Конец 18 и 1-я половина 19 вв. ознаменованы рядом значительных достижений чешских и словацких учёных. Ф. А. Реусс одним из первых начал минералогическое и бальнеологическое обследование горных районов Чехии. Его работы продолжил сын — А. Э. Реусс. Я. Крейчи, осуществивший ряд исследований в Рудных горах, признан основателем чешской научной геологии. К. Штернберк внёс крупный вклад в разработку классификации ископаемых растений. Ф. М. Опиц заложил основы флористического изучения Чехии. Видную роль в становлении современной чешской науки сыграл Я. С. Пресль, который издал (совместно с братом — К. Б. Преслем) первую «Чешскую флору» (1819) и фундаментальный труд по минералогии (1837). Он положил начало систематической разработке чешской научной терминологии и стал одним из основоположников чешской естественнонаучной литературы. В 1821 Я. С. Пресль предпринял издание (совместно с Й. Юнгманом) первой чешской энциклопедии. Г. Реусс стал автором первого ботанического описания Словакии. Трёхтомную сводку «География распределения животных» опубликовал (1853) Л. Шмарда.
На передовые позиции выдвинулись в конце 18 — начале 19 вв. чешские учёные в физиологии и медицине. Й. Прохаска стал одним из создателей рефлекторной теории, которая легла впоследствии в основу нейрофизиологии. Мировую известность приобрели труды Я. Э. Пуркине, оказавшие большое влияние на развитие цитологии, анатомии и эмбриологии и ставшие этапом на пути к клеточной теории. Б. Больцано впервые ввёл ряд важных понятий математического анализа.
Имелись достижения и в области техники и технических наук. И. Борн предложил (конец 18 в.) способ получения золота и серебра амальгамацией. Ф. И. Герстнер дал оригинальное решение некоторых практических задач механики. Он же усовершенствовал рудничные подъёмные машины. Й. Рессель предложил и успешно испытал (1826) винтовой движитель для судов. В 20-х гг. 19 в. построена конно-железная дорога от Ческе-Будеёвице до Линца. В 1845 открыта первая железная дорога Прага — Оломоуц.
Естественные и технические науки во 2-й половины 19 в. — 1918.
В этот период условия развития науки были неблагоприятными. Часть учёных вынуждена была работать за границей. Среди них биологи и медики К. Рокитанский, Й. Шкода, Ф. Гебра, Ф. Хвостек, механик А. Стодола и др. Выявились значительные различия в развитии науки в чешских землях и в Словакии. Словацкие учебные заведения и научные учреждения развивались крайне медленно: в 1871 открыта с.-х. школа в г. Липтовски-Градок, в 1875 — промышленная школа в Крукотине. В 1856 создано общество врачей и естествоиспытателей в Братиславе. В 1863 основана Матица словацкая (закрыта в 1875). Несмотря на трудности, продолжали свою деятельность Д. Штур (труды по зоологии, палеонтологии), А. Кметь, Й. Голуба (труды по ботанике) и др.В чешских землях возникли научные общества: чешских врачей, чешских математиков (оба в 1862), чешских химиков (1871), геологическое (1884), географическое (1894). В 1864 при Национальном музее создан комитет по изучению естественных ресурсов Чехии. В 1863 Пражский политехнический институт разделился на чешский и немецкий институты. Чешский институт стал первым высшим учебным заведением, где преподавание велось на чешском языке. В 1882 Пражский университет аналогичным образом разделился на два университета. С деятельностью первых чешских учебных заведений связано становление ряда школ в чехословацкой науке 20 в. На рубеже 19 и 20 вв. практически по всем отраслям имелась научная литература на чешском языке. В 1890 создана Чешская академия наук и искусств.
Значительные успехи в геологии связаны с деятельностью жившего в 1831 в Чехии Й. Барранда (иностранный член-корреспондент Петербургской АН с 1877), автора 24-томной монографии, признанной классическим палеонтологическим трудом 19 в. Ф. Б. Пошепни стал одним из основоположников учения о рудных месторождениях. Ц. Пуркине и Й. В. Данеш положили начало чешской геоморфологии. К. Коржистки составил географические карты большей части Чехии. В области биологических наук получили известность ботаник, пропагандист дарвинизма Л. Челаковский, зоологи А. Фрич и Ф. Вейдовский (труды по анатомии животных и др.). В монастыре в Брно вёл опыты основоположник генетики Г. Мендель. В 1866 в записках местного общества естествоиспытателей он опубликовал свою классическую работу «Опыты над растительными гибридами», получившую мировое признание в 20 в. Развитию химии способствовали труды Б. Браунера по редкоземельным элементам, В. Шафаржика по неорганической химии и Ю. Стокласы по биохимии растений и агрохимии. Для чешской медицины существенное значение имела деятельность микробиолога Я. Главы, хирурга К. Майндля, гинеколога и уролога К. Павлика. Мировое признание получило описание Я. Янским системы групп крови (1907).