Практически все потери в корабельном составе ВМФ не восполнялись (за исключением катеров). Новые боевые корабли и подводные лодки в ходе войны в СССР не строили — осуществлялась лишь достройка корпусов, спущенных на воду до июня 1941 года. Во-первых, все крупные порты и верфи (кромедальневосточных) либо оказались в руках противника, либо подвергались постоянному огневому воздействию. Во-вторых, судостроительная промышленность испытывала огромный дефицит металла и комплектующих изделий.
Ни одну из боевых операций, предусмотренных довоенным планом «Гроза», осуществить не удалось. С первого дня войны этот план резко противоречил и реальной ситуации на ТВД, и фактическому уровню боеспособности флота. Возражения вроде того, что советскому ВМФ сложно было действовать в замкнутых бассейнах Балтийского и Черного морей, не принимаются. Он как раз и создавался для действий в прибрежных районах. К тому же на открытых просторах Северного Ледовитого океана действия советских моряков отличались еще меньшей активностью и результатами.
Главными «боевыми ролями» советского флота, сыгранными во время войны, оказались следующие.
Во-первых, он поставлял армии отряды моряков, воевавшие на суше.
Во-вторых, на Балтике и на Черном море некоторые корабли использовались в режиме плавучих батарей в системе сухопутной обороны.
В-третьих, боевые корабли и вспомогательные суда перевозили личный состав сухопутных войск, их вооружение и боеприпасы.
В-четвертых, он высаживал десанты тактического значения (при этом десантными судами служили боевые единицы, для такой роли не предназначенные, например катера-охотники, рыбацкие сейнеры и даже торпедные катера).
Во время войны активно действовали озерные и речные флотилии (Волжская, Днепровская, Дунайская, Ладожская, Онежская, Пинская, Чудская). Но называть их ФЛОТОМ затруднительно. К тому же они использовались преимущественно как транспортно-десантные формирования.
Собственно боевые действия против военно-морских сил противника осуществлялись эпизодически и с самыми минимальными результатами.
В послевоенных источниках упорно продвигается тезис о том, что немецкая авиация собиралась устроить 22 июня 1941 года нечто вроде Пирл-Харбора для доблестного Краснознаменного Балтийского флота (КБФ), но краснофлотцы, в отличие от лопухов-американцев, проспавших японцев, встретили «стервятников Геринга» как надо и сорвали коварный замысел врага. Не зря же они служили на «Краснозаменном»!
Однако это ложь. На рассвете 22 июня немецкая авиация занялась минными постановками в Финском и Рижском заливах. Никакого «Пирл-Харбора» 22 июня Люфтваффе не планировали, они начали рутинную работу по заваливанию коммуникационных линий большевиков минами, завершившуюся катастрофой 28—29 августа 1941 года, во время прорыва КБФ из Таллина в Кронштадт.
Утром 22 июня нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов отрапортовал Сталину о том, что атаки немцев на базы флота отбиты, а все выставленные мины выловлены. Менее чем через сутки, в 3.30 утра
23 июня, у острова Даго (Хиумаа) на одной из «выловленных мин» подорвался эсминец «Гневный». Взрыв оторвал ему нос и никакому ремонту корабль в боевых условиях уже не подлежал. Через час (в 4.20) на другой «выловленной мине» подорвался шедший в паре с «Гневным» крейсер «Максим Горький». Повреждения были столь серьезны, что крейсер едва дотащился кормой вперед до Кронштадта.
В тот же день были потеряны еще 7 боевых единиц. Подводную лодку М-78 торпедировала у Вентспилса немецкая субмарина U-144, а эсминец «Ленин», находившийся на капитальном ремонте в Либаве, и впридачу к нему пять подводных лодок (С-1, М-71, М-80, «Ронис» и «Спидола») были взорваны во избежание захвата противником. Еще одну лодку, М-83, экипаж взорвал в Либаве тремя сутками позже.
В Либаве были сожжены 11 тысяч тонн жидкого топлива, взорваны более 100 торпед, 2500 глубинных бомб, около 700 мин, 1440 параван-тралов—двадцатая часть всех запасов КБФ к началу войны.
24 июня субмарину С-3, вышедшую из Либавы в надводном положении, потопили немецкие торпедные катера, а следовавший в составе соединения тральщик Т-208 «Шкив» подорвался на мине и затонул в районе банки Глотова.
Тральные силы КБФ оказались совершенно не готовы ни к масштабным минным постановкам противника в районе Моон-зундских островов и в Финском заливе, ни к преподнесенным немцами сюрпризам. Так, немцы применили магнитные донные мины с прибором кратности, против которых у КБФ никаких средств не нашлось, кроме кустарных «минопрорывателей» (самоходные баржи, набитые деревом и пробкой, которые несколько раз прогоняли по подозрительным фарватерам). У обычных же якорных мин втрое немцы вплетали кусок цепи, и резак паравана, вместо то го чтобы отрезать трос и отводить мину, только подтягивал ее к борту.