(до июня 1939 г. заказ № 42) После вступления в строй вошла в состав 4-го ДПЛ Первой эскадры ПЛ Шестого флота. Приемные испытания практически не проводились, и корабль сразу приступил к боевой подготовке в водах Метрополии. 26.11.1942 г. I-26 вышла из Йокосуки и направилась для разведки к о-вам в юго-восточной части Тихого океана. 11.12.1941 г. кораблю приказали следовать к западному побережью США для поиска и атаки боевых кораблей противника, следующих к Гавайским о-вам. 13.12.1941 г. ПЛ (капитан 3 ранга Якота) между Гавайскими о-вами и побережьем США артиллерийским огнем потопила голландаское торговое судно (2140 т). 5.02.1942 г. она пришла на атолл Кваджелейн. С 18-го по 23.01.1942 г. I-26 перешла в Йокосуку, где до 3.02.1942 г. на верфи флота часть ЦГБ приспособили для транспортировки 16 т авиационного бензина и установили оборудование для его передачи на летающие лодки типа "Каваничи" H8K1. До 12.02.1942 г. во Внутреннем японском море ПЛ занималась боевой подготовкой. С 13-го по 15.02.1942 г. она перешла на атолл Кваджелейн, на подходах к которому с с одной из летающих лодок "Каваничи" H8K1 отрабатывались приемы передачи топлива в море. 23.02.1942 г. ПЛ (флаг командира группы ПЛ) вышла в море и 28.02.1942 г. заняла позицию в 200 милях к юго-западу от рифов Френч-Фригейт, где до 4.03.1942 г. занималась навигационным обеспечением удара летающих лодок по Перл-Харбор. 16.03.1942 г. I-26 возвратилась на атолл Кваджелейн. С 20.04 по 6.05.1942 г. она перешла в Куре, а с 20-го по 25.05.1942 г. — в Оминато. 14.06.1942 г. I-26 направилась вдоль о-вов Алеутской гряды к западному побережью США для борьбы с судоходством проивкика. 20.06.1942 г. ПЛ выпустила 17 140-мм снарядов по навигационной станции Эстеван (о. Ванкувер) у побережья Канады и 2.07.1942 г. корабль перешел в Куре, с 15-го по 27.07.1942 г. — на атолл Трук. 26.08.1942 г. I-26 направилась к Соломоновым о-вам для поиска и атаки боевых кораблей противника. 3.08.1942 г. к северо-западу от о. Эспириту Санто она обнаружила идущий в охранении ЭМ американский АВ Saratoga. ПЛ (капитан 3 ранга Якота) успела выпустить шесть торпед прежде, чем ее контратаковали корабли охранения. Корабль успешно оторвался от противника. Одна из торпед попала в АВ и нанесла ему тяжелые повреждения (12 чел. убито). Saratoga был вынужден провести три месяца в восстановительном ремонте. 19.09.1942 г. I-26 пришла в Рабаул. 9.10.1942 г. она вновь направилась к Соломоновым о-вам, где 12.11.1942 г. в проливе Индиспенсейбл обнаружила американские ТКР San Francisco и поврежденный в бою у о. Гуадалканал ЛКР Juneau. ПЛ (капитан 3 ранга Якота) выпустила три торпеды, и две из них попали в Juneau, который быстро затонул. 16.11.1942 г. I-26 включили в состав Специального соединения контр-адмирала Хисао Мито, призванного обеспечивать гарнизон о. Гуадалканал. 21.11 1942 г. она возвратилась в Рабаул и с 25-го по 28 11.1942 г. перешла в Буин. С 17-го по 24.12.1942 г. ПЛ доставила в Каминпо (20.12.1942 г.) около 20 т продовольствия. 1.01.1943 г. корабль включили в состав 2-го ДПЛ Первой эскадры ПЛ Шестого флота. 3.03.1943 г. он направился в море Бисмарка для спасения экипажей судов конвоя, разгромленного американской авиацией. 4.03.1943 г. I-26 совместно с I-17 подобрала с воды около 350 чел., которых 5.03.1943 г. доставила в Рабаул. 18.03.1943 г. ПЛ направилась в район о-вов Фиджи и Самоа для борьбы с судоходством противника. 25.03 и 5.04.1943 г. корабль (капитан 3 ранга Якота) к западу от о-вов Фиджи потопил два американских торговых судна (соответственно 3170 т и 3687 т). 19.04.1943 г. I-26 возвратилась в Рабаул. С 5-го по 11.071943 г. она перешла на атолл Кваджелейн. 17.08.1943 г. ПЛ направилась к восточным Соломоновым о-вам для борьбы с судоходством противника. 24.08.1943 г. корабль включили в состав Соединения "А", призванного вести борьбу с судоходством противника у Новых Гебрид. 24.08.1943 г. I-26 пришла на Шортленд, пополнила запасы и направилась в район между о-вами Самоа и Ндени. 25.09.1943 г. ее передали в непосредственное подчинение командиру Восьмой эскадры ПЛ. 26.09.1943 г. корабль пополнил запасы в Рабауле, с 27.09 по 13.10.1943 г. перешел в Сингапур и с 8-го по 14.11.1943 г. — в Пенанг. 30.11.1943 г. ПЛ направилась в Индийский океан для борьбы с судоходством противника. 6-го и 12.01.1944 г. I-26 (капитан 3 ранга Кусака) в Оманском заливе потопила два английских торговых судна (соответственно 6135 т и 8217 т). 23.01.1944 г. она возвратилась в Пенанг. 20.02.1944 г. ПЛ (капитан 3 ранга Кусака) направилась в Бомбейский залив, где 10-го и 21.03.1944 г. потопила два английских торговых судна (сответственно 8190 т и 7937 т). 25.03.1944 г. I-26 высадила у Бомбея агента армейской разведки и 27.03.1944 г. в Бомбейском заливе потопила голландское торговое судно (7464 т). 4.04.1944 г. ПЛ пришла в Сингапур. С 7-го по 25.04.1944 г. она перешла в Йокосуку, где на верфи флота провели текущий ремонт корпуса и механизмов, установили РЛС тип 3 мод. 3 модиф. 1. 1.05.1944 г. корабль направился к о-вам Алеутской гряды для ведения разведки в интересах командующего Объединенным Флотом. 17.05.1944 г. бортовой ГСМ I-26 произвел облет о-вов Кыска и Амчитка, 20.05.1944 г. — о-вов Умнак и Уналаска и 21.05.1944 г. — Датч-Харбор (о. Уналаска). 16.06.1944 г. ПЛ возвратилась в Йокосуку. В июне 1944 г. на верфи флота установили РЛС тип 3 мод. 2 модиф. 2 и провели подготовку к транспортировке грузов. 19.07.1944 г. корабль направился к о. Гуам, имея на палубе надстройки амфибийный танк и 25 т боеприпасов внутри прочного корпуса (вместо части торпедного и артиллерийского боезапаса). 2.08.1944 г., не смотря на навигационную аварию и противодействие со стороны противолодочных сил противника, I-26 смогла разгрузиться. 12.08.1944 г. ПЛ возвратилась в Йокосуку. 21.08.1944 г. она направилась к атоллу Науру, имея на борту 85 т боеприпасов и продовольствия. 3.09.1944 г. корабль благополучно разгрузился и затем до 19.09.1944 г. патрулировал у Каролинских о-вов. 24.09.1944 г. I-26 возвратилась в Йокосуку. 8.10.1944 г. ее включили в состав соединения ПЛ, призванного оказывать поддержку Объединенному Флоту при обороне Филиппинских о-вов. 13.10.1944 г. корабль вышел из Йокосуки и направился в район к востоку от пролива Суригао. 25.10.1944 г. ПЛ не вышла на связь с командованием Шестого флота, и спустя неделю ее сочли пропавшей без вести. 28 10.1944 г. американские ЭМ Неlm и Gridley к востоку от о. Лейте глубинными бомбами потопили лодку, которая атаковала соединение эскортных АВ. Достоверно известно, что в этом р-не американцы преследовали I-45, но она, избежав каких-либо повреждений, продолжила патрулирование. На тот момент здесь могла находиться только I-26, по-видимому, ставшая жертвой эскорта авианосцев.