5.06.1944 г. КР возглавил Специальное Соединение ПВО № 126 и перебазировался на Давао. С 8-го по 11.06.1944 г. корабль эскортировал два небольших нефтеналивных судна, доставивших из Давао к о. Хальмахера топливо для ЛК Фусо. С 17-го по 22.06.1944 г. Натори эскортировал КОН в Палау и с 26.06 по 12.07.1944 г. - в Манилу. С 12-го по 15.07.1944 г. и с 20-го по 22.07.1944 г. КР занимался эвакуацией в Давао гарнизона о. Палау. Во время последней операции он был незначительно поврежден торпедой, выпущенной американской ПЛ Cabrilla. С 29-го по 31.07.1944 г. корабль перешел в Манилу, где силами личного состава Ремонтной секции № 103 до 10.08.1944 г. провели восстановительный ремонт (в доке с 5-го по 8.08.1944 г.). С 10-го по 17.08.1944 г. Натори в охранении войскового TP перешел из Манилы в порт Цебу (в проливе Суригао) с заходом на о. Билиран (13 - 14.08.1944 г.). 18.08.1944 г. к востоку от о. Самар, при переходе в Палау, КР атаковала американская ПЛ Hardhead. Из девяти торпед, выпущенных в двух залпах, в корабль попали две (с левого борта в районе КО № 1 и с правого борта у гротмачты), спустя 10 минут после последнего залпа Натори затонул. Сопровождавший его TP оставил место боя и направился к о. Самар, за ним последовала американская ПЛ. 19.08.1944 г. английская ПЛ Sturgeon (по другим данным американская ПЛ Stingray) подобрала из воды офицера и трех матросов из экипажа КР.