10.03.1942 г. КР атаковали американские палубные бомбардировщики (с АВ Yorktown). В результате близких разрывов бомб его корпус и надстройки получили тяжелые повреждения, 13 чел. погибло. 14.03.1942 г. корабль своим ходом пришел в Рабаул, а 22.03.1942 г. прибыл на Трук, где с 25.03 по 10.04.1942 г. провели восстановительный ремонт. С 30.04 по 2.05.1942 г. он перешел в Рабаул. С 4-го по 13.05.1942 г. Юбари обеспечивал переходы к о. Гуадалканал транспортных отрядов ЭМ. 17.05.1942 г. КР возвратился на атолл Трук. С 19-го по 23.05.1942 г. он перешел в Йокосуку, где на верфи флота с 23.05 по 16.06.1942 г. провели доковый ремонт. 23.06.1942 г. корабль возвратился на атолл Трук. С 29.06 по 6.07.1942 г. Юбари совместно с ЭМ Удзуки сопровождал КОН (три TP) ко. Гуадалканал. 10.07.1942 г. он возглавил Вторую Эскортную Группу Четвертого флота и 17.07.1942 г. пришел в Рабаул. 7.08.1942 г. КР вышел в море в составе соединения вице-адмирала Микава для отражения вторжения американцев на о. Гуадалканал.
9.08.1942 г. во время сражения у о. Саво корабль выпустил 96 140-мм снарядов и четыре торпеды. Юбари добился попадания торпеды в КО №1 американского КР Wincennes и четырех попаданий 140-мм снарядов в ЭМ Ralph Talbot, который избежал гибели благодаря дождевому шквалу. 10.08.1942 г. Юбари возвратился в Рабаул и 20.08.1942 г. прибыл на атолл Трук. С 26.08 по 5.09.1942 г. КР совместно с ЭМ Юнаги доставил грузы на атолл Науру (30.08.1942 г.), о-ва Океании (31.08.1942 г.) и атолл Джалуит (с 1-го по 3.09.1942 г.). С 10-го по 24.09.1942 г. корабль патрулировал между Маршалловыми о-вами и архипелагом Гилберта. С 25.09 по 25.10.1942 г. Юбари дважды сопровождал КОН к о-вам Палау (с 25-го по 30.09.1942 г. и с 13-го по 25.10.1942 г.). С 26-го по 30.10.1942 г. КР простоял на о. Тарава. 30.11.1942 г. корабль пришел в Йокосуку. С 4-го по 9.12.1942 г. корабль доставил на о. Сайпан авиационное топливо (около 200 т в бочках). С 10.12.1942 г. по 22.03.1943 г. в Йокосуке на верфи флота провели текущий ремонт корпуса и механизмов. С 22-го по 28.03.1943 г. Юбари перешел на атолл Трук. С 29.03 по 1.04.1943 г. он проводил операцию по спасанию поврежденного у о. Шортленд АТР Камикава Мару, который удалось привести в Рабаул.
2.04.1943 г. корабль вошел в состав Флота Юго-Восточного района и до 30.06.1943 г. занимался боевой подготовкой между Рабаулом и Кавиенгом. После вторжения американцев на о. Новая Джорджия КР перешел к о. Бугенвиль и до 5.07.1943 г. обеспечивал доставку подкреплений на Рендову. 5.07.1943 г. в 29 милях от о. Буна Юбари подорвался на американской магнитной мине, выставленной самолетами с аэродрома Хендерсон. Носовая оконечность корабля получила повреждения средней тяжести и частично заполнилась водой. 6.07.1943 г. КР самостоятельно пришел в Рабаул, где до 17.07.1943 г. личный состав ПМ Ямабико Мару заделал пробоины и откачал воду. С 19-го по 23.07.1943 г. он перешел на атолл Трук и затем направился в Йокосуку, с заходом на о. Сайпан (с 24-го по 27.07.1943 г.). В Йокосуке на верфи флота с 30.07 по 18.10.1943 г. провели восстановительный ремонт (в доке с 1-го по 12.09.1943 г.), установили гидрофон тип 93 мод. 2 и активную акустическую станцию тип 3 мод. 1. С 18-го по 27.10.1943 г. Юбари перешел в Рабаул. С 4-го по 11.11.1943 г. он обеспечивал переход из Шанхая в Кавиенг крупного КОН с армейскими частями. В ходе операции КР совместно с ЭМ Сигуре 4.11.1943 г. вышел из Рабаула и направился к о. Бука, имея на борту 500 солдат и офицеров 17-й пехотной дивизии и 20 т различных грузов. 6.11.1943 г. оба корабля разгрузились и с 7.11.1943 г. патрулировали у Рабаула. В ноябре 1943 г. КР перевозил армейские части из Рабаула на о. Вату и в порты в центральной части Новой Британии.
24.11.1943 г. у Рабаула надстройки корабля получили незначительные повреждения от пушечного огня американских базовых истребителей. 1.12.1943 г. Юбари возглавил 3-ю флотилию ЭМ Восьмого флота (после гибели Сендай). 3.12.1943 г. в Рабауле носовое 140-мм орудие заменили на 120-мм / 45 тип 10 мод. Е. (с ЭМ Наганами). 8.12.1943 г. Юбари прибыл на атолл Трук и с 14-го по 19.12.1943 г. перешел в Йокосуку, где с 19.12.1943 г. по 9.03.1944 г. на верфи флота провели восстановительный ремонт; переделали систему подачи боеприпасов в носовом артиллерийском погребе (для нового 120-мм орудия); демонтировали кормовое 140-мм орудие и минные рельсы; до 25 (3 х 3; 4 х 2; 8 х 1) увеличили число 25мм зенитных автоматов и до четырех (2 х 2) - число 13,2-мм пулеметов; установили два бомбосбрасывателя и РЛС тип 22 мод. 4. После ремонта и модернизации Юбари возглавил Эскортное соединение № 3 и приступил к боевой подготовке. С 14-го по 22.03.1944 г. он в охранении КОН перешел к о-вам Палау, базируясь на который обеспечивал транспортные коммуникации между о-вами Палау и архипелагом Хальмахера. С 20-го по 26.04.1944 г. КР доставил на о. Сонсорол 50 т груза и 365 чел.