В марте 1955 г. начались работы над авиационно-ракетным комплексом Ту-95К-20 с мощной сверхзвуковой крылатой ракетой Х-20, снабженной ядерной БЧ и предназначенной для поражения наземных радиоконтрастных и крупных морских целей. КР была создана в ОКБ А.И. Микояна, имела максимальную дальность пуска до 600 км (в режиме командного наведения – 350 км) и скорость, соответствующую М=2. Ракета размещалась в фюзеляже бомбардировщика в полуутопленном положении, ее наведение осуществлялось по радиокомандам с борта самолета-носителя, следящего за целью и КР, при помощи мощной бортовой РЛС с широким сектором обзора (для наблюдения в задней полусфере обтекатель антенны РЛС имел габариты, превышающие ширину фюзеляжа) или в программном режиме.
Самолет Ту-95К был построен в 1956 г. и принят на вооружение в конце 1959 г., сменив в серии бомбардировщик Ту-95М. Успешному созданию ракетной модификации Ту-95 способствовала компоновка самолета, позволявшая разместить крупногабаритную ракету под фюзеляжем (на самолете ЗМ этому препятствовало велосипедное шасси и малое расстояние между землей и фюзеляжем). В дальнейшем была создана модификация самолета Ту-95Н (Ту-95С30) с мощной крылатой ракетой РСС, разработанной под руководством П.В. Цыбина.
Помимо нанесения ударов по стратегическим целям на территории США, Ту-95 был призван играть важную роль в борьбе с надводными кораблями противника. Эта роль еще более усилилась после появления ракетного вооружения, позволяющего наносить удары по авианосным соединениям без захода в зону ПВО. Однако для более эффективного действия на морских ТВД требовалось дальнейшее увеличение дальности и продолжительности полета бомбардировщика. В мае 1960 г. ОКБ приступило к работам по оснащению самолетов Ту-95 топливоприемником системы дозаправки топливом в полете методом «шланг-конус». Был создан бомбардировщик Ту-95КД – модификация Ту-95К со штангой топливоприемника. Первый полет самолета состоялся 1961 г., отработка системы дозаправки в воздухе была завершена в 1963 г. Ту-95КД строился серийно до 1965 г.
В середине 1960-х гг. на самолетах Ту-95К и Ту-95КД были проведены работы по модернизации БРЭО (бомбардировщики получили обозначение Ту-95КМ).
В октябре 1975 г. совершил первый полет самолет Ту-95К-22, переоборудованный из Ту-95КМ и оснащенный ракетой Х-22, различные модификации которой могли поражать стационарные наземные и морские подвижные цели как ядерными, так и обычными боевыми зарядами. С конца 1970-х гг. в этот вариант было переоборудовано большинство самолетов Ту-95КМ. Ту-22К-22 мог брать на борт одну (под фюзеляжем, в полуутопленном положении) или две (на подкрыльевых узлах подвески) ракеты типа Х-22.
Оснащение надводных кораблей и подводных лодок противокорабельными крылатыми ракетами большой дальности потребовало создания авиационных средств загоризонтного целеуказания и наведения, размещенных на борту самолета. Ту-95, обладающий большой продолжительностью полета и грузоподъемностью, явился удобной платформой для размещения подобных комплексов. В 1962 г. начались испытания самолета Ту-95РЦ – разведчика-целеуказателя, предназначенного для взаимодействия с кораблями и оснащенного мощной РЛС кругового обзора, антенна которой смонтирована в подфюзеляжном обтекателе. В 1964 г. Ту-95РЦ был принят на вооружение и начал выпускаться серийно. В дальнейшем на базе этой машины было создано семейство противолодочных самолетов и самолетов-ретрансляторов Ту-142, серийно строящихся на Таганрогском авиазаводе.
Продолжались работы по совершенствованию ракетоносных вариантов самолета Ту-95. В начале 1970-х гг. был создан самолет ТУ-95М-5 «Волга» с двумя сверхзвуковыми УР КСР-5 на подкрыльевых узлах подвески (самолет на вооружение не поступал). Новым шагом в совершенствовании авиационного ракетного вооружения явилось создание в нашей стране малогабаритных стратегических крылатых ракет большой дальности с высокоэкономичными ТРДД – аналогов американских ракет ALCM и «Томагавк». Для доставки к цели этого перспективного оружия на базе самолетов Ту-95К-22 и Ту-142МК был создан в 1979 г. стратегический ракетоносец нового поколения – Ту-95МС, принятый на вооружение дальней авиации в 1981 г. и начавший поступать в строевые части в 1984 г. От противолодочного самолета Ту-95МС заимствовал, в частности, крыло со встроенными топливными баками, кабину экипажа, оборонительное вооружение и створки бомболюка. В состав вооружения бомбардировщика включили шесть КР на внутрифюзеляжной барабанной пусковой установке. Кроме того, десять или восемь ракет могут размещаться на четырех подкрыльевых держателях.