Образование княжеств способствовало дальнейшему развитию феодальных отношений на территории Р. Феодализирующаяся знать и христианские монастыри увеличивали свои владения путём захвата общинных земель, а также за счёт господарских земельных пожалований, что вело к сокращению земельной собственности свободных крестьян, превращению их в феодально-зависимых. В конце 16 в. молдавские и валашские крестьяне теряют право перехода. «Уложение» молдавского господаря В. Лупу
1646 и свод законов 1652 в Валахии юридически оформили закрепощение крестьянства. В Трансильвании уже к началу 16 в. произошло прикрепление крестьян к земле. К 16 в., несмотря на упорное сопротивление, сначала Валашское, а затем Молдавское княжества попали в зависимость от Османской империи. После Мохачской битвы 1526
и распада Венгерского королевства образовалось (1541) относительно самостоятельное княжество Трансильвания, также признавшее сюзеренитет турецкого султана. С середины 16 в. усиливается зависимость Молдавского и Валашского княжеств от Османской империи. Пользуясь правом утверждения господарей, турецкий султан превратил господарский престол в предмет купли-продажи, а господарей в своих ставленников. В конце 16 — начале 17 вв. валашскому господарю Михаю Храброму удалось добиться успехов в борьбе с Османской империей и на короткое время объединить под своей властью Валашское и Молдавское княжества и Трансильванию. С конца 16 в. на основе общих интересов в борьбе против османской агрессии окрепли молдавско-валашско-русские политические связи. В 17 — начале 18 вв. господари В. Лупу, М. Басараб, Г. Стефан, К. Брынковяну имели тесные политические отношения с Украиной и Россией. Во время Прутского похода 1711 Петра I молдаване сражались против турецких войск на стороне русских (молдавский господарь Дмитрий Кантемир заключил с Петром I союзный договор). С начала 18 в. турецкий султан стал назначать господарей в Молдавском и Валашском княжествах из числа греков-фанариотов
. Турецко-фанариотский гнёт приводил к усилению феодальной эксплуатации молдавских и валашских крестьян. Аграрные реформы в Валахии (1746) и в Молдавском княжестве (1749), устранив личную крепостную зависимость крестьян от феодала, сохранили однако их прикрепление к земле как единице налогообложения. Рост национального и социального гнёта вызывал широкое освободительное и антифеодальное движение народных масс. Турецкое господство тормозило процесс зарождения капиталистических отношений в княжествах. Возникшие во 2-й половине 18 в. суконные, бумажные, стекольные и другие предприятия мануфактурного типа были основаны главным образом на труде зависимых крестьян. В Трансильвании, подчинённой с конца 17 в. Габсбургами, сохранялась барщинно-домениальная система, усилилось крепостничество, дополнявшееся национальным угнетением. Ярким выражением нараставшего классового протеста явилось принявшее большой размах Трансильванское крестьянское восстание 1784—85
под руководством Н. Хории, Г. Кришана и Й. Клошки. Русско-турецкие войны 18—19 вв., подтачивая военное могущество Османской империи, благоприятствовали освободительной борьбе народов Молдовы и Валахии. Добровольческие отряды молдаван и валахов участвовали в военных действиях против Турции на стороне русских войск. Кючук-Кайнарджийский мир 1774
предоставил России право «говорить в пользу сих двух княжеств». Ясский мирный договор 1791 подтвердил условия Кючук-Кайнарджийского мира. В соответствии с Бухарестским мирным договором 1812, завершившим русско-турецкую войну 1806—12, Бессарабия была освобождена от турецкого ига и вошла в состав России.