(до июня 1940 г. заказ № 148) После вступления в строй перешла в непосредственное подчинение командующего Шестым флотом, и без приемных испытаний до конца декабря 1942 г. занималась боевой подготовкой во Внутреннем японском море. 1.01.1943 г. I-35 передали командующему Пятым флотом и с 3-го по 11.01.1943 г. она перешла на о. Парамушир. С 16.01 по 2.04.1943 г. ПЛ патрулировала у западного побережья США. Во время похода с палубы лодки запускали воздушные шары с контейнерами, начиненными зажигательной смесью. 2.04.1943 г. корабль вошел в состав 15-го ДПЛ Пятого флота. 15.04.1943 г. I-35 направилась к Датч-Харбор для поиска и атаки кораблей противника. 12.05.1943 г. она получила приказ следовать в базу. 22.05.1943 г. ПЛ пришла на о. Кыска, где вместе с I-34 приняла на борт 165 чел., которых 27.05.1943 г. доставила на о. Парамушир. С 13-го по 25.06.1943 г. корабль патрулировал у о. Кыска и затем до 15.08.1943 г. простоял на о. Парамушир, не принимая участия в боевых действиях. В сентябре 1943 г. I-35 патрулировала между Курилами и о-вами Алеутской гряды. 4.10.1943 г. ПЛ пришла в Йокосуку, где провели текущий ремонт корпуса и механизмов. С 2-го по 14.11.1943 г. она перешла на атолл Кваджелейн, где 17.11.1943 г. поступила в распоряжение капитана 1 ранга Ивагами. 20.11.1943 г. корабль направился к о-вам Джилберта. 23.11.1943 г. на подходах к о. Тарава I-35 в подводном положении обнаружили и атаковали глубинными бомбами американские ЭМ (по данным гидроакустических приборов) Frazier и Meade. Из-за полученных повреждений, ПЛ была вынуждена всплыть и вступить в артиллерийский бой. Спустя 30 минут, Frazier потопил ее таранным ударом. С корабля спаслось два человека (из прислуги 140-мм орудия) — единственные, кто остался жив со всех лодок, погибших в ходе боев за о-ва Джилберта.