Вскоре после этой гонки Кларк принял участие в "Инди-500" и стал вторым. Возвратившись из США, Джим начал свое победное шествие в чемпионате мира: под проливным дождем в Спа он разгромил конкурентов и финишировал первым с преимуществом почти в 5 минут перед Маклареном! На сухой трассе Кларк был тоже непобедим. Шотландец выиграл гонки в Зандвоорте, Реймсе и Сильверстоуне.
В то время как Кларк подавляюще доминировал на трассах чемпионата, с помощью Джона Сертиза начался "грубый метод лечения" паралича, постигшего Scuderia Ferrari. Ренессанс итальянской команды начинает постепенно быть видимым благодаря победе Сертиза на Нюрбургринге, где он, правда, побеждает в борьбе с Кларком не в последнюю очередь благодаря перебоям в моторе на машине "Летучего шотландца".
Не видна ли трагическая ирония в том, что Кларк обеспечил себе титул именно в Монце, там, где 2 года назад он был участником аварии, повлекшей за собой гибель фон Трипса?
8 сентября Кларк выигрывает итальянский этап и устраняет даже теоретические сомнения в своем чемпионском звании. Он побеждает и в двух последних соревнованиях в Мексике и ЮАР. Чего еще желать?
1964 год. Колин Чэпмен совершенствует Lotus 25, и Кларк к середине сезона получает новую модель - Lotus 33. В начале сезона, в Монте-Карло, 10 мая, модернизированный Lotus 25 и Кларк показывают, что даже при поломке стабилизатора и неполадках в двигателе можно придти к финишу 4-м! Затем следует победа "Летучего шотландца" в Зандвоорте. После этого Джим едет в Индианаполис за победой, но она ускользает. На скорости 200 км/ч разрушается шина. По счастью, автомобиль ни с чем не сталкивается, но гонка для Кларка на этом закончилась. Эта "Инди" была омрачена еще и гибелью двух американских звезд автоспорта - Дэйва Макдональда и Эдди Сакса.
Вернувшись в мир Формулы 1, шотландец опять побеждает. На этот раз в Бельгии, причем впервые благодаря проблемам у соперников: лидировавший Дэн Герни, Грэм Хилл и Брюс Макларен на последнем круге остановились с пустыми баками! О своей победе Кларк узнал только после того, как сам остановился без бензина на круге почета…Поскольку и в мире Формулы 1 есть справедливость, лидировавший в Руане Кларк сошел, и Дэн Герни выигрывает первый Гран-При на Brabham. Однако 11 июля "Летучий шотландец" восстанавливает status quo, выиграв на премьерном Гран-При в Брэндс-Хетч в своем классическом стиле: поул-позиция, быстрейший круг и победный финиш. Но в этот раз Кларку победа далась нелегко, так как его всю гонку яростно преследовал Грэм Хилл на BRM, отстав в итоге всего на 2,8 секунды. После 5 из 10 запланированных этапов итог выглядел так: Кларк - 30 очков, Хилл - 26, правда, последний получал очки во всех 5 гонках. В общий подсчет, напомним, шли лучшие 6 результатов. Герни и Сертиз довольствовались багажом из 10 очков. Кто, казалось бы, мог угрожать Кларку в борьбе за титул? Однако до последнего Гран-При в Мексике шотландец не набрал ни одного очка, играя при этом первую скрипку, но не доводя дело до конца. В то время как Кларк боролся с различными дефектами, за три месяца Джон Сертиз и Ferrari предприняли неожиданный спурт, завершившийся чемпионским титулом.
Джону Сертизу никогда не было ясно, как он умудрился завоевать титул именно в тот год, когда Ferrari была неконкурентноспособна. Он выиграл две гонки сезона, его коллега по команде Лоренцо Бандини еще одну, а именно 23 августа 1964 г. в Цельтвеге. Следует, правда, заметить, что тогда квартет Хилл-Сертиз-Кларк-Герни пал жертвой неисправностей.
Это была та самая гонка, когда полностью сгорел заводской Cooper Фила Хилла и тем самым символично отметил конец карьеры в Ф1 экс-чемпиона. Закат одной звезды, восход другой: первую гонку в Brabham-Climax Роба Уокера провел Йохен Риндт.
В Монце победил Сертиз. Эта победа стала особенно значимой, поскольку Хилл, хотя и лидировал с 32 очками, но имел уже шесть классифицированных результатов. В то же время Кларк с 30-ю и Сертиз с 28-ю очками классифицировались только по 4 раза и могли еще дважды набирать очки. На следующем этапе в США выигрывает Грэм Хилл, Сертиз приходит вторым, Кларк сходит. Перед финалом образуется следующее положение: Хилл лидирует с 39 очками (хотя набрал 41), Сертиз второй с 34 очками, у Кларка по-прежнему 30. У шотландца теоретические шансы на титул еще есть, поэтому в финале в Мексике он выкладывается полностью и завоевывает поул, а Хилл и Сертиз после первого круга - всего лишь на 10 и 13 местах соответственно. Грэм Хилл постепенно пробился на 3 место позади Кларка и Герни, что гарантировало ему чемпионство. Однако к его BRM сзади очень близко подобрался Лоренцо Бандини на 12-цилиндровом Ferrari. Следующим был Сертиз. При торможении в самом медленном месте круга Ferrari Лоренцо Бандини толкает BRM Хилла, и в то время как итальянец может продолжать гонку, англичанин вынужден ехать в боксы из-за погнутых выпускных труб… Случайность? Хилл позже говорил о невезении, о том, что Бандини переоценил свои возможности.