабли охранения авианосцев в ходе Филиппинской кампании японские лодки использовались позиционным методом. Позиции, как правило, располагались вдоль побережья архипелага напротив десантопригодных участков. В середине ноября позиции переместили на наиболее вероятные маршруты движения конвоев с войсковыми транспортами. Хотя взимодействие с надводными кораблями не было организовано, лодки постоянно передавали в штаб Шестого флота информацию о движении соединений противника. Бои за Филиппины стали последней попыткой организовать классическое использование японских лодок против боевых кораблей противника.