Третья субстанция — «мировая душа» — объединяет у П. «ум» и телесный мир. Получая от «ума» законы своего движения, «душа» отличается от него своей вечной подвижностью; это — принцип самодвижения. «Ум» бестелесен и бессмертен; «душа» объединяет его с телесным миром чем-то прекрасным, пропорциональным и гармоничным, будучи сама бессмертной, а также причастной истине и вечным идеям. Индивидуальная душа есть образ и истечение «мировой души». П. говорил о бессмертии или, вернее, о вечном возникновении также и тела вместе с «душой». Смерть тела есть переход его в др. состояние.
«Идеи» — это предельное обобщение, смысл, смысловая сущность вещей и самый принцип их осмысления. Они обладают не только логической, но и определённой художественной структурой; им присуща собственная, идеальная материя, оформление которой и делает возможным понимать их эстетически. Прекрасное существует и в идеальном мире, это такое воплощение идеи, которое является пределом и смысловым предвосхищением всех возможных частичных её воплощений; это своего рода организм идеи или, точнее, идея как организм. Дальнейшее диалектическое развитие первообраза приводит к уму, душе и телу «космоса», что впервые создаёт красоту в её окончательном виде. «Космос», который в совершенстве воспроизводит вечный первообраз или образец («парадигму»), прекраснее всего. К этому примыкает платоновское учение о космических пропорциях.
Материя для П. — лишь принцип частичного функционирования идеи, её сокращения, уменьшения, затемнения, как бы «воспреемница» и «кормилица» идей. Сама по себе она абсолютно бесформенна, не есть ни земля, ни вода, ни воздух, ни вообще какая-либо физическая стихия; материя — это не сущее, сущее же — только идея. П. подверг резкой критике разрыв идей и вещей и формулировал те самые аргументы, которые Аристотель позднее направил против предполагаемого платоновского дуализма. Подлинным бытием для П. является идеальное бытие, которое существует само по себе, а в материи только «присутствует». Материя же впервые получает своё существование оттого, что подражает ему, приобщается к нему или «участвует» в нём.
В последние годы жизни П. переработал учение об идеях в духе
Основной наукой, определяющей собой все прочие, является для П. диалектика — метод разделения единого на многое, сведения многого к единому и структурного представления целого как единораздельной множественности. Диалектика, вступая в область спутанных вещей, расчленяет их так, что каждая вещь получает свой смысл, свою идею. Этот смысл, или идея вещи, берётся как принцип вещи, как её «ипотеса», закон («номос»), ведущий у П. от рассеянной чувственности к упорядоченной идее и обратно; именно так понимается у П.
Индивидуальная душа обладает тремя способностями: умственной, волевой и аффективной — с приматом первой из них. В этике этому соответствуют три добродетели — мудрость, мужество и просветлённое состояние аффектов, которые объединяются в одну цельную добродетель, представляющую их равновесие, — «справедливость».