Эрна и Вильгельм переехали в Гамбург, где укрывались у знакомых коммунистов. Они написали письмо своему куратору полковнику начальнику ГРУ И. Большакову (радиосвязи у них не было), сообщив, что указанный адрес «Альты» не верен. Письмо предполагалось передать через гамбургских коммунистов в советское посольство в Стокгольме, но сделать этого не удалось.
Между тем, Ильзе жила вместе с Хельфрихом в Берлине по адресу Ахорналлее, 48.
8 августа 1942 года ГРУ направило на корабле в Англию немецкую коммунистку Эльзе Ноффке. Из Англии она должна была спрыгнуть с парашютом в Германии и установить связь с «Альтой». Но судно подверглось торпедной атаке, и Эльзе утратила рацию и шифр. Ее спасли и в феврале 1943 года по просьбе ГРУ англичане сбросили Эльзе над Южной Германией, но при выброске она утратила рацию. В апреле 1943 года Эльзе арестовало гестапо, установив ее адрес во Фрайбурге с помощью радиоигры с Москвой.
Между тем в апреле 1942 года фон Шелиа вновь устраивает Ильзе Штебе на работу в Информационное управление МИД.
Сама «Альта» тоже ищет контакты с Москвой. Она спросила своего друга Хельмута Киндлера из отдела пропаганды Верховного командования вермахта, могут ли ее направить на русский фронт корреспондентом женского журнала «Эрика» или забросить в тыл русских для ведения разведки. Однако начальство Киндлера отмахивается от этой просьбы.
Между тем после жестоких пыток один из радистов группы «Кента» немецкий коммунист Йоганн Венцель (псевдоним «Герман», его арестовали 30 июня 1942 года в Брюсселе, также запеленговав передатчик) в конце июля 1942 года раскрыл шифр. Прочитав перехваченные ранее радиограммы, гестапо с изумлением узнало о разветвленной сети советской разведки в Берлине и на оккупированных территориях Западной Европы, которую гестаповцы окрестили «Красной капеллой». Также была названа и специальная группа гестапо по расследованию «русского шпионажа».
Начались аресты, в ходе которых в Берлине гестаповцы взяли более сотни подпольщиков.
В августе 1942 года из одной из дешифрованных радиограмм гестапо установило фамилию и адрес Ильзе Штебе.
12 сентября 1942 года Ильзе Штебе и Карл Хель-ферих играли скромную свадьбу. Неожиданно в квартире появились гестаповцы. На Ильзе (одетую в красивое серое платье с белым воротничком) надели наручники и отвезли в тюрьму полицай-президиума на Александер-платц, куда доставили и еще примерно 40 женщин, проходивших по делу «Красной капеллы». Гестаповцы считали, что Ильзе входит в сеть Харнака и Шульце-Бойзена, но она не знала этих людей.
Ее избивали почти каждый день, обливали ледяной водой, не давали уснуть. Но Ильзе словно отключилась и игнорировала издевательства над собой: она не узнавала людей на фотокарточках, выдерживала перекрестные допросы и отрицала все. Она заявила, что не знает никаких «Альту» и «Кента».
Никаких улик у гестапо кроме одной радиограммы не было, и Ильзе надеялась, что ей удастся выйти сухой из воды. Но 15 октября 1942 года гестаповцам удалось в Гамбурге арестовать Эрну Айфлер, и под пытками она созналась, что шла на встречу с «Эльзой Штабе». Тогда сотрудник гестапо Хабекер (допрашивавший ранее «Альту») предъявил Эрне фото арестованных по делу «Красной капеллы» женщин и под номером 188 она узнала Ильзе Штебе, сообщив, что карточку этой женщины ей показали в Москве.
От имени Эрны Айфлер гестапо начинает радиоигру с «Директором» (ГРУ) и в середине октября 1942 года «Эрна» сообщает в Москву что им с Вильгельмом удалось обосноваться в Гамбурге, и они ждут указаний. «Директор» ответил, что вскоре для установления контакта с «Альтой» прибудет «Генрих Кестер». Это был немецкий коммунист Генрих Кенен. Кенена опять снабдили неправильным адресом и телефоном Штебе, показали фото фон Шелиа и дали явки, уже проваленные гестапо после ареста радиста Венцеля. У Кенена с собой была даже квитанция с подписью фон Шелиа на получение средств за передачу им информации: «Кестер» в случае неудачи контакта с «Альтой» должен был сам установить прямой контакт с фон Шелиа.
23 октября 1942 года Кенен (подготовленный как радист берлинской резидентуры ГРУ) был сброшен с парашютом над Восточной Пруссией. В гестапо, получив сведения от «Директора», его уже ждали. В камеру к Штебе подсадили стенографистку гестапо Гертруд Брайтер, чтобы она могла увидеть ее. После этого Брайтер доставили на квартиру Штебе, где она ждала звонка Кенена. Кенен позвонил 28 октября и «Ильзе» (Брайтер) договорилась с ним о встрече на следующий день на станции городской электрички «Савиньи-платц». «Ильзе» и Кенен гуляли по парку Тиргартен, и посланец из Москвы попросил достать ему две рубашки. На следующий день в одном из берлинских кафе Кенена во время очередной встречи с «Ильзе» арестовало гестапо, найдя у него квитанцию с фамилией фон Шелиа.