Подлинный расцвет культ Сета переживает в эпоху Нового царства. Начиная с этого периода получает распространение обозначение Сета именем Сутех, которое, вероятнее всего, следует рассматраивать как нижнеегипетскую форму имени бога. При XVIII династии Сет прочно ассоциируется с царской властью и территорией Египта, а XIX династия выбирает его в качестве своего покровителя. Два фараона этой династии — Сети I и Сети II — носили имя в честь Сета, которое переводится как «Принадлежащий Сету». Также имя, посвященное Сету, взял фараон XX династии Сетнахт. Оно переводится как «Сет победоносный» и отражает те качества бога, которые вышли на первый план в Новое царство, — силу и мощь. Основным эпитетом Сета является «великий силой», а его ярость отражает связь с грозовым небом. Когда требуется подчеркнуть это качество в фараоне, говорится, что его боевой крик подобен Сету на небесах. Наибольшее покровительство культу Сета оказывал фараон XIX династии Рамсес II. Сет чтился в его столице Пер-Рамсес («Дом Рамсеса»), возведенной в Дельте и располагавшейся по соседству с Аварисом. В его правление происходит трансформация образа Сета: на многих памятниках он начинает изображаться с иконографическими атрибутами сиро-палестинского бога Баала. Этот бог появился в Египте, по-видимому, еще в период владычества гиксосов — азиатских завоевателей, захвативших Нижний Египет и основавших XV династию. Они правили из своей столицы Аварис, располагавшейся в Дельте, где, вероятно уже в их правление, процветал культ Сета. Об этом сообщается в т. н. «Сказке об Апопи и Секененра» — тексте, записанном уже после изгнания гиксосов и отражающем воспоминания египтян об их владычестве. Одним из главных действующих лиц является гиксосский правитель по имени Апопи, почитавший Сета: «Царь Апопи ж. н. з.[17]
взял себе Сутеха в качестве господина и не служил никакому другому богу, который существовал во всей земле, кроме Сутеха. И он построил храм прекрасной, долговечной работы рядом с [дворцом] царя ж. н. з., и он поднимался [каждый] день, чтобы ежедневно приносить жертву: [скотом] Сутеху, и сановники [его величества] ж. н. з. несли гирлянды цветов точно так, как (это) делается (в) храме Ра-Горахте»[18]. Со времени гиксосов культ Сета становится популярен на северо-востоке Дельты и в некоторых районах Азии. Также он оказывается одним из немногих богов египетского пантеона, тесно связанных с чужеземными странами и богами.Хор и Сет, объединяющие две части страны. Иллюстрация рельефа трона Сенусерта I
Отождествление Баала и Сета объясняется их общими чертами: так же как и Сет, Баал был богом-громовержцем, борющимся с силами хаоса и убивающим змея Латану или морского бога Яму. Сет также выступает в египетской мифологии как основной бог-змееборец. Уже в «Текстах саркофагов» говорится о том, что Сет единолично побеждает змея, встающего на пути солнечной барки. В правление Рамсеса II эта роль Сета становится особенно востребованной. Сет почитается как солярный бог и змееборец, выступающий в качестве защитника Ра от змея Апопа. Одна из самых известных иллюстраций, представляющих Сета в таком образе, помещена на виньетке папируса Эр-Убен времени XXI династии. Сет стоит на корме солнечной барки, в которой восседает Ра-Хорахти, и пронзает копьем Апопа. В правление XIX династии качества Сета как бога-защитника, способного отразить угрозу, становятся основными. В одном из известных памятников времени Рамсеса II «Стеле 400 года» сообщается, что Сет, великий силой, повергает врагов перед ладьей Ра. Этот сюжет получает и изобразительное оформление: антропоморфный Сет с головой своего животного или же в образе Баала, часто крылатый, пронзает копьем Апопа. Баал, как правило, изображался в полностью антропоморфном облике, в коническом головном уборе, на котором помещались два небольших рога — символика быка, с которым Баал был связан. Именно в таком качестве и представлен Сет на «Стеле 400 года». При этом эти боги не отождествляются напрямую, поскольку синкретическое имя Баал-Сет или Сет-Баал в памятниках не упоминается, но имя Баала выписывается с детерминативом животного Сета. Боги часто фигурируют вместе в памятниках: так, в описании битвы при Кадеше Сет и Баал называются покровителями Рамсеса II. Такое внимание Рамсеса II к образу Баала и попытка совместить его с образом Сета, возможно, связаны с неегипетским происхождением XIX династии. Отметим, что культы азиатских богов, таких как Решеп, Анат, Астарта, проникают на территорию страны и входят в древнеегипетский пантеон уже при XVIII династии ввиду активной внешней политики Египта в Передней Азии. Но особое внимание к образу Баала характерно только для Рамсеса II.
Рамсес III с Хором и Сетом. Иллюстрация статуи, Каирский музей