Одно из самых ранних изображений Сета засвидетельствовано на навершии булавы додинастического царя Скорпиона: он помещен на номовый штандарт, который чередуется со штандартами других древнейших богов Египта Хора и Мина. Вероятно, эти штандарты символизируют додинастические политические объединения, почитавшие того или иного бога. Культ Сета в додинастический и раннединастический период был сосредоточен в Верхнем Египте, в политии под названием Накада, сыгравшей важную роль в ходе политогенеза страны (также названием «Накада» обозначается последовательность археологических культур Египта в IV тыс. до н. э.). Местом почитания Сета был центр Накады — город известный под древнегреческим названием Омбос (др. — егип. Небут — «Золотой»). В связи с этим одним из главных эпитетов Сета является «омбосский». Омбос имел выгодное географическое положение рядом с Вади-Хаммамат — пересохшими руслами в восточной пустыне, через которые проходил самый короткий путь к Красному морю. Возможно, близость Омбоса к пустыне предопределила дальнейшую ассоциацию Сета с ней. В Омбосе в честь Сета был возведен храм, который перестраивался и реконструировался несколько раз. До наших дней он не сохранился, но большая часть найденных блоков датируются Новым царством. На его месте были обнаружены фрагменты большого скипетра-уас из синей эмали, посвященного фараону Аменхотепу II. По одной из версий, этот важный символ в древнеегипетской религии венчает голова животного Сета. Помимо Омбоса Сет также почитался в V, X, XI и XIX верхнеегипетских номах. Так, животное Сета было эмблемой на штандарте XI нома. В Нижнем Египте Сет чтился в XIV номе. Здесь же располагались его важнейшие культовые центры эпохи Нового царства — Аварис и Танис.
В раннединастический период Сет наряду с Хором упоминается в титулатуре двух цариц I династии, а уже при царе II династии Перибсене происходит религиозная новация: вместо изображения Хора над царским серехом помещается изображение Сета, ранее над серехами не встречавшееся, поскольку именно Хор считался официальным царским богом. Тем не менее включение Сета в состав главного царского титула свидетельствует о важном политическом статусе его культа и его связи с царской властью. Также при Перибсене над Сетом помещается солнечный диск, что позволяет говорить о культе солнца уже при II династии. При последнем правителе II династии по имени Хасехемуи над царским серехом помещаются оба бога — Хор и Сет, что свидетельствует о желании этого царя отдать дань обоим богам царской власти и примирить их сторонников. В египтологической литературе существует точка зрения, согласно которой культы Сета и Хора соперничали друг с другом на ранних этапах египетской истории, что было связано с политической и экономической значимостью тех центров, в которых они почитались: Сет, как уже было сказано, в Омбосе, а Хор — в Нехене в Нижнем Египте. Правление Перибсена, выбравшего в качестве бога-покровителя Сета, а не Хора, вероятнее всего, отражает эту борьбу.
Кроме того, в раннединастическое время Сет тяготел к слиянию с Ашем
— древним богом пустынь и ливийской земли, который также был связан с Омбосом. Возвышение его культа засвидетельсвовано при Перибсене. В этот период Аш мог заимствовать иконографические черты Сета, однако в позднее время он предстает как миксаморфный бог с головами разных животных и с Сетом более не связывается.В период Древнего царства Сет является одним из важнейших богов «Текстов пирамид», где очень часто действует в паре с Хором. Он выступает как проводник умершего в загробном мире, могущественный покровитель царской власти и южной территории страны. Также изображение Сета появляется в гробнице фараона V династии Сахура, где он наряду с другими богами приводит к царю пленных чужеземцев и жителей пустыни. Вместе с тем уже в «Текстах пирамид» Сет становится убийцей Осириса, что предопределяет двойственность его облика: с одной стороны, он сильный бог, издревле покровительствующий территории страны, а с другой — нарушитель порядка маат, который совершил преступление по отношению к благому богу. В «Текстах пирамид» коллегия богов в Гелиополе признает Сета виновным и присуждает все царство Осирису. Сет же в качестве наказания должен нести на спине Осириса. Таким образом, Сет становится самым неоднозначным богом в древнеегипетском пантеоне, что определило характер развития его образа в разные эпохи. Сету изначально была присуща неупорядоченность натуры, даже на свет он, единственный из богов Эннеады, появился в неположенный срок. Сообщается, что его мать, богиня Нут, выплюнула Сета ночью. Но именно с ней у Сета наблюдается особая связь, поскольку в текстах он часто называется «сыном Нут». Бурная натура Сета проявляется и в его связи с громом и непогодой: он выступает как бог-громовержец, а категории древнеегипетских слов, обозначающих ненастье, беспорядок и смятение, как правило, выписываются с детерминативом его животного. Вплоть до Позднего периода Сет остается одним из важнейших и чтимых божеств.