28 октября 1941 года в четыре часа дня прорвавшийся к Москве бомбардировщик сбросил на Большой театр 500-килограммовую бомбу, которая прошла между колоннами под фронтоном портика, пробила фасадную стену и разорвалась в вестибюле. Полностью разрушенными оказались скульптуры в нишах, лепнина, капители колонн портика, дубовые двери, оконные рамы, художественные торшеры. Была пробита и частично обрушилась стена главного фасада, разрушено перекрытие портика главного входа, обрушилось перекрытие вестибюля, повреждены балюстрада и ступени парадных лестниц, появились трещины на своде главного фойе, повреждена штукатурка, живопись свода и стен, появилась мелкая сеть трещин на плафоне зрительного зала. Воздушной волной были выбиты все стекла, разрушены сантехническая система и асфальтовое покрытие у театра на площади 250 квадратных метров. К счастью, уникальная люстра театра в это время была спущена вниз и закрыта щитами.
Театр стоял темный, завешенный маскировочными сетями и казался мертвым. Но внутри холодного, неотапливаемого помещения сразу же начались ремонтные и реставрационные работы. Уже в феврале 1942 года здесь работала группа художников под руководством П. Корина. Реставраторы трудились по 10—12 часов в сутки, работая на строительных лесах под потолком над восстановлением живописного плафона зрительного зала, осторожно, стараясь не повредить авторский слой росписи, а также уникальную акустическую деку, находящуюся под плафоном. Всего за 240 дней, в тяжелых условиях военного положения, работы по реставрации плафона были закончены. В 1958 году бригадой художников во главе с С. Чураковым под руководством того же П. Корина была проведена повторная реставрация плафона зрительного зала театра.
В 1942 году восстановили также роспись плафона главного фойе, провели позолотные работы в зрительном зале и его интерьерах, отделку дверей «под французский лак» и другие работы. Бригадой позолотчиков руководил известный мастер И. Пашков, работами по лепнине — скульптор Г. Мотовилов. Словно маг и волшебник, творил в это время чудеса архитектор театра А. Великанов: он делал бра из гипса, ввиду нехватки металла из простого железа гнул красивые декоративные ручки. Выполненные им отдельные детали так вписались в интерьер Кавоса, что порой нельзя было отличить подлинный, первоначальный и восстановленный декор.
Были также восстановлены фасад театра и скульптуры в нишах. Одну из них выполнил М. Рукавишников, другую — С. Кольцов.
Летом 1943 года в Москву вернулась часть коллектива, работавшая в Куйбышеве, а 26 сентября того же года спектаклем «Иван Сусанин» Большой театр вновь открыл двери для зрителей.
В 50—70-е годы здание театра в целях его сохранности постоянно находилось под тщательным наблюдением. Так, по решению правительства в 1950 году проводился целый ряд противопожарных мероприятий, были заменены деревянные фермы зрительного зала на металлические, выполнен ряд работ по внутреннему устройству.
Через восемь лет были проведены работы по установке систем кондиционирования воздуха как в зрительном зале, так и в репетиционных помещениях, артистических комнатах, на сцене. Для размещения соответствующего оборудования были сооружены две шестиэтажные пристройки к заднему фасаду, а также подземное помещение на площади — для компрессоров и артезианских скважин. Были проведены работы по механизации сейфа мягких декораций, во фронтоне портика был создан склад театральных костюмов. Реставрирована была и знаменитая квадрига с Аполлоном, работой руководил мастер-литейщик В. Лукьянов, который извлек из головы покровителя искусств осколок времен военных лет.
В 1961 году коллектив театра получил вторую сценическую площадку — здание Кремлевского Дворца съездов.
В здании театра по проекту архитектора В. Турчановича был сооружен и открыт 5 июня 1965 года верхний репетиционный зал — под самой крышей, в помещении бывшего декорационного зала. Репетиционная сцена равна игровой площадке основной сцены по размерам и форме. Зал, прилегающий к ней, имеет оркестровую яму, амфитеатр на 180 мест, которые занимают обычно те, кто участвует в создании спектакля: режиссеры, балетмейстеры, художники, музыканты, артисты. Есть здесь также складские помещения для декораций, кинопроекционная установка, классы для занятий солистов оперы. Открытие этой сцены позволило коллективу вести параллельную работу по подготовке новых и возобновлению редко идущих спектаклей.
В марте 1976 года Большому театру исполнилось 200 лет. Коллектив торжественно отмечал эту дату. Программа мероприятий включала выпуск новых оперных и балетных спектаклей, подготовку торжественного гала-концерта, создание постоянной экспозиции музея театра о его двухвековом пути и др. В этот план входили и работы по реставрации здания и зрительного зала, который должен был принять гостей со всех концов света.