(до июня 1939 г. заказ № 139) После вступления в строй вошла в состав 4-го ДПЛ Первой эскадры ПЛ Шестого флота. Приемные испытания практически не проводились и корабль сразу приступил к боевой подготовке в водах Метрополии. С 10-го по 18.11.1941 г. I-25 перешла из Куре на атолл Кваджелейн. 26.11.1942 г. она вышла в море в составе Первой группы ПЛ контр-адмирала Сато Цутому, которая должна была к северу от о. Оаху атаковать боевые корабли противника. 6.12.1941 г. I-25 заняла позицию в назначенном районе патрулирования. 11.12.1941 г. она направилась к западному побережью США для поиска и атаки боевых кораблей противника, следующих к Гавайским о-вам. 19.12.1941 г. ПЛ (капитан 3 ранга Табата) к северу от Гавайских о-вов торпедировала и повредила американское торговое судно (8684 т). 27.12.1941 г. корабль возвратился на атолл Кваджелейн. 27.01.1942 г. I-25 вышла в море для поиска американских АВ Yorktown и Enterprise. 13.02.1942 г. она получила приказ следовать в южную часть Тихого океана для разведки портов и баз на побережье Австралии. 15.02.1942 г. бортовой ГСМ (мичман Фудзита) корабля произвeл облет Сиднея, 26.02.1942 г. — Мельбурна, 1.03.1942 г. — Хобарта и 8.02.1942 г. — Веллингтона. 19.03.1942 г. ПЛ через перископ провела разведку подходов к о. Сува (Самоа), 22.03.1942 г. — к атоллу Паго-Паго и 7.04.1942 г. возвратилась на атолл Кваджелейн. С 20.04 по 6.05.1942 г. I-25 перешла в Куре, а с 20-го по 25.05.1942 г. — в Оминато. 14.06.1942 г. она направилась вдоль о-вов Алеутской гряды к западному побережью США для борьбы с судоходством противника. 21.06.1942 г. ПЛ выпустила 20 140-мм снарядов по Форт Стевенс (штат Орегон) и 2.07.1942 г. возвратилась в Оминато. С 4-го по 6.07.1942 г. корабль перешел в Куре и с 15-го по 27.07.1942 г. — на атолл Кваджелейн. 5.08.1942 г. I-25 направилась к западному побережью США 17.08.1942 г. ПЛ (капитан 3 ранга М. Тагами) у мыса Бланка (штат Орегон) подняла в воздух свой ГСМ, который в 50 милях от берега сбросил на лес две зажигательные бомбы. После приема на борт ГСМ, корабль направился на юг вдоль западного побережья США. 23.08.1942 г. он потопил американское торговое судно (4150 т). 25.08.1942 г. I-25 прекратила патрулирование и 7.09.1942 г. пришла в Йокосуку. 20.09.1942 г. лодка вновь направилась к западному побережью США. 4.10.1942 г. она в штормовых условиях подошла к побережью штата Орегон, но использовать ГСМ не смогла и отошла к мысу Бланко. 6.10.1942 г. бортовой ГСМ (мичман Фудзита) дважды поднимался в воздух и сбросил четыре зажигательные бомбы на леса штата Орегон. Во время последнего полета, возвращавшийся самолет не смог связаться с кораблем и нашел его благодаря масляному следу. Ввиду штормовых условий, I-25 отказалась от дальнейшего использования ГСМ и направилась на юг вдоль побережья США. 11.10.1942 г. на подходах к Сиэтлу (по другим данным Сан-Франциско) она обнаружила идущие в надводном положении советские ПЛ Л-15 и Л-16. По-видимому, I-25 (капитан 3 ранга М. Тагами) вышла в торпедную атаку и потопила Л-16 (капитан-лейтенант Гусаров). Командир японской лодки утверждал, что правильно классифицировал советские корабли (он был извещен штабом Шестого флота о маршруте их следования) и не пытался атаковать. Тем не менее, по прибытии на базу Тагами доложил о потопленных им двух торговых судах и ПЛ (см. Хасимото "Потопленные"). 22.10.1942 г. I-25 возвратилась в Йокосуку. С 21.11.1942 г. по 7.01.1943 г. она патрулировала в районе между Гавайскими о-вами и западным побережьем США (после похода пришла на атолл Кваджелейн). 1.01.1943 г. корабль передали в состав 2-го ДПЛ Первой эскадры Шестого флота. 13.03.1943 г. он направился к о-вам Самоа и Фиджи для борьбы с судоходством противника. 4.04.1943 г. ПЛ (капитан 3 ранга М. Тагами) к западу от о-вов Фиджи потопила американский ТН (10763 т). 18.06.1943 г. I-25 пришла на атолл Трук. 10.06.1943 г. она направилась в район к северу от Гавайских о-вов для борьбы с судоходством противника и 23.07.1943 г. возвратилась на атолл Кваджелейн. 19.08.1943 г. ПЛ получила приказ следовать к восточным Соломоновым о-вам для ведения разведки в интересах командующего Объединенным Флотом. 23.08.1943 г. бортовой ГСМ корабля произвел облет о. Эспириту Санто. 3.09.1943 г. на подходах к Новым Гебридам в подводном положении I-25 была обнаружена с помощью ГАС и потоплена со всем экипажем американским ЭМ Patterson. По другим данным ее потопил американский ЭМ Ellet.