Началась эпоха феодальной раздробленности. Основной социально-экономической и политической единицей общества в это время было феодальное владение в виде ханств или княжеств (оток), принадлежавших потомкам Чингисхана как их наследственная собственность (умчи). Существовавшая в годы империи государственная собственность на землю и система условных пожалований — хуби уступили место частной феодальной земельной собственности и безусловным пожалованиям — умчи. Место единого раннефеодального монгольского государства заняло множество самостоятельных ханств и княжеств, остро нуждавшихся в рынках для обмена скота и продуктов скотоводства на земледельческие и ремесленные товары оседлых народов. Таким рынком в то время мог быть только Китай. Но он был мало заинтересован в этом обмене. Экономика Монголии оказалась в кризисном состоянии. Монгольские правители пытались силой оружия навязать китайским властям меновую торговлю. В наименее выгодных условиях находились западно-монгольские (ойратские) феодалы, отделённые от Китая огромными расстояниями и широкой полосой восточно-монгольских владений. Между феодалами восточных и западных районов Монголии развернулась длительная борьба, в основе которой лежало соперничество на торговых путях в Китай.
Дважды в 15 в. предпринимались попытки преодолеть феодальную раздробленность и восстановить объединённое монгольское государство. Инициатором первой попытки был ойратский правитель Эсен-хан (правил в 1440—55), второй — монгольский Даян-хан (правил около 1479 — около 1543). Однако созданные ими государства распались сразу после их смерти, поскольку отсутствовали необходимые для единства страны социальные и экономические предпосылки. После смерти Даян-хана Монголия разделилась на Южную и Северную, границей между ними стала пустыня Гоби. Вскоре и Северная Монголия стала подразделяться на Западную (ойратскую) и Восточную (халхаскую) с границей по линии Алтайских гор. Эта территориальная структура отразила начавшийся в 15 в. процесс формирования в указанных районах особых монголоязычных феодальных группировок и народностей, исторические судьбы которых в дальнейшем сложились по-разному. В 16 в. во всех трёх частях Монголии насчитывалось более 200 ханств и княжеств.
В последней четверти 16 в. ханы и князья сначала Южной Монголии, затем Халхи, а в начале 17 в. и Западной Монголии приняли в качестве религии
В конце 16 — начале 17 вв. развернулась экспансия маньчжурских феодалов, создавших в 1616 на территории современного Северо-Восточного Китая государство во главе с Нурхаци. Используя раздробленность Монголии, маньчжуры в 1634 разгромили крупнейшее в Южной Монголии Чахарское ханство. В 1636 южномонгольские нойоны признали власть правителя маньчжуров Абахая (правил в 1626—43). В связи с этим Южная Монголия стала именоваться Внутренней, в отличие от Халха-Монголии (территория современной МНР), которую маньчжуры назвали Внешней Монголией.