В 1572—77 Россия завоевала всю Э. (кроме Таллина и островов), но вследствие контрнаступления войск Речи Посполитой и Швеции в 1580—81 потеряла эту территорию. По Ям-Запольскому мирному договору 1582
России с Речью Посполитой и Плюсскому перемирию 1583
— со Швецией Северная Э. (Эстляндия) отошла к Швеции, Южная — к Речи Посполитой. Остров Сааремаа остался за Данией. Власти Речи Посполитой в Южной Э. ограничили земельные владения и самоуправление местного немецкого дворянства, они ориентировались на государственное ведение фольварочного хозяйства, предприняли попытки рекатолизации. В результате войн Швеции с Речью Посполитой (1600—11, 1617—29) Швеция к 1625 завоевала всю материковую Э. В 1645 о. Сааремаа перешел к Швеции. В результате русско-шведской войны 1656—58 по Валиесарскому договору 1658
Восточная Э. была присоединена к России, однако Кардисский мирный договор 1661
восстановил довоенные границы. Шведская Прибалтика делилась на Эстляндскую (Северная Э.) и Лифляндскую (Южная Э. и Северная Латвия) губернии. Крестьяне были обложены регулярными государственными налогами, государственные земельные владения были розданы дворянам; (в том числе шведским). Города Вильянди, Раквере, Пайде, Хаапсалу, Валга попали в зависимость от феодалов. В 1640-х гг. оформился т. н. прибалтийский (остзейский) особый порядок (установились привилегии и сословные органы помещиков). Полицейскими правилами генерал-губернатора К. Тотта в Лифляндии (1668, утверждены королем 1671) была оформлена крепостная зависимость. В 1680 король Карл XI начал редукцию
части дворянских — некогда казенных — имений. Редуцированные имения обычно оставались в арендном держании бывших владельцев, повинности крестьян в них были регламентированы. Государственное регулирование отношений принесло некоторые правовые льготы крестьянам. Внешняя торговля базировалась на хлебном экспорте. В 17 в. появились зачатки мануфактурного производства (стеклоделательное предприятие 1628, бумажная мельница 1664 и др.). С 1632 ведет свою историю Тартуский университет
.
В 1684—88 близ Тарту существовала учительская семинария, в 1680-е гг. были созданы первые сельские школы. В 1689 вышла первая газета в Э. (на немецком языке). В 1695—97 разразился «великий голод» — численность населения снизилась с 350 до 280 тыс. человек. В ходе Северной войны 1700—21
русские войска в 1704 заняли Восточную Э. (с гг. Тарту и Нарва). 29 сентября (10 октября) 1710 эстляндское рыцарство и г. Таллин капитулировали и вся Э. была присоединена к России, что официально было закреплено Ништадтским мирным договором 1721. Э. был обеспечен длительный мир и соответственно — условия для экономического и культурного развития. Рыцарство получило подтверждение сословных привилегий, дворянам были возвращены редуцированные имения. Немецкое дворянство сосредоточило в своих руках административную, судебную и полицейскую власть, влияло на церковные и школьные дела. Местные вопросы решались на ландтагах (собрания дворян). Численность населения достигла 350 тыс. человек к середине 18 в., а к 1780-м гг. — 490 тыс. человек (немцев 2—4% ). Во 2-й половине 18 в. получили широкое развитие винокурение (из зерна) и откорм скота бардой. В 1766—67 издавался первый журнал на эстонском языке. Рост товарности сельского хозяйства и развитие мануфактурной промышленности подготовили условия для складывания капиталистических отношений. Введение подушной подати вызвало в 1783—84 крестьянские волнения. С 1797 в Э. была введена рекрутская повинность. Увеличился товарообмен с рус. губерниями, особенно с Петербургом.