Комплексное исследование этнической истории эстонского народа и др. народов Прибалтики выполнили Х. А. Моора и ряд научных сотрудников. Древняя история Э. освещена в работах М. Х. Шмидехольма, Л. Ю. Янитса, Ю. Я. Селиранда и др. Исследования по истории периода феодализма посвящены развитию барщинного хозяйства (Х. М. Лиги), проблемам феодального землепользования (Э. В. Тарвель), исторической демографии (С. Х. Вахтре, Х. Э. Палли). Проблемы, связанные с разложением феодально-крепостнического строя, историю классовой борьбы крестьянства анализирует в своих монографиях Ю. Ю. Кахк. Историю национального движения во 2-й половине 19 в. рассматривали Х. Х. Круус, Э. А. Яксен и др. Переселенческое движение эстонских крестьян с 1830 по 1863 осветил А. К. Вассар, в последующий период — В. А. Маамяги.
Особое внимание эстонских историков обращено на изучение революционного опыта пролетариата Э., социалистического и коммунистического строительства в республике. Исследован процесс распространения ленинских идей и борьбы за единство рабочего движения в Э. в 1902—17. Революцию 1905—07 изучал Г. И. Мосберг. История Октябрьской революции 1917 в Э. обобщена в коллективных трудах и монографиях (И. М. Саат, К. К. Сийливаск и др.). Исследовалась классовая борьба в Э. в годы Гражданской войны (Ю. Я. Тайгро) и буржуазной диктатуры (А. А. Леббин, О. Х. Куули). Отношения СССР и Э. в 20-х гг. осветил А. В. Кооп. Издана коллективная монография «Эстонский народ в Великой Отечественной войне Советского Союза» (главный редактор Л. Ленцман, т. 1—2, 1971—77; на рус. яз. — т. 1, 1973). Р. Н. Пуллат и др. изучали историю городов, опубликовали историю Таллина в 2 книгах (1969—76). Под редакцией И. П. Соломыковой опубликована в 2 томах «История эстонского искусства» (1970—76).
В республике ведутся археологические работы; в 1969 на территории Э. обнаружены первые в лесной полосе Восточной Европы остатки первобытных полей. Этнографы института истории АН Эстонской ССР участвуют в составлении «Этнографического атласа СССР». Краеведческую работу в республике с 1958 координирует Комиссия краеведения при АН Эстонской ССР. Исторические материалы публикуются в «Известиях Академии наук Эстонской ССР. Серия общественных наук», «Учёных записках Тартуского государственного университета». Пропагандой исторических знаний и разработкой вопросов истории занимаются Государственный исторический музей в Таллине (основан в 1940), Государственный этнографический музей в Тарту (основан в 1909), этнографический Парк-музей Эстонской ССР в Таллине (открыт в 1964).
Экономистами республики разрабатывались проблемы социалистической индустриализации (А. Т. Веймер), коллективизации сельского хозяйства и развития новых аграрных отношений (Р. И. Антоне, Н. С. Бузулуков). Была показана реакционная сущность экономической политики эстонской буржуазии (О. А. Сепре). Исследуются экономические методы повышения качества промышленной продукции (А. А. Кеэрна, Х. А. Метса), проблемы региональной экономики и территориальной организации производства (В. Ю. Тармисто). Большое внимание уделяется экономическим аспектам рационального землепользования (М. Л. Бронштейн) и охраны окружающей среды. Проводятся исследования в области применения экономико-математических методов в оптимальном отраслевом планировании (И. 3. Каганович), декомпозиционного анализа (Ю. А. Эннусте), применения индексного метода в экономическом анализе (У. И. Мересте), исследуются проблемы планирования народного хозяйства (Э. В. Кулль), теории управления (Р. К. Юксвярав), экономической эффективности сельского хозяйства (Э. Т. Винт).
Центры экономической науки: Институт экономики АН Эстонской ССР (основан в 1946), Эстонское отделение Центрального экономико-математического института АН СССР (основан в 1965), Эстонский научно-исследовательский институт научно-технической информации и технико-экономических исследований (основан в 1968), экономические факультеты и кафедры вузов.