О первоначальном репертуаре театра сохранились далеко не полные сведения, но известно, что среди многих других шли оперы «Розанна и Любим» И. Керцелли, «Санкт-Петербургский гостиный двор» М. Матииского, «Несчастье от кареты» В. Пашкевича. Балетная труппа показывала танцевальные картины из русского народного быта. Преобладал жанр балета-дивертисмента, основанного на играх, празднествах, песнях и плясках. Особой любовью пользовались спектакли «Глухая хозяйка», «Счастливое превращение», «Земира и Азор», «Цыганский балет», «Деревенская простота», восхищавшие публику всех рангов и сословий. Наряду с ними в репертуаре были и спектакли иностранных авторов, в большинстве написанные на мифологические сюжеты.
И в начале XIX века репертуар театра был очень пестрым, однако чаще других ставились любимые московской публикой оперы К. Кавоса, отца будущего строителя театра, «Любовная почта», «Мнимый невидимка» и особенно «Казар-стихотворец», не сходивший со, сцены в течение сорока лет.
Важную роль в формировании самобытных черт московского балета сыграл танцовщик, хореограф и педагог Адам Глушковский. Первым на балетной сцене он обратился к поэзии А. Пушкина и попробовал средствами хореографии воссоздать ее образы. В августе 1820 года появилась поэма молодого Пушкина «Руслан и Людмила», а уже 10 декабря 1821 года на сцене театра дома Пашкова, где в то время работала труппа, состоялась премьера большого героико-волшебного пантомимного балета «Руслан и Людмила, или Низвержение Черномора, злого волшебника», сочиненного и поставленного Глушковским на музыку капельмейстера театра Федора Шольца.
Становлению и творческому росту русской певческой школы способствовал композитор А. Верстовский, занимавший вначале должность инспектора музыки, инспектора репертуара, а затем управляющего Московской театральной конторой. При нем в театре прочно утверждаются произведения отечественной музыкальной драматургии: сначала оперы-водевили, а позднее романтические оперы большой формы, лучшей из которых явилась его «Аскольдова могила», впервые исполненная 16 сентября 1835 года и завоевавшая огромную популярность. Песни Торопки, главного героя оперы, в исполнении ведущего солиста московской оперы Александра Бантышева, сразу стали любимы публикой.
Событием театральной жизни стала постановка в Москве в 1843 году — через два года после парижской премьеры—балета Л. Адана «Жизель». С тех пор «Жизель» почти постоянно в репертуаре театра.
Историческим этапом в развитии театра, в формировании реалистических принципов вокально-сценического искусства стали создания основоположника русской классической музыки М. Глинки. Постановками на своей сцене «отечественной героико-трагической» оперы «Жизнь за царя» («Иван Сусанин») в 1842 году и онеры «Руслан и Людмила» в 1845-м, развивающей традиции музыкального эпоса, театр взял курс на создание подлинно русского репертуара.
Московский балет этого периода обязан своими удачами талантливому французскому хореографу Мариусу Петипа, поселившемуся в России. Балетмейстер неоднократно приезжал из Петербурга в Москву для постановки спектаклей. Самой значительной из его московских работ стал «Дон-Кихот Ламапчский» Л. Минкуса, впервые показанный в 1869 году. Московскую редакцию этого балета Пе-типа перенес впоследствии на петербургскую сцену.
В 60-е годы дирекция отдает театр в аренду итальянскому антрепренеру Мерелли на четыре-пять спектаклей в неделю. Деятели русской культуры, особенно В. Одоевский и П. Чайковский, возглавили борьбу с «итальяноманией» дирекции, призывая в своих печатных выступлениях к национальной самобытности искусства сцены Большого театра.
Большое значение для развития русской исполнительской культуры имело творчество П. Чайковского. Дебюты композитора в оперной музыке — «Воевода» (1869) и балетной — «Лебединое озеро» (1877) состоялись на сцене Большого театра. Здесь получила свое настоящее рождение опера «Евгений Онегин» (1881), первая проба на большой сцене после консерваторской постановки 1879 года; впервые увидел свет «Мазепа» (1884), одна из вершин оперного творчества композитора; окончательная редакция онеры «Кузнец Вакула», получившая в спектакле 1887 года новое название — «Черевички». Кстати, премьера «Черевичек» в Большом театре 19 января 1887 года стала и дебютом Чайковского за пультом оперного дирижера.
Памятным спектаклем в летописи театра стало первое исполнение 16 декабря 1888 года народной драмы М. Мусоргского «Борис Годунов», в основу которой легла трагедия А. Пушкипа. «Я разумею народ как великую личность, одушевленную единою идеею. Это моя задача. Я попытался разрешить ее в опере» — гласит надпись, сделанная композитором на клавире «Бориса Годунова». И действительно, по глубине и жизненной правде характеров, по воплощению исторических событий и патриотических идей опера Мусоргского не знает себе равных. В премьере спектакля партию Бориса пел один из лучших баритонов того времени Богомир Корсов.