За свою жизнь Петри написал больше сотни книг и около девятисот статей и очерков. Одна из наиболее выдающихся его работ — «Методы и задачи археологии» — была опубликована в 1904 году. В этой книге Петри определил цели, стоящие перед археологами, и подробно исследовал методы проведения раскопок.
К концу XIX века египтология превратилась в самостоятельную научную дисциплину. Именно тогда многие исследователи занялись сбором данных, позволяющих объяснить происхождение египетской цивилизации. В результате раскопок Петри удалось обнаружить следы очень древней культуры, предваряющей эпоху 1-й династии (2920–2770 гг. до н. э.). Сам Петри был несказанно удивлен той разницей, что прослеживалась между этой культурой и хорошо известным на тот момент материалом, относящимся к эпохе Древнего царства (2650–2152 гг. до н. э.). Петри нашел артефакты, совершенно непохожие на те, которые были обнаружены в результате более ранних раскопок. По мнению самого исследователя, эти артефакты представляли собой наследие новой расы людей, в незапамятные времена переселившейся в долину Нила.
В Накаде Петри раскопал более двух тысяч могил, внутри которых находились глиняные горшки, палетки и всевозможные амулеты, изготовленные из камня и кости. Самые поздние из могил археолог датировал 3100 годом до н. э., а самые древние отнес к додинастическому периоду (5500–3100 гг. до н. э.). В целом додинастические объекты укладывались в рамки трех больших периодов: амратийского (3800–3500 гг. до н. э.), герзейского (3500–3200 гг. до н. э.) и протодинастического (3200–3100 гг. до н. э.). В начале XX века к ним был добавлен еще один период — бадарийский (до 3800 гг. до н. э.). Проанализировав имевшийся в их распоряжении материал, Петри и прочие археологи решили, что жизнь до фараонов носила примитивный характер и подлинно египетская культура сформировалась незадолго до начала династического правления.
Таким образом, Петри и его современники пришли к выводу, что цивилизация в долине Нила возникла под влиянием «династической расы» захватчиков, установивших свой контроль над страной. По мнению ученых, эти захватчики и в культурном, и в политическом плане заметно превосходили местных жителей, что позволило им быстро утвердиться в роли правителей государства. В то время, когда создавалась эта гипотеза, особой популярностью пользовалась краниометрия — измерения черепа, призванные определить расовую принадлежность человека. Предполагаемые представители расы захватчиков отличались более крепким телосложением, а их черепа имели долихоцефальную, то есть вытянутую форму (что по современным стандартам представляется большой редкостью).
Ученые полагали, что захватчики вторглись в Египет с востока — в соответствии с распространенным на тот момент мнением, что истоки цивилизации следует искать именно в этом регионе. Считалось, что царское искусство первой династии во многом похоже на месопотамские росписи. В 30-е годы XX века немецкий исследователь Ханс Винклер выдвинул гипотезу, согласно которой египетская цивилизация явилась результатом переселения племен с территории Месопотамии. В основу этой гипотезы легли находки Винклера, сделанные им в Восточной пустыне. Между Красным морем и долиной Нила ему удалось обнаружить многочисленные изображения лодок, очень похожих на те, что были представлены в раннемесопотамском искусстве. По мнению ученого, представители этой культуры попали в Египет через Красное море, а по пути к Нилу расписали скалы соответствующими узорами. По иронии судьбы, однако, те «месопотамские лодки», которые Винклер нашел в Египте, оказались намного древнее предполагаемого оригинала.
В начале XX века Африку называли на Западе не иначе как «Черный континент». Считалось, что обитающие здесь племена неспособны самостоятельно создать высокоразвитую культуру. Таким образом, теория вторжения являлась продуктом своего времени. Западноевропейские власти, энергично проводившие политику колонизации, охотно поддерживали гипотезы относительно насильственного распространения культуры среди местных, примитивных народов.