Развивая традиции Глинки и эстетические принципы «Могучей кучки», со своими операми выступил Н. Рим-ский-Корсаков. Широко используя русский эпос, обращаясь к истории, легендам и преданиям, композитор воплощал в своих произведениях идеи, рождаемые современной ему действительностью. Первой из его опер свет рампы Большого театра увидела «Снегурочка» (1893), а затем — «Ночь перед Рождеством» (1898).
В том же 1898 году театр впервые показал зрителям «Князя Игоря» А. Бородина, оперу, ставшую образцом национального героического эпоса в музыке; а через два года любители хореографического искусства познакомились с балетом А. Глазунова «Раймонда». Главную партию на премьере танцевала виртуозная Аделина Джури.
Одновременно с расширением русского репертуара театр осуществлял постановки лучших произведений зарубежных композиторов. К ранее поставленным операм добавились «Риголетто», «Аида» и «Травиата» Д. Верди, «Фауст» и «Ромео и Джульетта» Ш. Гуно, «Кармен» Ж. Визе, «Тангейзер», «Валькирия» и «Лоэнгрин» Р. Вагнера и др.
Намечаются изменения не только в репертуаре, но и в качестве спектаклей, их музыкальной трактовке, художественном оформлении. Состав оркестра театра был доведен до 100 музыкантов, а его главным дирижером был назначен прославленный Ипполит Альтани. Своими спектаклями часто дирижировали композиторы А. Рубинштейн, Э. Направник, П. Чайковский, А. Аренский. Яркий след в истории театра оставил талантливый Карл Вальц, свыше 60 лет работавший здесь в качестве декоратора и машиниста сцены.
Оперная труппа театра XIX — начала XX века насчитывает многих выдающихся певцов, передававших из поколения в поколение традиции русской вокальной школы и актерского мастерства, исполнение которых было отмечено глубокой содержательностью и искренностью. Среди славных имен прошлых лет — Евлалия Кадмина, Антон Барцал, Мария Дейша-Сионицкая, Павел Хохлов, Надежда Салина, Леонида Балановская, Иван Грызунов, Антон Боначич, Маргарита Гукова, Дмитрий Смирнов, Василий Петров и многие другие.
В 1899 году в Большом театре впервые пошла «Спящая красавица». Постановка этого балета, утвердившая содружество музыки и танца в русском балетном театре, явилась началом долгой и счастливой работы в Москве выдающегося хореографа, либреттиста и педагога Александра Горского. С ним работала большая группа талантливых артистов — Екатерина Гельцер, Вера Каралли, Софья Федорова, Александра Балашова, Василий Тихомиров, Михаил Мордкин, Владимир Рябцев, дирижер и композитор Андрей Аренде и другие. Для оформления новой постановки балета Л. Минкуса «Дон-Кихот» (1900) Горский впервые пригласил молодых художников Константина Коровина и Александра Головина, будущих великих мастеров театральной живописи. Апогеем творчества Горского стал балет «Саламбо» А. Арендса (1910). В этом спектакле хореограф достиг гармоничного слияния музыки, танца, оформления и литературной основы спектакля.
Успешное развитие московского балета становится настолько очевидным, что многие петербургские мастера танца добиваются возможности участвовать в спектаклях Большого театра. На гастроли в Москву часто приезжали Матильда Кшесииская, Анна Павлова, Михаил Фокин и другие.
Небывалого расцвета достигает в эти годы и оперная труппа театра. На его сцене появляются певцы, имена которых становятся вскоре широко известны не только в России, но и за рубежом: Леонид Собинов, Федор Шаляпин, Антонина Нежданова. Собинов дебютировал в 1897 году партией Синодала в опере А. Рубинштейна «Демон». В 1899 году в красном плаще Мефистофеля в опере Ш. Гуно «Фауст» появился Шаляпин. Нежданова, к тому времени еще студентка Московской консерватории, в 1902 году впервые исполнила партию Антоииды в опере М. Глинки «Жизнь за царя».
Репертуар театра пополнялся значительными в художественном отношении постановками. 10 октября 1901 года в присутствии Н. Римского-Корсакова прошло первое представление в Большом театре его оперы «Псковитянка» с Шаляпиным в роли Ивана Грозного, затем свет рам-пы увидели «Моцарт и Сальери» (1901) и «Пан-воевода» (1905). Под управлением Сергея Рахманинова с участием Шаляпина и Неждановой прошла премьера новой постановки оперы «Жизнь за царя» (1904). Период музыкального осмысления и освоения отечественной классики завершился премьерами «Хованщины» М. Мусоргского (1912; режиссерский дебют Шаляпина) и опер Н. Римско-го-Корсакова «Сказка о царе Салтане» (1913) и «Царская невеста» (1916). В эти же годы ставятся замечательные произведения зарубежных композиторов, в частности цикл опер Р. Вагнера, новинки итальянской оперной музыки — произведения Р. Леонкавалло, Д. Пуччини, П. Масканьи.