В январе 1943 г. была проведена очередная реорганизация Шестого флота. В этом году перед японскими подводными силами стояли две задачи: борьба с торговым судоходством и снабжение гарнизонов на блокированных о-вах. При этом значительная часть кораблей продолжала находиться в готовности поддержать Обьединенныи флот во время генерального сражения. Оперативный план предполагал заблогавременно развернуть лодки в завесы на наиболее вероятных маршрутах движения оперативных соединений противника. Их действиями должен был руководить штаб Шестого флота. На командующих эскадр (или командиров групп) возлагались чисто административные задачи. Дивизионы состояли из произвольного числа однотипных кораблей, с экипажами, имевшими одинаковый уровень боевой подготовки. Несколько иной была организация группировок, занимавшихся борьбой с торговым судоходством. В их состав планировали включать корабли, имевшие бортовые гидросамолеты. которые вели бы поиск судов противника. Однако на торговых коммуникациях соединения оперировали редко. На них, как правило, посылали одиночные лодки, имевшие низкий уровень боевой подготовки. Исключение составлял Индийский океан, где постоянно оперировала Восьмая эскадра. Именно здесь японцы добивались лучших результатов. Командующий эскадры не использовал бортовые самолеты, правильно полагая, что противник, благодаря радиолокации, сможет определить местоположение лодок и уклониться от атаки. В Индийском океане ПЛ действовали самостоятельно, крейсируя в строго назначенных районах. Здесь иногда одновременно патрулировало восемь кораблей (в сентябре-декабре 1943 г.).
В течение 1943 г. японская промышленность передала флоту 37 кораблей. Из них 10 принадлежали к типу
Схема боевой организации подводных лодок Императорского флота по состоянию на 1.01.1943 г.
Схема боевой организации подводных лодок Императорского флота по состоянию на 1.01.1944 г.
Схема боевой организации подводных лодок Императорского флота по состоянию на 1.01.1945 г.
Схема боевой организации подводных лодок Императорского флота по состоянию на 15.08.1945 г.
Большинство их экипажей не прошли курс боевой подготовки и как результат, в течение 12 дней японцы потеряли шесть лодок. На случай генерального сражения флотов вице-адмирал Такаги планировал создать Специальное Соединение из 25–30 лодок, которые заранее разворачивались бы в три завесы на наиболее опасных направлениях. 7.07.1944 г. вице-адмирал Такаги погиб на о. Сайпан и его должность занял бывший командующий Третьей эскадрой вице-адмирал Мива со штабом в Куре. Мива сразу приступил к формированию Специального Соединения, предназначенного для атаки боевого ядра флота противника, в случае его нападения на любой пункт периметра обороны Империи. Однако, когда начались бои за Филиппины, командующий Шестым флотом был вынужден включить в него практически все, имеемые у него на тот момент, боеспособные корабли. Так, например, даже были отозваны