Действительно, накануне он покинул Батумский замок. Причиной стала организованная им 17 апреля «демонстрация» протеста заключенных «против экзарха Грузии, пожелавшего осмотреть Батумскую гимназию и места заключения». При появлении главы Грузинской церкви Алексия в тюрьме узники царских застенков устроили обструкцию, вызвавшую скандал. Это заставило тюремное начальство поспешно освободиться от строптивого подопечного, и 19 апреля его отправили в Кутаисскую тюрьму.
Среди других российских узилищ Кутаисская тюрьма имела репутацию суровой. По прибытии Джугашвили поместили в «первый секрет» Большой тюрьмы. Этот двадцатичетырехлетний молодой человек с бородой и длинными, зачесанными назад волосами вызывал чувство уважения у заключенных, но не потому, что он выглядел старше своего возраста. Даже отпетые уголовники, руководствующиеся своими неписаными законами, ощущали его волевое и моральное превосходство. Он ни перед кем не заискивает, и его решительная, смелая манера поведения, его выдержанность заставляли их признать в нем лидера, опирающегося не на физическую, а на моральную силу, на неукротимость человеческого духа, закономерно возвышающие его над другими людьми.
Один из меньшевиков-эмигрантов позже отмечал: «Мы прожили вместе в Кутаисской тюрьме более чем полгода, и я ни разу не видел, чтобы он возмущался, выходил из себя, сердился, кричал, ругался, словом, проявлял себя в ином аспекте, чем в совершенном спокойствии».
Но время шло, и Министерство юстиции сделало заключение по делу о Тифлисском социал-демократическом комитете рабочей партии. Направив его 7 марта в Министерство внутренних дел, оно поддержало рекомендацию Тифлисской судебной палаты о его разрешении в административном порядке, то есть без суда. Но предложило ужесточить меру наказания обвиняемых. Срок ссылки Иосифа Джугашвили предлагалось увеличить с двух лет до трех. Департамент полиции тоже счел карательные меры слишком либеральными, он настаивал «выслать обвиняемых в Сибирь на срок до 6 лет».
Правда, это уже совсем драконовское предложение не получило поддержки курировавшего Департамент полиции товарища министра внутренних дел. Он согласился с предложением юстиции, и 9 июля доклад Министерства юстиции был представлен Николаю II.
Царь утвердил предложенные меры без проявления к «бунтовщикам» либерализма и милосердного смягчения наказания. Теперь-то «лед тронулся». Уже на следующий день утвержденное решение было направлено в Канцелярию главноначальствующего гражданской частью на Кавказе. Тифлисский губернатор получил высочайшее повеление 25 июля.
Проявляя отменное верноподданническое рвение, он наложил на поступившем документе не терпящую отлагательства резолюцию:
«Секретный стол.
Однако исполнить распоряжение «сегодня же» подчиненным губернатора не удалось. Неожиданно выяснилось, что в губернском жандармском управлении не знали, где находится Иосиф Джугашвили. Не знал этого и тифлисский полицмейстер: «Место нахождения Иосифа Джугашвили и Аркела Окуашвили еще не обнаружено», — констатировал он в письме, отправленном в тот же день губернатору.
В высоком кабинете прогремел гром. Получив сообщение Тифлисского ГЖУ об отсутствии сведений о местопребывании Джугашвили, губернатор вновь обратился с запросом к тифлисскому полицмейстеру. И 8 августа тот переадресовал его заведующему Метехским тюремным замком: «Предлагаю Вам немедленно донести, содержится ли в заведуемом Вами замке политический арестант
Иосиф Джугашвили, и в утвердительном смысле, когда освобожден, по чьему распоряжению и в чье ведение передан».
Но усердный скрип чиновничьих перьев результата не принес Ответ из тюремного замка пришел 10 августа. В нем указывалось, что «здесь И.В. Джугашвили не содержался и не содержится». Поиски Иосифа Джугашвили, порученные в Тифлисе участковым приставам, тоже ничего не дали. Полицейская машина самодержавия снова сделала сбой. 29 августа полицмейстер уже сам обратился к начальнику ГЖУ с просьбой сообщить, «куда выбыли по освобождении из-под стражи политические арестованные (список) и Иосиф Джугашвили, состоящие под особым надзором полиции, и где теперь находятся». На запрос полиции поступила информация: «Джугашвили в городе Батуме».
Возбуждение приблизилось к апогею. Уже почти панически осознав бесплодность поисков исчезнувшего «политического преступника», губернатор доложил об этом князю Голицыну. Теперь князь был вынужден 13 августа обратиться в Министерство юстиции с просьбой «сообщить выписку» из дознания по делу социал-демократического кружка «о местонахождении обвиняемых». Но и это обращение не прояснило ситуации и не ускорило выполнение «высочайшего повеления».