Б. м. занимает депрессию тектонического происхождения, являющуюся структурным элементом
В центральной части моря дно сложено породами силура и девона, скрывающимися к Ю. под толщей ледниковых и морских осадков значительной мощности.
Наличие подводных речных долин и отсутствие под толщей ледниковых отложений морских осадков свидетельствуют о том, что в предледниковое время на месте Б. м. была суша. В течение по крайней мере последней ледниковой эпохи впадина Б. м. была полностью занята льдом. Только около 13 тыс. лет назад произошло соединение с океаном, и морские воды заполнили впадину; образовалось Иольдиевое море (по моллюску Joldia). Фазе Иольдиевого моря несколько раньше (15 тыс. лет назад) предшествовала фаза Балтийского ледникового озера, ещё не сообщавшегося с морем. Около 9—7,5 тыс. лет назад в результате тектонического поднятия в Центральной Швеции связь Иольдиевого моря с океаном прекратилась, и Б. м. снова стало озером. Эта фаза развития Б. м. известна под названием Анцилового озера (по моллюску Ancylus). Новое опускание суши в районе современных
Климат Б. м. морской умеренный, находится под сильным влиянием Атлантического океана. Характеризуется сравнительно небольшими годовыми колебаниями температуры, частыми осадками, довольно равномерно распределяющимися в течение года, и туманами в холодный и переходные сезоны. В течение года преобладают ветры западных направлений, которые связаны с циклонами, приходящими с Атлантического океана. Циклоническая деятельность достигает наибольшей интенсивности в осенне-зимние месяцы. В это время циклоны сопровождаются сильными ветрами, частыми штормами и вызывают большие подъёмы уровня воды у побережья. В летние месяцы циклоны ослабевают и их повторяемость уменьшается. Вторжение антициклонов сопровождается ветрами восточных направлений.
Растянутость Б. м. на 12° по меридиану определяет заметные различия климатических условий отдельных его районов. Средняя температура воздуха южной части Б. м.: в январе —1,1°С, в июле 17,5°C; средней части: в январе —2,3°С, июле 16,5°C; Финского залива: в январе —5°С, в июле 17°C; северной части Ботнического залива: в январе —10,3°С, в июле 15,6°C. Облачность летом около 60%, зимой более 80%. Среднее годовое количество осадков на С. около 500
Гидрологические условия Б. м. определяются в основном его климатом, избытком пресных вод и водообменом с Северным морем. Избыток пресных вод, равный 472
Течения Б. м. образуют круговорот против часовой стрелки. Вдоль южного берега течение направлено на В., вдоль восточного — на С., вдоль западного — на Ю. и у северного берега — на З. Скорость этих течений колеблется от 5 до 20