7—14 (20—27) января 1918 в Петрограде состоялся 1-й Всероссийский съезд П. с. (416 делегатов с решающим голосом и 75 с совещательным; 273 большевика, 21 левый эсер, 6 максималистов, 6 анархо-синдикалистов, 66 меньшевиков, 10 правых эсеров, 34 беспартийных). Съезд указал, что работа П. с. должна быть сосредоточена на организационно-хозяйственных вопросах: участие во всех центрах, регулирующих производство, организация рабочего контроля, регистрация и распределение рабочей силы, организация обмена между городом и деревней, борьба с саботажем, проведение всеобщей трудовой повинности. Съезд признал необходимым слияние фабзавкомов и П. с.; подтвердил производственный принцип построения П. с.; отверг требования эсеро-меньшевистских делегатов о «нейтральности» П. с., за которой, говорилось в резолюции съезда, всегда «скрывалась фактическая поддержка буржуазной политики и измена интересам рабочего класса»; подчеркнул, что П. с. должны целиком поддерживать политику Советской власти. Съезд принял устав ВЦСПС.
В период Гражданской войны и военной интервенции 1918—20 главное в деятельности П. с. — защита социалистического Отечества. Будучи верными помощниками Коммунистической партии, П. с. всю организаторскую и воспитательскую деятельность направляли на помощь Красной Армии, на укрепление тыла, борьбу с голодом, повышение производительности труда, особенно на оборонных предприятиях. Превращение страны в военный лагерь отражалось и на методах работы П. с.: в них вводились обязательное и коллективное членство, кооптация и назначенство вместо выборности и др. П. с. провели 4 мобилизации членов профсоюзов (в мае и октябре 1919, мае и августе 1920), направив на фронты десятки тысяч бойцов. Для оказания помощи Красной Армии и семьям фронтовиков были созданы при ВЦСПС, ЦК профсоюзов, правлениях П. с. и ФЗК комиссии содействия (бюро помощи). Активно участвуя в борьбе с голодом, профсоюзные организации промышленных центров включались в формирование
16—25 января 1919 в Москве состоялся 2-й Всероссийский съезд П. с. 20 января на съезде выступил В. И. Ленин с докладом «О задачах профессиональных союзов», в котором были изложены основные положения учения о П. с. как школе коммунизма, раскрыты роль и задачи П. с. в период строительства социализма и коммунизма. Съезд призвал обратить особое внимание на поднятие производительности труда, укрепление трудовой дисциплины и улучшение условий труда и быта трудящихся; установил структуру органов П. с. в соответствии с административным делением страны (уездные, губернские, краевые, республиканские отделения союза). Процесс реорганизации П. с. по производственному признаку был завершен в 1920.
5-я Всероссийская конференция П. с. в ноябре 1920 поставила вопрос об отказе от методов работы П. с., которые применялись в период войны, и переходе к развёрнутой демократии; о выборности руководящих органов взамен кооптации и назначения; регулярности общих собраний член П. с., отчётности выборных органов. На заседании коммунистов — делегатов 5-й Всероссийской конференции П. с., обсуждавшей доклад Я. Э. Рудзутака о производственных задачах П. с., Л. Д. Троцкий выдвинул лозунги «завинчивания гаек», перетряхивания П. с. и их «огосударствления». Одновременно выступили сторонники «рабочей оппозиции» (А. Г. Шляпников), противопоставлявшие П. с. Советскому государству, партии, и «буферная группа» (Н. И. Бухарин). Дискуссия была чрезвычайно острой и не ограничивалась вопросом о П. с. Фактически речь шла о руководящей роли партии в системе диктатуры пролетариата, об отношении к массам, о методах строительства социализма.
Ленинская «платформа десяти» определила П. с. как школу управления, школу хозяйствования, школу коммунизма, а основной метод их деятельности — метод убеждения, 10-й съезд РКП (б) (март 1921) подвёл итоги