Помимо ассоциации с Баалом, Сет оказывается связан и с другими семитскими божествами. Богиня войны и охоты Анат и богиня плодородия Астарта, влившись в египетский пантеон, выступают как супруги Сета, несмотря на то, что в рамках гелиопольской Эннеады женой Сета считалась Нефтида. Например, в «Тяжбе Хора и Сета» в качестве компенсации предлагается отдать ему в жены Анат и Астарту, называющихся дочерьми Ра. Причины связи Сета с чужеземными богами, вероятно, объясняются его статусом при гиксосах, чтивших Сета. Но ассоциация Сета с чужеземными правителями и их культами негативно сказалась на облике Сета в последующем. Это объясняется иноземными вторжениями ассирийцев и персов в Египет в I тыс. до н. э., в ходе которых страна периодически утрачивала самостоятельность. Начиная с Третьего Переходного периода образ Сета последовательно демонизируется, что в конечном итоге приводит к его отождествлению со злом, хаосом и нечестием.
Эта перемена была обусловлена не только ассоциацией Сета с чужеземьем, но также предопределена растущей популярностью мифа об Осирисе, культ которого получает распространение во всех храмах страны. Осирические верования становятся основными, а сюжеты мифа об Осирисе фиксируется во многих текстах. В связи с этим негативные черты Сета выходят на первый план. Если ранее Сет подвергался наказанию за убийство брата, но не переставал почитаться как могущественный бог, то начиная с Позднего периода он предстает исключительно как убийца Осириса, лишенный каких-либо положительных качеств. Фигура Сета, подобно Апопу, становится образом обобщенного врага, против которого проводятся магические ритуалы и практики, получившие большое распространение с конца Позднего периода и в греко-римское время и зафиксированные в форме ритуально-магических текстов. Основным является текст под принятым в египтологии названием «Книга победы над Сетом», сложившийся от времени правления XXX династии до раннептолемеевского периода. Это ритуал защиты, направленный против Сета и его сторонников и основанный на принципе симпатической магии, т. е. на магии подобия. В ходе ритуала использовалась фигурка Сета, выполненная из воска или дерева, с которой производились различные манипуляции: связывание, оплевывание, попирание ногой, протыкание копьем и ножом, предание огню. Все это сопровождалось начитыванием специальных магических формул. Эти манипуляции осуществлялись для защиты Осириса и были призваны обезвредить Сета. Помимо этого, важную роль в «Книге победы над Сетом» имеет сюжет, описывающий поражение Сета в борьбе с Хором за престол Египта и его последующее изгнание в азиатские страны. Мотив изгнания обусловлен негативной ассоциацией Сета с чужеземными странами и теми внешнеполитическими угрозами, с которыми сталкивался Египет. В частности, в IV в. до н. э. основную опасность представляло собой Персидское государство, стремившееся повторно завоевать Египет (первое завоевание было осуществлено в 525 г. до н. э. Камбисом). Неслучайно Сету в тексте приписываются те злодеяния, которые, согласно данным античных авторов, обычно осуществляли чужеземцы и прежде всего Камбис. Сет, возвратившись из изгнания, совершает многочисленные бесчинства и святотатства: срубает священные деревья; посягает на священного овна в храме Амона, набрасывает веревку на быка Аписа, ловит рыб, посвященных Шу и Тефнут; совершает проступки в храмах и др. Это вызывает возмущение богов, которые взывают с просьбой о помощи к Ра-Хорахти. Сета вновь судят и вторично изгоняют в пустыню и азиатские страны.