(до июня 1940 г. заказ № 142) После вступления в строй вошла в состав 14-го ДПЛ Восьмой эскадры ПЛ Шестого флота. Корабль передали флоту без приемных испытаний, и 6.03.1942 г. он пришел в Куре, где на верфи флота смонтировали оборудование для транспортировки карликовой лодки. 4.04.1942 г. I-29 направилась в район к северу от Соломоновых о-вов для противодействия попыткам союзников воспрепятствовать созданию базы на о. Тулаги. 18.04.1942 г. ПЛ приказали следовать к востоку от о. Бонин для перехвата американских АВ, нанесших удар по Токио. 27.04.1942 г. I-29 пришла на атолл Трук. 30.04.1942 г. ПЛ направилась в район к западу от Соломоновых о-вов для противодействия союзникам в случае их попытки атаковать японские оперативные соединения у о. Новая Гвинея. 16.05.1942 г. она возвратилась на атолл Трук, где приняла на борт карликовую лодку типа А и 17.05.1942 г. направилась к побережью Австралии. 31.05.1942 г. корабль на подходах к порту Сиднея по техническим причинам не смог выпустить свою карликовую лодку. 7.06.1942 г. I-29 (капитан 3 ранга Идзу) у побережья Австралии торпедировала и тяжело повредила американское торговое судно (5135 т). 28.06.1942 г. она прибыла на атолл Кваджелейн. С 30.07 по 14.08.1942 г. I-29 перешла в Пенанг. 16.08.1942 г. ПЛ направилась к Сейшельским о-вам для борьбы с судоходством противника. 19.08.1942 г. бортовой ГСМ произвел облет Сейшельских о-вов. 28.08, 3-го и 10.09.1942 г. к югу от Сейшельских о-вов корабль (капитан 3 ранга Идзу) потопил три английских торговых судна (соответственно 4810 т, 3605 т и 6525 т) и 22.09.1943 г. к юго-западу от Сейшельских о-вов — английское торговое судно (8363 т). 30.09.1942 г. I-29 возвратилась в Пенанг из-за взрыва и пожара в носовой правой группе АБ. 17.11.1942 г. после частичного ремонта АБ, она направилась в Индийский океан для борьбы с судоходством противника. 2.12.1942 г. у Сейшельских о-вов ПЛ (капитан 3 ранга Идзу) потопила английское торговое судно (8270 т), 7.12.1942 г. в Аденском заливе — английское торговое судно (8059 т) и 19.12.1942 г. вернулась в Пенанг, где силами личного состава ПМ (тендера) Нагоя Мару полностью заменили АБ. 9.04.1943 г. I-29 вышла в Индийский океан для борьбы с судоходством противника. 17.04.1943 г. ПЛ (капитан 3 ранга Идзу) в Аденском заливе потопила английское торговое судно (5643 т). 22.04.1943 г. к югу от о. Мадагаскар она встретилась с германской лодкой U 180 и приняла на борт лидера Индийского национального движения Чандра Бос, которого 4.05.1943 г. доставила в Пенанг. В тот же день, после пополнения запасов, корабль направился в Индийский океан. 22.08.1943 г. он возвратился в Пенанг. 5.11.1943 г. I-29 направилась в Лориан, имея на борту примерно 180 т олова и хинина (вместо части торпедного и артиллерийского боезапаса). Перед походом установку 25-мм зенитных аавтоматов, перенесли за ограждение рубки, а на ее месте смонтировали четыре (1×4) 13,2-мм. 25.12.1943 г. она встретилась в южной части Атлантического океана с германским вспомогательным КР Bogota, пополнила запасы топлива, провизии и приняла на борт РЛС общего обнаружения FuMo-29. 4.01.1944 г. ПЛ пришла в Лориан, где провели текущий ремонт корпуса и механизмов, демонстрировали 140-мм орудие и на его месте смонтировали два (1×2), 37-мм автомата Flak М-42 (Германия). С 16.04 по 14.07.1944 г. она перешла в Пенанг. 24.07.1944 г. I-29 направилась в Сингапур. 26.07.1944 г. ее в проливе Балинтанг в надводном положении атаковала и потопила американская ПЛ Sawfish. Экипаж корабля, за исключением шести человек, погиб.