Вузовские научно-исследовательские учреждения подразделяются (в зависимости от статуса вузов) на государственные (301), муниципальные (35) и частные (207). Крупнейшие институты: экономических исследований университета Хитоцубаси (1940), физики твёрдого тела (1957) и авиационной и космической техники (1958) Токийского государственного университета, белка (1964) Осакского государственного университета, атомной энергии (1957) университета Нихон.
Общая численность занятых в сфере науки достигла 491 тыс. человек (1975). Количество научных работников превысило 255 тыс. человек, из них 57% сосредоточено в НИИ частных компаний, 33% — в вузах, 10% — в специализированных НИИ.
Я. по количеству подаваемых патентных заявок (160 тыс. в 1975) обогнала другие капиталистические страны. Количество выдаваемых патентов не превышает 25—30% от числа заявок (46 728 в 1975). За период 1950—75 Я. заключила, главным образом с США, 16692 крупных лицензионных соглашения. Количество закупаемых лицензий начинает сокращаться: с 2450 в 1973 до 1836 в 1975.
Расходы на научно-исследовательскую деятельность быстро увеличиваются, опережая темп роста национального дохода: в 1974 финансовом году — 2421,4 млрд. иен (2,15% национального дохода), что вдвое выше уровня 1970 финансового года. В среднем за 1955—75 расходы на НИОКР каждое пятилетие возрастали в 2—2,5 раза. Основная доля расходов на НИОКР приходится на частный сектор — 73,5% (1974 финансовый год). По видам научно-исследовательских учреждений расходы распределяются так: НИИ частных компаний — 65,6%, специализированные — 16%, вузовские — 18,4%.
На фундаментальные исследования расходуется 15% всех ассигнований, на прикладные исследования — 21,7%, на опытно-конструкторские разработки (ОКР) — 63,3%. Фундаментальные исследования осуществляются главным образом в вузах, а ОКР — в НИИ частных компаний. Особое внимание (14,1% общих расходов на НИОКР в 1974 финансовом году) уделяется 5 крупным национальным программам исследований (в млрд. иен): по охране окружающей среды (94,5), развитию средств обработки информации (91,7), ядерной энергии (90,3), космическим (48,6), по изучению Мирового океана (15,8).
В Я. сформирована широкая государственная и частная сеть органов научно-технической информации. Крупнейшие: Японский центр научно-технической информации (1957), Японский центр латентной информации (1971). Реализуются уникальные в капиталистическом мире проекты Национальной системы научно-технической информации (НИСТ) и Национальной информационной системы (НИС) с использованием ЭВМ. По количеству применяемых в экономике, науке и технике ЭВМ (более 30 тыс. в 1975) Я. прочно занимает второе после США место среди капиталистических стран.
Я. — член более 50 международных научных организаций, активно участвует во многих международных научно-исследовательских программах. Заключены двусторонние и многосторонние соглашения в области науки и техники с большинством стран мира. Осуществляется обмен учёными с АН СССР, МГУ и другими советскими научными учреждениями. В 1973 заключено межправительственное соглашение о научно-техническом сотрудничестве с СССР.