Во времена турецкого владычества Геленджик был оживленным торговым пунктом, через который сбывались скот, овцы, домашняя птица, мед, воск, яйца. Взамен горцы получали оружие и ткани. В 1811 году капитан российского фрегата «Иоанн Златоуст» доносил начальству о бухте Геленджик-Кале: «Она довольно выгодна своим закрытием от ветров и глубиною для купеческих и малых военных судов. Владетель оной бухты есть черкесский князь Калабат-Оглу, которого поддерживает Анапский паша и сея бухта есть единственная от Суджука до Сухума, которая доставляет все жизненные и другие припасы для черкес».
По Адрианапольскому миру 1929 года Геленджик отошел к России. 25 июля 1831 года в Геленджикской бухте высадился русский десантный отряд генерала Е.А. Берхмана. Русские моряки получили отличную базу для стоянки патрульных кораблей, а солдаты начали строить прямую военную дорогу Кубань-Геленджик, законченную через 3 года. Вокруг построенного укрепления вырос населенный пункт. Геленджик служил важным опорным пунктом русских войск и базой отряда кораблей Черноморского флота. В 1836 году рядом с Геленджикским укреплением были построены Кабардинский форт, Новотроицкое укрепление (Криница) и Михайловское укрепление (Архипо-Осиповка).
В марте 1840 года 10000 адыгов напали на Михайловское укрепление с гарнизоном в 500 солдат во главе с комендантом штабс-капитаном Лико. Когда защитников крепости, уцелевших в ожесточенной резне, осталось несколько десятков и огромная толпа осаждавших с победными криками ворвалась в укрепление, солдат Архип Осипов по ранее полученному приказу взорвал пороховой погреб. Вскоре адыгов выбили и укрепление было восстановлено.
Ф.П. Доброхотов писал: «Несмотря на превосходный климат, условия гарнизонной службы и жизни были здесь так тяжелы, что создали повальные болезни и в гарнизоне свирепствовали малярия, цинга и кровавый понос, вследствие недостатка в пище, которую было трудно подвозить из-за отсутствия путей сообщения и невозможно плохого состояния жилищ и казарм. Офицеры гарнизона на первый день Пасхи разговлялись селедками, как неслыханной роскошью».
Тем не менее уже в 40-х годах при самых скромных улучшениях в больничной обстановке, само правительство признало за Геленджиком значение климато-лечебного места, посылая в Геленджикский госпиталь больных.
Со дня своего основания Геленджикское укрепление было центральным пунктом, из которого направлялись русские отряды сухим путем в горы и морским путем вдоль берегов для военных экспедиций к горцам и «преследования турецкой и греческой контрабанды невольниками, невольницами, оружием и боевыми припасами».
Во время крымской войны вся Черноморская береговая укрепленная линия была ликвидирована, так как англо-французский флот полностью ее блокировал. В марте 1854 года крепость Геленджик была взорвана и оставлена гарнизоном. По окончании войны в 1856 году укрепления на побережье восстановили; в 1857 году в Геленджик вновь вошли русские войска. Там же на побережье было основано 12 станиц, составивших Отдельный Шапсугский батальон, охранявший Черноморский берег.
В 1864 году была основана станица Геленджикская, в которой поселилось 96 семей кубанских казаков. В 1870 году станица была переведена из военного в гражданское ведомство и преобразована в селение.
Построенное в 1890-х годах шоссе Новороссийск-Сухуми связало все населенные пункты Черноморского побережья Кавказа и дало мощный толчок к его развитию. Геленджик стал разрастаться как красивый курорт. В 1892 году в Геленджике было 2000 жителей.
Полицейский Геленджика доносил начальству в Новороссийск:
«В Геленджике имеется 160 поселянских дворов, 100 иногородних и 11 хуторов, принадлежащих исключительно иногородцам. Летом в Геленджик как в курорт приезжают из всех городов Империи масса купающихся и каждый домовладелец, ночуя на чердаке, в сарае и даже на открытом воздухе, отдает последнюю комнату приезжим. В Геленджике большая часть поселян и иногородцев-поселян существует исключительно отдачей внаем приезжающим своих помещений. Дачами и хуторами в моем участке владеют большей частью люди высших и средних сфер».
Ф.Н. Доброхотов писал о Геленджике и Архипо-Осиповке конца XIX века: